Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
26 |
102.0 |
3326124 |
78.0% |
2594376 |
98.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP002094 |
771,661 |
A→G |
I23V (ATC→GTC) |
aroD → |
3‑dehydroquinate dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP002094 | 771,661 | 0 | A | G | 100.0%
| 358.1
/ NA
| 87 | I23V (ATC→GTC) | aroD | 3‑dehydroquinate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (45/42); total (45/42) |
AAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTATCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAA > CP002094/771565‑771754
|
aaGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTc < 2:241473/99‑1 (MQ=255)
gCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAg > 2:1110222/1‑99 (MQ=255)
gCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAg < 1:1655425/99‑1 (MQ=255)
gCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAg > 2:1469918/1‑99 (MQ=255)
tttATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGa < 1:488081/99‑1 (MQ=255)
tttATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGGTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGa > 2:948602/1‑99 (MQ=255)
aTGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTa > 2:461139/1‑99 (MQ=255)
tGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTAt < 2:82290/99‑1 (MQ=255)
aaaaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCa > 1:1151822/1‑99 (MQ=255)
aaaaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCa > 1:296695/1‑99 (MQ=255)
aaaaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCa > 2:28233/1‑99 (MQ=255)
aaaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAt < 1:621221/99‑1 (MQ=255)
aaaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAt < 1:1365092/99‑1 (MQ=255)
aaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAtt > 1:1482586/1‑99 (MQ=255)
aaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAtt > 2:1387619/1‑99 (MQ=255)
aaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAtt < 1:795344/99‑1 (MQ=255)
aaTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCAtt > 1:526684/1‑99 (MQ=255)
aTGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTc < 1:1164467/99‑1 (MQ=255)
gTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTcag < 1:1264309/99‑1 (MQ=255)
aGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTcagcag > 2:136393/1‑99 (MQ=255)
gaAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGatat < 1:618235/99‑1 (MQ=255)
gaAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGatat < 2:777549/99‑1 (MQ=255)
aaGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATAtt > 2:133309/1‑99 (MQ=255)
gTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATAttgt > 1:60500/1‑99 (MQ=255)
tttATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATAttgtt < 1:1292219/99‑1 (MQ=255)
ttATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATAttgttg > 2:315603/1‑99 (MQ=255)
ttATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATAttgttg < 1:945626/99‑1 (MQ=255)
tATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGa > 2:409879/1‑99 (MQ=255)
tGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAAt > 2:1535515/1‑99 (MQ=255)
agaagaACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATgg > 1:1203021/1‑99 (MQ=255)
agaaaaAAAAAAATTGTTGTTCAAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATgg < 1:322610/99‑1 (MQ=255)
gaagaaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGc > 1:1161050/1‑99 (MQ=255)
aagaaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCg < 1:757986/99‑1 (MQ=255)
aagaaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCg > 1:1200654/1‑99 (MQ=255)
gaaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTg < 2:333395/99‑1 (MQ=255)
aaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGc < 2:879606/99‑1 (MQ=255)
aaCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGc > 1:1607397/1‑99 (MQ=255)
aCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGcc < 1:1337714/99‑1 (MQ=255)
aCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGcc < 2:868096/99‑1 (MQ=255)
aCAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTAAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGcc > 2:60816/1‑99 (MQ=255)
aaaaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAt < 1:133309/99‑1 (MQ=255)
aaaaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAt < 2:354546/99‑1 (MQ=255)
aaaaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAt < 2:363524/99‑1 (MQ=255)
aaaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAtt > 1:1179146/1‑99 (MQ=255)
aaaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAtt < 1:145311/99‑1 (MQ=255)
aaTTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAttt > 2:1286125/1‑99 (MQ=255)
ttgttgTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAttttt > 2:1541927/1‑99 (MQ=255)
ttgttgTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAttttt > 2:490785/1‑99 (MQ=255)
ttgttgTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGAttttt > 2:107762/1‑99 (MQ=255)
gttgttCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTg < 2:34478/99‑1 (MQ=255)
gttgttCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTg > 1:1252266/1‑99 (MQ=255)
gttgttCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTg < 1:190369/99‑1 (MQ=255)
gttCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTca < 2:1639545/99‑1 (MQ=255)
ttCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTcag > 1:680961/1‑99 (MQ=255)
tCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTcagc > 1:1230685/1‑99 (MQ=255)
ccAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTcagca < 2:338768/99‑1 (MQ=255)
cAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTcagcag > 1:51526/1‑99 (MQ=255)
aataatGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAga < 2:1308673/99‑1 (MQ=255)
ataatGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAgat > 2:618190/1‑99 (MQ=255)
taatGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTTATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAgatg < 2:565074/99‑1 (MQ=255)
taatGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAgatg > 2:1527878/1‑99 (MQ=255)
aatGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAgatga < 2:1551213/99‑1 (MQ=255)
atGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAgatgat > 1:850123/1‑99 (MQ=255)
tGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGata < 1:851422/99‑1 (MQ=255)
tGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATAttt < 2:1641590/99‑1 (MQ=255)
aCAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATAttttt < 2:256549/99‑1 (MQ=255)
cAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTg > 2:944431/1‑99 (MQ=255)
gagTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTgag > 2:400536/1‑99 (MQ=255)
ttAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATg > 1:753118/1‑99 (MQ=255)
tAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATgg > 2:1201932/1‑99 (MQ=255)
