Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R3
|
778 |
586.6 |
19747158 |
98.0% |
19352214 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,146,507 |
+T |
pseudogene (1028/1643 nt) |
flgK → |
flagellar hook‑associated protein FlgK |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,146,507 | 1 | . | T | 98.8%
| 1952.3
/ 9.5
| 507 | pseudogene (1028/1643 nt) | flgK | flagellar hook‑associated protein FlgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base T (220/280); total (223/284) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 545 total aligned reads displayed.
ACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑G‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT > NZ_CP025268/1146368‑1146639
|
cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACACAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gt > 1:3267978/1‑139 (MQ=255)
cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gt > 2:2280070/1‑139 (MQ=255)
cGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCAGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTCTCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAATCACGAAGAACAAA‑g‑gt > 1:8569942/1‑139 (MQ=255)
ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgac > 2:6320833/1‑136 (MQ=255)
ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgac < 1:3521397/140‑5 (MQ=255)
ttGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑g‑gtgac > 1:3376482/1‑136 (MQ=255)
gACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGtt > 2:9329546/1‑140 (MQ=255)
aCAACTGGCGCTGGCATGTTCCGAGGCTTTCAACACCCAACACACAGCCGGATTGGATTCGAACGTCGAGGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTAGCGGTAAGCCCGCGGTGCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTg < 2:197654/140‑1 (MQ=255)
aCTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCCAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGa > 2:5901157/1‑140 (MQ=255)
cTGGCTCTGGCATTTGCCGAGTCTTTAAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATTCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:3625829/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 1:675775/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:510140/140‑1 (MQ=255)
cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt > 1:8947864/1‑140 (MQ=255)
cTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTGGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGAt < 2:2963827/140‑1 (MQ=255)
tGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATc > 1:3983658/1‑140 (MQ=255)
ggCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCg > 1:2907924/1‑140 (MQ=255)
cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCCACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGt < 2:2150690/140‑1 (MQ=255)
cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGt < 2:2490425/140‑1 (MQ=255)
cgcTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGt < 1:2005732/140‑1 (MQ=255)
cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGc > 2:5433723/1‑140 (MQ=255)
cTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGGTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGc < 1:3005964/140‑1 (MQ=255)
tGGCAGTTGCCGCGGCTGACACCCCCCACCACCAAGCCGGACTTGATCCTAACGGCGATGCCGGTGCAGATTTCTGTGCTATCGGTACGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGGTGCGATCGGTGcc < 2:8488679/140‑1 (MQ=255)
ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCa > 1:380117/1‑140 (MQ=255)
ggCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCa > 2:3149210/1‑140 (MQ=255)
cATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACg > 1:8260585/1‑140 (MQ=255)
cATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACg > 1:9372309/1‑140 (MQ=255)
tttGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGt < 2:9043012/140‑1 (MQ=255)
gCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGAGCCACGGTAAc > 2:3041338/1‑140 (MQ=255)
gAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAATATTTCATTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGa < 2:1499603/140‑1 (MQ=255)
atgCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 1:3742906/138‑1 (MQ=255)
aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑GTT‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt < 2:4411945/140‑1 (MQ=255)
aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGAt > 2:5599473/1‑140 (MQ=255)
aGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAAAACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGACACGGTAAATGAt > 1:2253241/1‑140 (MQ=255)
gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 1:5433723/140‑1 (MQ=255)
gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc > 1:6965938/1‑140 (MQ=255)
gCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 1:7892736/140‑1 (MQ=255)
gCTCTCAACACCCAACACACAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGc < 1:8062987/140‑1 (MQ=255)
tCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAATAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTcc > 2:6031308/1‑140 (MQ=255)
cAACACCGTACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGGGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCCATACACGAAAATCATA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTCACTGATGCCTCcg > 2:2603081/1‑140 (MQ=255)
cAACACCCAACACTAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCGCGCGGTTCTGCAAAACACGATTAACATT‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCGACGGTTACTGATGCCTCcg < 2:1800015/140‑1 (MQ=255)
cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:6520367/140‑1 (MQ=255)
cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:5973392/140‑1 (MQ=255)
cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:91768/140‑1 (MQ=255)
cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 2:4835112/140‑1 (MQ=255)
cAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCAGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcg < 1:6177219/140‑1 (MQ=255)
acacCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGTCGATGCCGTTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTTCAAAACACGAACAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCcgcg < 2:9496594/140‑1 (MQ=255)
cccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTCACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTa < 2:9195171/140‑1 (MQ=255)
cccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTa < 2:7170775/140‑1 (MQ=255)
ccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAc > 2:83931/1‑140 (MQ=255)
ccAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTAc > 2:7954080/1‑140 (MQ=255)
aaCACAAAGCCGGATTTGATGCTACCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGATGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTg > 1:7349929/1‑140 (MQ=255)
acacAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTgg > 1:1566835/1‑140 (MQ=255)
caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 2:7734522/140‑1 (MQ=255)
caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:192419/140‑1 (MQ=255)
caAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGa < 1:4685946/140‑1 (MQ=255)
aGCCGGATTTGATNGTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCGACGGTAANTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAg > 1:6251680/1‑140 (MQ=255)
gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa > 1:9544580/1‑140 (MQ=255)
gCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGa < 1:8666723/140‑1 (MQ=255)
cGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAATG‑T‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTTATGCCTCCGAGGTACTGGCGACAGAtt > 2:5271379/1‑140 (MQ=255)
aTGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAAtc < 2:2774102/140‑1 (MQ=255)
aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:6538012/140‑1 (MQ=255)
aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 2:7541648/140‑1 (MQ=255)
aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:1005232/140‑1 (MQ=255)
aaCGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGtt < 1:9487395/140‑1 (MQ=255)
cGATGCCGGTGATGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGata < 2:431822/140‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa > 1:5637130/1‑140 (MQ=255)
gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 1:1132761/140‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 1:5534872/140‑1 (MQ=255)
gATGCCGGTGAAGATGTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataa < 2:8799128/140‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGataata < 1:4484622/140‑1 (MQ=255)
ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 2:9651425/140‑1 (MQ=255)
ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat < 2:6183474/140‑1 (MQ=255)
ccGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATaataat > 2:3471956/1‑140 (MQ=255)
gTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAg > 2:4548122/1‑140 (MQ=255)
tGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGt < 1:2722373/140‑1 (MQ=255)
aGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGc < 1:2445229/140‑1 (MQ=255)
tggCTCTCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCAcc < 1:7518747/138‑1 (MQ=255)
tATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGcc > 2:3870936/1‑140 (MQ=255)
tCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCtt > 2:3712426/1‑140 (MQ=255)
aaGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAg < 2:5647434/140‑1 (MQ=255)
cccGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCaa > 2:1007383/1‑140 (MQ=255)
cccGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGGACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCaa < 1:4294977/140‑1 (MQ=255)
gcgGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAA‑G‑GTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATAc < 2:4097235/140‑1 (MQ=255)
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AAACACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGAT < SRR14920172.6636737/151‑1 (MQ=60)
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CACGAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCC < SRR14920172.9935368/151‑1 (MQ=60)
GAAAAACAAAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAAC < SRR14920172.1169555/151‑1 (MQ=60)
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AAGGTGACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGT < SRR14920172.5498440/151‑1 (MQ=60)
GT‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATCATACTCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAATGTGGC > SRR14920172.9317549/1‑151 (MQ=60)
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AGACGCGTAATACGCTTGGACAACTGGCGCTGGCATTTGCCGAGGCTTTCAACACCCAACACAAAGCCGGATTTGATGCTAACGGCGATGCCGGTGAAGATTTCTTTGCTATCGGTAAGCCCGCGGTTCTGCAAAACACGAAAAACAAAGG‑GACGTTGCGATCGGTGCCACGGTAACTGATGCCTCCGCGGTACTGGCGACAGATTACAAAATCTCGTTCGATAATAATCAGTGGCAGGTCACCCGCCTTGCCAGCAATACCACTTTTACGGTGACGCCGGATGCCAACGGTAAAGTGGC > NZ_CP025268/1146357‑1146656
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |