Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 545 total aligned reads displayed.
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|
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CATTTCCTTGATTTGCTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCC > SRR13214403.4128948/1‑150 (MQ=60)
CATTTCCTTGATTTGCTGCCCAATTTTCAGCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCC < SRR13214403.3558516/150‑1 (MQ=60)
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TTTCCTTGATTTGCTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTG < SRR13214403.3984598/150‑1 (MQ=60)
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ATTTGCTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGA > SRR13214403.1784493/1‑150 (MQ=60)
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GCTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTT > SRR13214403.538494/1‑150 (MQ=60)
CTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTG > SRR13214403.1127703/1‑150 (MQ=60)
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ATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGG < SRR13214403.2680547/150‑1 (MQ=60)
ATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGG > SRR13214403.1741682/1‑150 (MQ=60)
ATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGG < SRR13214403.1306700/150‑1 (MQ=60)
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AAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATACCATAAC > SRR13214403.4072852/1‑150 (MQ=60)
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ATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGT > SRR13214403.3769796/1‑150 (MQ=60)
TTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTT < SRR13214403.2498088/150‑1 (MQ=60)
TTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTG > SRR13214403.2503538/1‑150 (MQ=60)
TTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGA < SRR13214403.734863/150‑1 (MQ=60)
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AAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCC > SRR13214403.3410517/1‑150 (MQ=60)
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AATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCC > SRR13214403.2859232/1‑150 (MQ=60)
AATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCC < SRR13214403.1055880/150‑1 (MQ=60)
ATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAA > SRR13214403.2320320/1‑150 (MQ=60)
TCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACC < SRR13214403.1180425/150‑1 (MQ=60)
TCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACC < SRR13214403.2601206/150‑1 (MQ=60)
CCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCT < SRR13214403.3578806/150‑1 (MQ=60)
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AATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGC < SRR13214403.3839720/150‑1 (MQ=60)
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ACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATA > SRR13214403.2388543/1‑150 (MQ=60)
CTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATAT > SRR13214403.1761994/1‑150 (MQ=60)
TTCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATC < SRR13214403.4181889/150‑1 (MQ=60)
TCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCA > SRR13214403.274356/1‑150 (MQ=60)
TCTTCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCA < SRR13214403.3394290/150‑1 (MQ=60)
CTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCAT < SRR13214403.849535/150‑1 (MQ=60)
TTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATA > SRR13214403.2730789/1‑150 (MQ=60)
TCCTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAA < SRR13214403.1470976/150‑1 (MQ=60)
TCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAA > SRR13214403.2676327/1‑150 (MQ=60)
CTCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAAT > SRR13214403.1046933/1‑150 (MQ=60)
CTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAAT < SRR13214403.816682/150‑1 (MQ=60)
TCATCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATT > SRR13214403.2445272/1‑150 (MQ=60)
ATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGC > SRR13214403.2779647/1‑150 (MQ=60)
ATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGC > SRR13214403.818882/1‑150 (MQ=60)
TCCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCT > SRR13214403.697133/1‑150 (MQ=60)
CCAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTT > SRR13214403.40610/1‑150 (MQ=60)
CAATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTT > SRR13214403.2113157/1‑150 (MQ=60)
CAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACGTAAATCAATATCATAAATTGCTTT > SRR13214403.3954842/1‑150 (MQ=60)
AATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTT < SRR13214403.1482076/150‑1 (MQ=60)
ATAAAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTT > SRR13214403.4586827/1‑150 (MQ=60)
ATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTT > SRR13214403.138401/1‑150 (MQ=60)
TAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTG < SRR13214403.2235035/150‑1 (MQ=60)
AAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGA < SRR13214403.3639613/150‑1 (MQ=60)
AAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAA > SRR13214403.1092632/1‑150 (MQ=60)
AAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAA > SRR13214403.3529312/1‑150 (MQ=60)
AAATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATCGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAA > SRR13214403.2617999/1‑150 (MQ=60)
AATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAA > SRR13214403.4345344/1‑150 (MQ=60)
AATGGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAA < SRR13214403.1847008/150‑1 (MQ=60)
AATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAA < SRR13214403.1964781/150‑1 (MQ=60)
ATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAAT > SRR13214403.1205997/1‑150 (MQ=60)
ATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAAT > SRR13214403.1016832/1‑150 (MQ=60)
GGATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTT > SRR13214403.3591281/1‑150 (MQ=60)
GGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTT > SRR13214403.113981/1‑150 (MQ=60)
GGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTT < SRR13214403.2281011/150‑1 (MQ=60)
ATCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTTAC < SRR13214403.2214886/150‑1 (MQ=60)
AGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTTAC < SRR13214403.3369733/150‑1 (MQ=60)
TCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCCAAAGTTGATTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATGGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTTACC < SRR13214403.1652341/150‑1 (MQ=60)
GCCTCTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCATAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTTACC < SRR13214403.3505478/150‑1 (MQ=60)
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AGCATTTCCTTGATTTGCTGCCCAATTTTCATCAATGGATTAAGCGCAGTGAGTGGATTTTGAAAAATCATTCCAACTTTACTTCCTCGAATACTTGCCATGGAGTCACCCGTTTTACCAATCACTTCTTCCTCATCCAATAAAATGGAGCCTGTAATTTGAGTTTGATTTGGGTTGTGTAATCCCATAACAGCAGTTGCAAAAGTTGACTTCCCAGAACCTGATTCCCCAACAATAGCTAAAACTTCACCACGTCTAAGACTTAAATCAATATCATAAATTGCTTTTTGAAATTTACC > CP043523/1444568‑1444866
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
