Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
80 |
267.1 |
3493306 |
94.4% |
3297680 |
232.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002745 |
1,831,521 |
T→A |
V128V (GTT→GTA) |
arsB → |
arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002745 | 1,831,521 | 0 | T | A | 79.5%
| 2705.5
/ inf
| 1128 | V128V (GTT→GTA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (112/119); new base A (423/473); total (536/592) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.34e-02 |
Only 100 of 1139 total aligned reads displayed.
CAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAA > NC_002745/1831292‑1831754
|
nngTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTaaaaa < 1:560718/232‑1 (MQ=255)
tGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAgg > 1:383116/1‑234 (MQ=255)
tGTTTGGAATGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAgg < 2:1557471/234‑1 (MQ=255)
tttGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGtt < 1:627028/234‑1 (MQ=255)
tGCAACTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTaatca > 1:838506/1‑230 (MQ=255)
gCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAg > 1:247187/1‑234 (MQ=255)
aaCTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTaatcaaaa > 1:1004686/2‑227 (MQ=255)
cTTTAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCCCAAATGATGGGGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTaatcaaaaag > 1:1447319/1‑225 (MQ=255)
tttAACTTTTGTGGCTGTTATTCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTaatcaaaaagt > 1:1375949/1‑224 (MQ=255)
tCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATTGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGc < 2:1526461/234‑1 (MQ=255)
tCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGc < 2:820836/234‑1 (MQ=255)
tttCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTg < 2:1495007/234‑1 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 1:1215712/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 2:1283886/1‑234 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat > 1:21694/1‑234 (MQ=255)
atatTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 2:924415/234‑2 (MQ=255)
atatTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 1:814818/234‑2 (MQ=255)
atatTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 2:968061/234‑2 (MQ=255)
atatTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTtata < 1:1629227/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:598956/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:509667/234‑1 (MQ=255)
gATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGCGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGat > 1:168797/1‑233 (MQ=255)
atgaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGata < 2:1224412/228‑3 (MQ=255)
gaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGatact > 1:123768/5‑233 (MQ=255)
attGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGAtactaca < 1:537694/233‑2 (MQ=255)
attGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGAtactaca < 2:785703/233‑2 (MQ=255)
attGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGAtactaca < 2:139482/233‑2 (MQ=255)
attGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGAtactaca < 1:747031/233‑2 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 2:944503/234‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc > 1:1255960/1‑234 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTACGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGATAATGGGTTAAAAATGTTTGTTTGTATTATGTTACGTGGGGCAATTGTAGCAGCAATGTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTACCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 2:1065866/234‑1 (MQ=255)
tttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc > 1:1133230/6‑229 (MQ=255)
ttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatcacttcc < 2:1328134/230‑7 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGac < 1:1714562/216‑1 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTg > 1:434809/1‑234 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTg > 1:939224/1‑234 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTg > 1:655368/1‑234 (MQ=255)
gTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGt < 1:1515730/234‑1 (MQ=255)
cTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGt > 1:1585251/1‑229 (MQ=255)
tATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCaa > 2:1651249/1‑234 (MQ=255)
tcatgcttcaAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAatat > 1:477417/1‑234 (MQ=255)
tcatgcttcaAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAatat > 1:1407599/1‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1596074/5‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 1:411089/5‑234 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:10357/5‑234 (MQ=255)
aaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTCTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCTCAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatc > 2:237020/4‑233 (MQ=255)
ggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGCAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAGAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgt > 2:356338/2‑231 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:343990/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:690276/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:1663834/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt < 1:1556973/234‑6 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 2:548946/1‑229 (MQ=255)
ttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttn > 1:1048378/1‑228 (MQ=255)
ttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttn > 1:128729/1‑228 (MQ=255)
aacggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgca < 2:1189671/228‑2 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcg < 1:998891/220‑3 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgcag > 1:1030151/6‑232 (MQ=255)
acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgcag > 2:117199/6‑232 (MQ=255)
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acggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGCAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgcag > 1:1075766/6‑232 (MQ=255)
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|
CAGGTATTGTTTGGAATGCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAA > NC_002745/1831292‑1831754
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
