Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 488 total aligned reads displayed.
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|
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ATGCTATTCACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAA < SRR13214403.1468712/150‑1 (MQ=60)
ATGCTATTCACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAA < SRR13214403.4264076/150‑1 (MQ=60)
TGCTATTCACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGCACACCCTCGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATGCAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAA > SRR13214403.546829/1‑150 (MQ=60)
TGCTATTCACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAA > SRR13214403.1910481/1‑150 (MQ=60)
CTATTCACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATG < SRR13214403.2312813/150‑1 (MQ=60)
TATTCACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGC > SRR13214403.3557066/1‑150 (MQ=60)
TATTCACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGC > SRR13214403.2041160/1‑150 (MQ=60)
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TCACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGA < SRR13214403.3504688/150‑1 (MQ=60)
TCACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGA > SRR13214403.3474519/1‑150 (MQ=60)
CACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAA > SRR13214403.4630272/1‑150 (MQ=60)
CACTATTCTCTTGGATTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAA > SRR13214403.3996427/1‑150 (MQ=60)
ACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAG > SRR13214403.4590634/1‑150 (MQ=60)
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TCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGC < SRR13214403.3089785/150‑1 (MQ=60)
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TGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGCAAA > SRR13214403.1874390/1‑150 (MQ=60)
GGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGCAAAG < SRR13214403.2005873/150‑1 (MQ=60)
TTCTCTGGTCCGGGCTTGATTTTACCTGGTACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGCAAAGTCT < SRR13214403.3090572/150‑1 (MQ=60)
TTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGCAAAGTCTGC < SRR13214403.1427287/150‑1 (MQ=60)
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AATGAACTTGCTAAAGTTGAAACTTTAAATACTTTTGAAGATTTTAAAAATAATTTGACTCAACTCGTTTTCCATTCACAGGCACCTCTTCCGTTTTCTTTTAGTGTTGAACCTGATATGAAAGATGCTATTCACTATTCTCTTGGATTTTCTGGCCCGGGTTTGATTTTACCTGATACCACTTATTATAATGATGAACACCCTAGAAAAAAAGAATTACTTGATTTTTGGGCTAAAAATACAAGCGAAATTTTAAAGACATTTGATGTTGAAAATGCAGAAGAGATTGCAAAGTCTGC > CP043523/1400775‑1401073
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
