Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R2
|
870 |
341.9 |
11209456 |
97.2% |
10895591 |
138.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,457,300 |
T→C |
pseudogene (1737/2646 nt) |
yfcU ← |
fimbrial usher protein YfcU |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,457,300 | 0 | T | C | 99.4%
| 1545.9
/ NA
| 466 | pseudogene (1737/2646 nt) | yfcU | fimbrial usher protein YfcU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base C (217/245); minor base A (1/2); total (219/247) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 466 total aligned reads displayed.
GTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAG > NZ_CP025268/2457163‑2457435
|
gTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTa > 1:1409543/1‑140 (MQ=255)
tGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTAc < 1:5252724/140‑1 (MQ=255)
tGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTAc < 1:1527749/140‑1 (MQ=255)
tGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCACCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTAc < 2:3578269/140‑1 (MQ=255)
gCCGATGTTCAACTGATCGTGAGTCGCGGCATCGACACGGCTAAACTACCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGTTAACGGTACTCTTTTCTCCCCTCGGCATAATTAGCGATATCTACa < 2:269453/140‑1 (MQ=255)
gCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa < 1:3327685/140‑1 (MQ=255)
gCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa < 1:592697/140‑1 (MQ=255)
gCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACa < 2:3826355/140‑1 (MQ=255)
ccGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACAt > 1:5409058/1‑140 (MQ=255)
ccGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACAt > 2:1244853/1‑140 (MQ=255)
ccGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACAt < 2:2438024/140‑1 (MQ=255)
aTGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGcc < 2:3441242/140‑1 (MQ=255)
tCAACTGATAGTGAGGCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACGTCCATAGTTGCCGTTAGAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACTGCATACTTAGCGATATCTACAGTCCCTTa > 2:2589867/1‑140 (MQ=255)
cAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTCAAATAACCGACCTCGCGGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGGTATAGCTCACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTAt > 2:694532/1‑140 (MQ=255)
tGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGc < 1:1015234/140‑1 (MQ=255)
gATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGcc < 1:3140653/140‑1 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc > 1:5443608/1‑140 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc > 1:2605191/1‑140 (MQ=255)
aTAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGGCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGccc < 2:2036289/140‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:4694454/140‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 1:1627640/140‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg > 1:1890477/1‑140 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 2:29296/140‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg > 2:1905897/1‑140 (MQ=255)
aGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCgg < 1:357663/140‑1 (MQ=255)
tGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGtt > 2:3224315/1‑140 (MQ=255)
gAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTg > 1:2192984/1‑140 (MQ=255)
aGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGt > 1:1225792/1‑140 (MQ=255)
aGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGt > 1:649636/1‑140 (MQ=255)
gTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGGTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTc > 1:4540311/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:2549520/1‑140 (MQ=255)
tCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCa > 1:2731967/1‑140 (MQ=255)
cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCACCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATAc > 1:3981698/1‑140 (MQ=255)
cgTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGGTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGCCATAc > 2:1734318/1‑140 (MQ=255)
gACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGc < 1:781399/140‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg < 1:891540/140‑1 (MQ=255)
ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg > 1:4903926/1‑140 (MQ=255)
ggCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg < 1:513245/140‑1 (MQ=255)
agCTAACATCACCGACCCGGCTGCTGCCCGTCCCCCTCCCATAGTTCCCGCTATAGCTAACGGTACTGCCGTCGCCCCACGGCATACTGCGCGAAATCTACATGCCCTTATGCTCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAg < 2:1613795/139‑1 (MQ=255)
aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg > 1:4610397/1‑140 (MQ=255)
aCCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAggg > 2:516938/1‑140 (MQ=255)
cccaCCTCGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATCGTTGCCGTTCTAGCTAACGCTACTGTTCTCGCCCCACGGCATACTGCGCGCAATCTACCTGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa < 2:3320331/137‑1 (MQ=255)
ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa > 2:4183084/1‑140 (MQ=255)
ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa < 2:1691626/140‑1 (MQ=255)
ccGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGa < 1:3020392/140‑1 (MQ=255)
cGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGaa > 1:266573/1‑140 (MQ=255)
cGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGaa > 2:4578008/1‑140 (MQ=255)
tGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCt < 2:2610151/140‑1 (MQ=255)
ggCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTc < 1:3479445/140‑1 (MQ=255)
ctgctgTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCat < 1:2910635/140‑1 (MQ=255)
ctgTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATAtt > 2:229333/1‑140 (MQ=255)
gtccgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTAc > 1:3766647/1‑140 (MQ=255)
tccgtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACg > 1:298498/1‑140 (MQ=255)
gtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAt > 1:4404852/1‑140 (MQ=255)
gtccCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAt > 2:5274988/1‑140 (MQ=255)
cTGCAATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAAGGCTGcc < 1:2059189/140‑1 (MQ=255)
tGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGccc > 1:479099/1‑140 (MQ=255)
ccATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCat > 1:1970814/1‑140 (MQ=255)
ccATAGTGGCCGTTATAGCTAACGGTACTGGTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACCTGCGCTTATCCGCACGGGTGTCATACTCGTAGAGGTAGCCAGTCAGGCAAACGCGCATAGTCCCGATGGTGcccgt > 2:4047077/1‑138 (MQ=255)
aTAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGGCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCGGCTCatat > 1:1105127/1‑140 (MQ=255)
aTAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCatat > 1:41047/1‑140 (MQ=255)
tAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATAtt < 2:832857/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGa < 2:3742919/140‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGa < 1:368289/140‑1 (MQ=255)
tGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGaaa < 1:5503204/140‑1 (MQ=255)
cGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAg > 1:4204506/1‑140 (MQ=255)
tataGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCACGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCAAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTgg < 1:182292/140‑1 (MQ=255)
taGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGga < 1:2319297/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCGCGGCATACTGATCGACATCTACATGCCCTTATCCGCCAGGTTGGCATACTCGTAGCGGGAGCCAGTCAGGGAATCGCTCATGTTACGAATGCTGTCCAAATTGAACTAGTGGGAGAGCa > 2:2758480/1‑140 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGCAACGCTCATAGTACGAATGCTGCCCCTATTGAAATAGTGGGAgcgcc > 2:5598385/1‑139 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 1:1425399/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa > 2:4491139/1‑140 (MQ=255)
aaCGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 2:4901881/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTACTGTCGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCa < 1:247500/140‑1 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 1:2107801/1‑140 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg < 1:3394419/140‑1 (MQ=255)
cGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCGGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCatg > 2:5432851/1‑140 (MQ=255)
aCTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGCAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGTTTGTCATACTCGGAGCGGTAGCCAGTCAGTGAAACGCTCATATTACGAATGCTCCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgt > 2:1201363/1‑140 (MQ=255)
aCTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGAtgt < 2:5542808/140‑1 (MQ=255)
cTGTTGTCGACCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCCGGGAAACGCTCATATTCCGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGTAGAGCATGAtgtt < 2:1790208/140‑1 (MQ=255)
gtCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGCAGCCAGTCAGAGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGAGAGAGCATGATGTTGTAGt > 2:5060841/1‑140 (MQ=255)
tCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGtt > 2:2395497/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGTAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 2:3710478/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTg > 2:4197368/1‑140 (MQ=255)
gCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGCTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGCAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTCTg > 2:4356254/1‑140 (MQ=255)
aCGGCATCCTGCGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTATCGGTAGCCGTTCAGTGAAACGCTCATATGACGAATGCGGCCCATAGTGGAATAGTAGGATGGCAGGATGTTGTAATTTGTCTGc > 2:316085/1‑140 (MQ=255)
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aCTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCAGGGAAACGCTCATATTACGa > 1:1708570/1‑82 (MQ=255)
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gacagGGCTGCTGTCCGTCCCCCTGCCATAGTCGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCAGTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTA < SRR14920167.135457/146‑1 (MQ=60)
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CCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACG < SRR14920167.253048/151‑1 (MQ=60)
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GCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAG > SRR14920167.2231159/1‑151 (MQ=60)
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GTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTG > SRR14920167.1361730/1‑151 (MQ=60)
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CATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAG < SRR14920167.802388/151‑1 (MQ=60)
ATACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGT < SRR14920167.5135954/151‑1 (MQ=60)
ACTGAGCGAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAG < SRR14920167.2352257/151‑1 (MQ=60)
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GAAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGC < SRR14920167.824559/151‑1 (MQ=60)
AAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCG < SRR14920167.2182617/151‑1 (MQ=60)
AAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCG < SRR14920167.1396177/151‑1 (MQ=60)
AAATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCG < SRR14920167.1272151/151‑1 (MQ=60)
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AATCTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGG < SRR14920167.5065292/151‑1 (MQ=60)
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GTGTTTGTCACTGGTGCCGATGTTCAACTGATAGTGAGTCGCGTCATCGACACGGCTAAAATAACCGACCTGGCTGCTGTCCGTCCCACTGCCATAGTTGCCGTTATAGCTAACGGTACTGTTGTCGCCCCACGGCATACTGAGCGAAATTTACATGCCCTTATCCGCCCGGTTGTCATACTCGTAGCGGTAGCCAGTCA‑GGGAAACGCTCATATTACGAATGCTGCCCATATTGAAATAGTGGGAGAGCATGATGTTGTAGTTTGTCTGCTCCTCACGATCCCAGTAGGTATGGCGGGTA > NZ_CP025268/2457150‑2457450
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