aaCAGAGCTTGATAAAGTTTCTGCCAGTGATTATCATTCAGAAGTTATTGTTGAA‑GGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGcc < 1:1653821/99‑1 (MQ=255)
aaCAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGTCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGc < 2:1337666/99‑1 (MQ=255)
aaCAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGc > 2:661457/1‑99 (MQ=255)
aCAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGcc < 2:798313/99‑1 (MQ=255)
cAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGccc < 1:544372/99‑1 (MQ=255)
agagCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGcccc < 1:1527878/99‑1 (MQ=255)
gagCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCt > 2:24817/1‑99 (MQ=255)
gagCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCt > 1:755076/1‑99 (MQ=255)
agCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGATGAATGGCGTGCCGATTTTTTGACAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTa > 2:1054379/1‑99 (MQ=255)
gCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTaa < 1:1468865/99‑1 (MQ=255)
cTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATTTTTTTTAGATGGGCCCTaaa > 1:736140/1‑99 (MQ=255)
cTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTaaa < 2:661439/99‑1 (MQ=255)
cTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTaaa < 2:130888/99‑1 (MQ=255)
cTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGA‑TTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAAt > 1:212322/1‑99 (MQ=255)
agaAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCt < 1:890869/99‑1 (MQ=255)
agaAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCt > 1:1303619/1‑99 (MQ=255)
tttCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGaaa > 2:1659712/1‑99 (MQ=255)
|
AAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTATCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAA > CP002094/771565‑771754
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGAAAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTATCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAAAATTT > CP002094/771562‑771759
|
GGAAAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTG > SRR7892090.1274171/1‑100 (MQ=60)
AAAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTC < SRR7892090.1403007/100‑1 (MQ=60)
GCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGT < SRR7892090.1665996/100‑1 (MQ=60)
TTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGAT < SRR7892090.492483/100‑1 (MQ=60)
GAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCA > SRR7892090.299548/1‑100 (MQ=60)
GAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCA > SRR7892090.1159384/1‑100 (MQ=60)
AAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATT < SRR7892090.626593/100‑1 (MQ=60)
AAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATT > SRR7892090.531472/1‑100 (MQ=60)
AAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATT > SRR7892090.1491443/1‑100 (MQ=60)
AAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATT < SRR7892090.1373131/100‑1 (MQ=60)
AATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTC < SRR7892090.801692/100‑1 (MQ=60)
ATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCA < SRR7892090.1172066/100‑1 (MQ=60)
GTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGC < SRR7892090.1272156/100‑1 (MQ=60)
GAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATT < SRR7892090.623586/100‑1 (MQ=60)
AGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGT > SRR7892090.61041/1‑100 (MQ=60)
TTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTG < SRR7892090.1300104/100‑1 (MQ=60)
TTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGA < SRR7892090.952606/100‑1 (MQ=60)
GAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGG > SRR7892090.1210737/1‑100 (MQ=60)
AGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGC > SRR7892090.1168639/1‑100 (MQ=60)
AGAAAAAAAAAAATTGTTGTTCAAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGC < SRR7892090.325741/100‑1 (MQ=60)
GAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCG > SRR7892090.1208358/1‑100 (MQ=60)
AAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGT < SRR7892090.764107/100‑1 (MQ=60)
GAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGC > SRR7892090.1617493/1‑100 (MQ=60)
ACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCG < SRR7892090.1345711/100‑1 (MQ=60)
AAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATT < SRR7892090.134485/100‑1 (MQ=60)
AAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATT > SRR7892090.1186786/1‑100 (MQ=60)
AAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTT < SRR7892090.146579/100‑1 (MQ=60)
TGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTG > SRR7892090.1260089/1‑100 (MQ=60)
GTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGT < SRR7892090.192116/100‑1 (MQ=60)
GTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAG > SRR7892090.686753/1‑100 (MQ=60)
TTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGC > SRR7892090.1238460/1‑100 (MQ=60)
CCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAG > SRR7892090.51998/1‑100 (MQ=60)
AATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGAT > SRR7892090.856758/1‑100 (MQ=60)
TGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATAT < SRR7892090.858064/100‑1 (MQ=60)
GTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATG > SRR7892090.759227/1‑100 (MQ=60)
AACAGAGCTTGATAAAGTTTCTGCCAGTGATTATCATTCAGAAGTTATTGTTGAA‑GGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCC < SRR7892090.1664376/100‑1 (MQ=60)
CAGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCC < SRR7892090.549285/100‑1 (MQ=60)
AGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCT < SRR7892090.1537188/100‑1 (MQ=60)
AGAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCT > SRR7892090.761189/1‑100 (MQ=60)
GAGCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTtgagaggcgccta > SRR7892090.166744/1‑87 (MQ=60)
GCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATTTTTTTTAGATGGGCCCTAAA > SRR7892090.742195/1‑100 (MQ=60)
GCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAA < SRR7892090.1477592/100‑1 (MQ=60)
GCTTGAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGA‑TTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAAT > SRR7892090.214310/1‑100 (MQ=60)
GAGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCT > SRR7892090.1311532/1‑100 (MQ=60)
AGAAAGTTTCTGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTT < SRR7892090.897610/100‑1 (MQ=60)
TGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAAAATTT < SRR7892090.1600926/100‑1 (MQ=60)
TGTCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAAAATTT < SRR7892090.1074366/100‑1 (MQ=60)
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GGAAAGCATTTATGAAAATGTAAGGAGAAGTTTATGAGAAGAACAAAAATTGTTGTTCCAATAATGCTGACAGAGTTAACAGAGCTTGAGAAAGTTTCTATCAGTGATTATCATTCAGCAGATATTGTTGAATGGCGTGCCGATTTTTTGTCAGCAGATGATATTTTTGAGATGGCCCCTAAATTCTTTGAAAAATTT > CP002094/771562‑771759
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
