Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
80 |
267.1 |
3493306 |
94.4% |
3297680 |
232.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002745 |
1,831,542 |
4 bp→AAAA |
coding (405‑408/1293 nt) |
arsB → |
arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002745 | 1,831,542 | 0 | G | A | 76.9%
| 2212.1
/ inf
| 1081 | K135Q (AAG→CAA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/129); new base A (371/460); total (492/589) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | NC_002745 | 1,831,543 | 0 | C | A | 77.1%
| 2238.2
/ inf
| 1080 | R136K (CGG→AAA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (120/127); new base A (372/459); total (492/588) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.86e-01 |
| * | NC_002745 | 1,831,544 | 0 | G | A | 76.7%
| 2185.6
/ inf
| 1083 | R136K (CGG→AAA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (121/131); new base A (371/460); total (492/591) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
| * | NC_002745 | 1,831,545 | 0 | G | A | 76.8%
| 2224.4
/ inf
| 1083 | R136K (CGG→AAA) | arsB | arsenite efflux transporter membrane subunit ArsB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/131); new base A (370/460); total (492/591) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 |
Only 100 of 1090 total aligned reads displayed.
GCTACTTTGACTTTTGTCTCAGTCATTCTTATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGATTATTTTCATGTAGGATTCGTTCGATATTTTAGTAGAATGATTATACCTAATTTATTCTCGCTTTTAGCAAGTATTATAGTATTGTGGTTATATTTTAGAAAGGCGATACCTAAAACGTTTGATGATAATAATATA > NC_002745/1831309‑1831776
||||
tCTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGc < 1:1372251/234‑1 (MQ=255)
cTTATTTCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGcc < 1:1597254/234‑2 (MQ=255)
tATTTCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAg > 1:483968/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 2:1283886/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 1:1325442/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGt > 1:594965/1‑234 (MQ=255)
tCATTAATATTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGt > 2:302083/1‑234 (MQ=255)
cATTAATATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGtt < 2:1004686/234‑1 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGc > 1:616663/1‑222 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGtt < 1:848862/230‑1 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat > 2:371770/1‑234 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat < 2:418706/234‑1 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat > 2:740011/1‑234 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtat < 2:1072925/234‑1 (MQ=255)
aaTATTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGCCTGCGATACATATGGTTAAGGCTTCAAACGGTAATGGTTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTGGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCTTCTTTATTATTGATAGTGGTTTtat > 2:194966/1‑234 (MQ=255)
atatTAGATAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTtata > 2:396272/1‑234 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:894/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 2:929392/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:1006016/234‑1 (MQ=255)
atTAGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGc < 1:1575267/234‑1 (MQ=255)
aGATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGa < 1:122256/234‑1 (MQ=255)
gATGAAATTGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTA‑TCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGata < 1:1032045/234‑3 (MQ=255)
tAAAGTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGacac < 1:216190/234‑1 (MQ=255)
gaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTtatt < 2:1611099/221‑2 (MQ=255)
gaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGatact > 1:717395/5‑233 (MQ=255)
gaaattGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGatact > 1:123768/5‑233 (MQ=255)
gTTGGATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAAct < 2:1224669/234‑1 (MQ=255)
attGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGAtactaca < 2:139482/233‑2 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 2:1146987/234‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 1:922120/234‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 1:383694/234‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc < 1:1296923/234‑1 (MQ=255)
tGGTTTTTTTGAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc > 1:1255960/1‑234 (MQ=255)
gATTATTCGAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAATTGGTTTAAAAATGCTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAActtctt > 2:638974/1‑234 (MQ=255)
ttttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatcactt < 1:516862/228‑5 (MQ=255)
tttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatc > 1:1133230/6‑229 (MQ=255)
ttttgAATGGTCTGCGATACATATGGTCAAGGCTTCAAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTAcatcacttcc < 2:1328134/230‑7 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGac < 1:1714562/216‑1 (MQ=255)
gAATGGTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGac > 2:1714562/1‑216 (MQ=255)
gTCAGCTATTCACATGCTTCATGCTTCAAAAGGAAATGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGt < 1:1515730/234‑1 (MQ=255)
caaggcttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatat > 2:1112969/5‑234 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:343990/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt < 1:1556973/234‑6 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:1663834/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 1:644614/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt > 2:468870/1‑229 (MQ=255)
cttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTGATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgttt < 2:1439443/234‑6 (MQ=255)
ttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttn > 1:82384/1‑228 (MQ=255)
ttcaAACGGTAATGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAatatcgtttn > 1:188648/1‑228 (MQ=255)
aacggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgca < 1:1188681/228‑2 (MQ=255)
aacggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTctgca < 2:1189671/228‑2 (MQ=255)
cggtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGa > 1:574491/5‑234 (MQ=255)
gtaaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGatt < 2:265682/232‑1 (MQ=255)
taaTGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGatta < 2:1305328/233‑1 (MQ=255)
aaaTGGTTTAAAAATGTTCGTTTATATCATATTATTGGGTGCCATTGTTGCTGCATTTTTCGCAAATGATGGCGCAGCGTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTTAAAAATATAGGTTTTAGTAAGCGGGCCATATTCCCTTTTATTATTGCGAGTGGTTTTATAGCTGACACAACTTCTTTACCTTTGATCGTGAGCAATCTAGTGAATATTATATCTGCTGatta < 2:557684/234‑1 (MQ=255)
tGGCTTAAAAATGTTTGTTTTTATTATGTTACTTGGGGCAATTGTAGCAGCATTTTTCGCAAATGATGGTGCAGCTTTAATCTTAACGCCTATTGTATTAGCGATGGTAAGGAATCTAGGATTTAATCAAAAAGTGATTTTCCCCTTTATTATTGCCAGTGGTTTTATTGCTGATACTACATCACTTCCCTTAATTGTAAGTAACTTAGTTAATATCGTTTCTGCAGattactc > 2:1353787/1‑231 (MQ=255)
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||||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
