Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R2
|
777 |
572.4 |
18918554 |
98.5% |
18634775 |
138.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,219,333 |
G→A |
intergenic (‑230/+27) |
iraM ← / ← CXP41_RS24360 |
anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,219,333 | 0 | G | A | 100.0%
| 81.3
/ NA
| 22 | intergenic (‑230/+27) | iraM/CXP41_RS24360 | anti‑adapter protein IraM/protein YmgK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/12); total (10/12) |
GGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAA > NZ_CP025268/1219216‑1219460
|
ggCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCt < 2:6580942/140‑1 (MQ=255)
ggAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACt > 2:735627/1‑140 (MQ=255)
tGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAAt < 1:6503507/140‑1 (MQ=255)
tGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGc > 2:216559/1‑140 (MQ=255)
tGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGc > 2:217085/1‑140 (MQ=255)
aaaCAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTaaa > 2:2601215/1‑140 (MQ=255)
gaTTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 1:7862316/140‑1 (MQ=255)
aaaGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCtttt > 2:6044572/1‑137 (MQ=255)
aaaGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCtttt < 1:6044572/137‑1 (MQ=255)
cAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATaa < 1:735627/140‑1 (MQ=255)
tAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGa < 1:415969/140‑1 (MQ=255)
tGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 2:7513758/77‑1 (MQ=255)
tGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 1:7513758/1‑77 (MQ=255)
ttttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAg < 1:217085/140‑1 (MQ=255)
ttttAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAg < 1:216559/140‑1 (MQ=255)
aGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGACTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatg < 2:937565/140‑1 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATaa > 1:7066135/1‑140 (MQ=255)
cTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAGAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATaa > 1:4675386/1‑140 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt > 2:5070775/1‑48 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCt < 1:5070775/48‑1 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg > 2:3979595/1‑87 (MQ=255)
aTGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTg < 1:3979595/87‑1 (MQ=255)
|
GGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAA > NZ_CP025268/1219216‑1219460
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219193‑1219483
|
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgcgatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATG < SRR14920173.7934929/40‑1 (MQ=60)
cccccccccccccccccccccccccccccccccagtttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAAC < SRR14920173.4794909/47‑1 (MQ=60)
cccccccacccccccccccgtttttcacgcataagtcggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGC < SRR14920173.8298015/60‑1 (MQ=60)
cccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgcgatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920173.5100166/70‑1 (MQ=60)
ccccccccccccccccccccccttttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTT < SRR14920173.747081/59‑1 (MQ=60)
cccattttcaagcagaagacggcatacgcgatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAAC < SRR14920173.8099150/77‑1 (MQ=60)
TGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACAT < SRR14920173.6541705/151‑1 (MQ=60)
ttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGT < SRR14920173.3337551/83‑1 (MQ=60)
caagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGT < SRR14920173.1796669/85‑1 (MQ=60)
gtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920173.4002752/109‑1 (MQ=60)
gcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920173.1767457/98‑1 (MQ=60)
gcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920173.6556705/98‑1 (MQ=60)
gcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920173.6555676/98‑1 (MQ=60)
GATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAT < SRR14920173.7909001/151‑1 (MQ=60)
GTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGAT < SRR14920173.6079809/151‑1 (MQ=60)
CAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatg > SRR14920173.7558313/1‑99 (MQ=60)
CAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATG < SRR14920173.739830/151‑1 (MQ=60)
TAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAAT < SRR14920173.418396/151‑1 (MQ=60)
TTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAG < SRR14920173.218410/151‑1 (MQ=60)
TTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAG < SRR14920173.217881/151‑1 (MQ=60)
GATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAA > SRR14920173.7107901/1‑151 (MQ=60)
GATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATAGAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAA > SRR14920173.4702592/1‑151 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATT > SRR14920173.3087020/1‑151 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATT > SRR14920173.3086308/1‑151 (MQ=60)
GCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTAAATT > SRR14920173.1675243/1‑151 (MQ=60)
ATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttga > SRR14920173.2630657/1‑84 (MQ=60)
GTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagggggggggggggggggggggggggggggggggggggggggg > SRR14920173.3677917/1‑39 (MQ=60)
ACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatcgcgt > SRR14920173.2961709/1‑102 (MQ=60)
|
AAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATGCATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGACATGAGAATAAGGTTTCAATTTTTGAGTTATATA > NZ_CP025268/1219193‑1219483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
