Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R3
|
778 |
586.6 |
19747158 |
98.0% |
19352214 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,219,333 |
G→A |
intergenic (‑230/+27) |
iraM ← / ← CXP41_RS24360 |
anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0%
| 77.3
/ NA
| 21 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (5/16); total (5/16) |
AATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAAT > NZ_CP025268/1219200‑1219435
|
aattaattAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa < 2:5376482/140‑1 (MQ=255)
aattaattAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCa < 2:5376135/140‑1 (MQ=255)
ggCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCt < 1:3236079/140‑1 (MQ=255)
ttaaaatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACa < 2:1566240/139‑1 (MQ=255)
ataaaatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACa < 2:1566727/140‑1 (MQ=255)
aatTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGc < 1:9770010/140‑1 (MQ=255)
ttaaaaGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGAATTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 2:7536544/137‑1 (MQ=255)
ggAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt > 1:9576272/1‑140 (MQ=255)
aTGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCaa < 2:5698878/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 1:7925643/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt < 2:2145426/140‑1 (MQ=255)
gTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCt > 2:3658178/1‑140 (MQ=255)
ttAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:4528350/114‑1 (MQ=255)
ttAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 2:4528350/1‑114 (MQ=255)
tgtgAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCttt > 1:4695965/1‑140 (MQ=255)
aGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTtatat < 2:4695965/140‑1 (MQ=255)
tattGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGataata < 1:5724527/140‑1 (MQ=255)
attGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGAtaataa < 1:3072801/140‑1 (MQ=255)
ttGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATaataat < 1:1594577/140‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACa > 2:1237101/1‑42 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACa < 1:1237101/42‑1 (MQ=255)
|
AATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAAT > NZ_CP025268/1219200‑1219435
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATA > NZ_CP025268/1219184‑1219481
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCCATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATAC < SRR14920172.3410324/151‑1 (MQ=60)
AAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGAC < SRR14920172.7147448/151‑1 (MQ=60)
GGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAAC < SRR14920172.3261535/151‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccccccccccccattttcaagcagaagacggcatacgcgattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCT < SRR14920172.4707159/46‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccccccccccccattttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCT < SRR14920172.3961774/46‑1 (MQ=60)
cccccccccccccccccttttccagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATG < SRR14920172.1246923/64‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGC < SRR14920172.6064567/57‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTAC < SRR14920172.716697/57‑1 (MQ=60)
AATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTAC < SRR14920172.9847908/151‑1 (MQ=60)
ATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACT > SRR14920172.9652614/1‑151 (MQ=60)
gtgtataagagacagCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920172.4563933/136‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccctttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920172.6005204/59‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920172.1944342/52‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccatttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920172.7639635/65‑1 (MQ=60)
cccccccccccccccattttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920172.7639225/65‑1 (MQ=60)
ccccccccccccatttttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATT < SRR14920172.2977472/67‑1 (MQ=60)
cacttttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACA < SRR14920172.5041543/78‑1 (MQ=60)
tttcaagcagaagacggcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920172.5569471/82‑1 (MQ=60)
GTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGG < SRR14920172.7988682/151‑1 (MQ=60)
AAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTT > SRR14920172.4732828/1‑151 (MQ=60)
gcatacgagattactacgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920172.4471131/98‑1 (MQ=60)
cgcgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAAT < SRR14920172.5084210/114‑1 (MQ=60)
TATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAG < SRR14920172.5769481/151‑1 (MQ=60)
ATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGC < SRR14920172.3096876/151‑1 (MQ=60)
TTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCA < SRR14920172.1607099/151‑1 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgacgtcttnggcttgaaaagtgggggggggggggg > SRR14920172.7203958/1‑65 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatcgcgtatgccgtcttntgcgtgaaaagggggggggggggggg > SRR14920172.7203925/1‑65 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaat > SRR14920172.8582435/1‑107 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATT > SRR14920172.9179590/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtcgtctgcttgaaaagggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920172.4203153/1‑41 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920172.8756532/1‑49 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgc > SRR14920172.5427485/1‑98 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgc > SRR14920172.5427480/1‑98 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaa > SRR14920172.3660747/1‑82 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACANCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCActgtcncttatacacatctccgagcccacgag > SRR14920172.6301150/1‑119 (MQ=60)
TATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatctcgtatgccgtctt > SRR14920172.501886/1‑92 (MQ=60)
ATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacgcgtagtaatcgcgtatgccgtcttctgcttgaaaaggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920172.7951651/1‑54 (MQ=60)
|
CCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATA > NZ_CP025268/1219184‑1219481
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
