Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
775 |
327.3 |
10718052 |
97.2% |
10417946 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,218,374 |
(C)5→6 |
pseudogene (306/1685 nt) |
btsS ← |
two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 96.4%
| 890.2
/ 23.0
| 276 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/5); new base C (139/126); total (144/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218232‑2218503
|
cgacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc > 1:3697858/1‑140 (MQ=255)
gacgaACGTGACTGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑c < 2:3762034/140‑1 (MQ=255)
gatcGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca < 1:4585093/137‑3 (MQ=255)
gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca > 1:1415233/1‑138 (MQ=255)
gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca > 2:3235159/1‑138 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccat > 2:319126/1‑137 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:1059482/140‑1 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:319126/140‑1 (MQ=255)
aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:2908452/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTCAAGACTATATCAGTGCGCCCACAGCGGATCAAGATGCTGTGTACCAAGCCCCCGAGTCATCCTTCAAAGATGGTCGAGATCAAGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATAGAatat < 2:2529229/140‑1 (MQ=255)
cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAatat < 1:912185/140‑1 (MQ=255)
cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCATGATGCTGTGTATAAGGCCACCGAGTAATCCTTGAACGATGGTCGAGATTATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGa > 1:2733938/1‑140 (MQ=255)
aCCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGAt > 2:1360905/1‑140 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTaa > 2:966118/1‑140 (MQ=255)
aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccgc > 1:2068841/1‑140 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1239467/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:283946/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:1269361/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:4091867/140‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:4933810/140‑1 (MQ=255)
gggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGt < 2:1233025/140‑1 (MQ=255)
ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTGAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTc > 1:5286905/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:2642411/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:2995378/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:4256818/1‑140 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGAGGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATAGCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:27026/1‑140 (MQ=255)
aaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGACTATCGATGTAAGCCGACGGTCAGccc > 2:3857487/1‑140 (MQ=255)
aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 2:3495235/140‑1 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACCATGGTCGAGGCCATGCAACTTAACGCGGTCATCC‑CCC‑CC‑ATCGAATACCGATATAAGCAGCCGCTAAGCCCacaca > 2:2698553/1‑136 (MQ=255)
ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 2:2208229/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGCTGCTGTGTCCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑CCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc < 2:3821139/140‑1 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:1468487/1‑140 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:527471/1‑140 (MQ=255)
aTCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGcc < 1:3489649/140‑1 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGTATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCATCAACGATTGTCGAGAGCATGCAACTTAACTCGGTCAT‑G‑CCC‑CCAATCGAATATCGATGAAAGCCGCCGGACAGCCCAACCAGGCCAcgg > 2:1927075/1‑138 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:3972392/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4504458/1‑140 (MQ=255)
tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4716730/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:3236723/1‑140 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccatc > 2:4392401/1‑92 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccatc < 1:4392401/96‑5 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 1:4043761/1‑140 (MQ=255)
ggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCGTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑TTCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:395549/140‑1 (MQ=255)
cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:21077/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:3366911/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1866195/140‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:975233/140‑1 (MQ=255)
ggCTGTGTACCAGGCTACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTCACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:1144300/139‑1 (MQ=255)
cTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCCCCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgcc < 1:1774217/140‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTATTCCTTCAACGATGGTCGAGATCAGGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAAAATCGACGTAAGCCCCCGGGCAGCCCAACCAGCCGACCGACGACCGGAACCCCGGGAAAgcag > 2:4444067/1‑138 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:2489797/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccg > 1:3656580/1‑140 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCACACCGACGACCGGACCGCCGAGAAAgccg > 2:2408995/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCCGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc > 1:5214946/1‑140 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgccgcc < 1:633377/140‑1 (MQ=255)
gtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CCCTCC‑ATCGAATATCAATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGccc < 2:2328424/140‑1 (MQ=255)
tACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATCC‑CCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCa < 2:712822/140‑1 (MQ=255)
aCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTGAGCCGCCGGGCAGCCCAACCAGCCCACCGACACCCGGACCGCCCAGTACGCCGCCCAt > 2:4829068/1‑140 (MQ=255)
aCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCAt > 2:2620959/1‑140 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:2452388/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg < 1:4812327/140‑1 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:3138369/1‑140 (MQ=255)
gCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 1:4920863/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:3950736/1‑140 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 1:475836/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCGCAATACCGCGcc > 2:1653824/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:1007511/1‑140 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:563336/140‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTAGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAC‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 1:4900981/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGCTCATGCACCTTAACGCGATCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCCGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 2:293058/140‑1 (MQ=255)
aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt > 2:1586458/1‑140 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg > 1:86716/1‑140 (MQ=255)
aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc > 1:3063561/1‑140 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:2301239/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:4716730/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:5152379/140‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:519607/140‑1 (MQ=255)
tCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGCAAGCCGCCCATTACCGCGCCGATCGCAc > 2:402457/1‑140 (MQ=255)
cTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACgg > 1:2217605/1‑140 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:2806434/1‑140 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 1:558479/140‑1 (MQ=255)
gATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg < 1:1586458/140‑1 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 1:1992566/1‑140 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGAACGGGTATTGGCAAt > 2:1784225/1‑140 (MQ=255)
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CGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGC < SRR14920189.4794879/151‑1 (MQ=60)
GGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCC < SRR14920189.702687/151‑1 (MQ=60)
AGATCAGGACGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCC < SRR14920189.4098603/151‑1 (MQ=60)
GATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCG > SRR14920189.2495424/1‑151 (MQ=60)
GATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCG > SRR14920189.4488669/1‑151 (MQ=60)
GATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCG > SRR14920189.3665151/1‑151 (MQ=60)
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TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920189.5227816/1‑151 (MQ=60)
TCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCC > SRR14920189.1936876/1‑151 (MQ=60)
GGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCAT > SRR14920189.4316301/1‑151 (MQ=60)
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ATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACC < SRR14920189.2917423/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920189.1866944/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920189.2213336/151‑1 (MQ=60)
TGCAACTTAACGCGGGCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCC < SRR14920189.2012486/151‑1 (MQ=60)
ACTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGTACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > SRR14920189.4930664/1‑151 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.4697126/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.3970577/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.2044125/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.4140002/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.2054185/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.2880733/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.1846511/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.1845404/151‑1 (MQ=60)
CTTAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACC < SRR14920189.2672964/151‑1 (MQ=60)
TAACGCGGTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAG > SRR14920189.5216634/1‑151 (MQ=60)
GTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920189.2005323/1‑151 (MQ=60)
GTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920189.3627235/1‑151 (MQ=60)
GTCAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCA > SRR14920189.3452111/1‑151 (MQ=60)
CAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATG > SRR14920189.3722132/1‑151 (MQ=60)
CAT‑‑GCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATG < SRR14920189.2741865/151‑1 (MQ=60)
C‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGC < SRR14920189.3932747/151‑1 (MQ=60)
CCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAG > SRR14920189.3649639/1‑151 (MQ=60)
CCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGA < SRR14920189.2921209/151‑1 (MQ=60)
CCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGCTGCCCATGATGCAGAA > SRR14920189.2980010/1‑151 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920189.3542368/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920189.809480/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920189.1175413/151‑1 (MQ=60)
CATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG < SRR14920189.3726681/151‑1 (MQ=60)
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CCATTTCAGCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑‑G‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAACCAGGTGCCCATGATGCAGAAG > NZ_CP025268/2218224‑2218524
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |