Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F21 I1 R5	781	658.8	22969755	98.0%	22510359	137.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NZ_CP025268	390,887	G→A	A356V (GCG→GTG)	CXP41_RS02035 ←	IS3‑like element IS3 family transposase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NZ_CP025268	390,887	0	G	A	94.7%	30.6 / ‑6.0	19	A356V (GCG→GTG)	CXP41_RS02035	IS3‑like element IS3 family transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (17/1); total (18/1)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTC  >  NZ_CP025268/390750‑390926

gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcc                                       >  1:10968694/1‑140 (MQ=18)

gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcc                                       >  2:5005847/1‑140 (MQ=18)

gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACAGTCGATA‑TAATTAAACAcc                                       >  2:10039831/1‑140 (MQ=16)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCATATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAGTGTAATCACACTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:10128550/1‑140 (MQ=11)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  1:11214888/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:8153026/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:7259574/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:6005984/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:10036349/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  1:9024340/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  1:2946244/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  1:1209327/1‑140 (MQ=17)

 ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACAAAGGCATAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACAcct                                      >  2:3683396/1‑139 (MQ=12)

 ggggCTGATAGAACCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCTGACAGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAATGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCg                                      >  2:6309873/1‑140 (MQ=11)

  gggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGt                                     >  2:4301185/1‑140 (MQ=14)

   ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt                                    >  1:4974298/1‑140 (MQ=11)

   ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt                                    <  1:3920592/140‑1 (MQ=11)

   ggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACACCGtt                                    >  2:8795164/1‑140 (MQ=11)

                                     cgcctatgCGAGGTTCTGGGTTTCAAAGTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACCCCAACTGTGCCGCCGCCACCGAGGGTAGTCACATTCGTGAGTATTGATACG‑CGTGGCGCGCATTCTTTGCCGGCTGATAAGGTGTtgtc  >  2:7152150/8‑140 (MQ=2)

GGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATA‑TAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTC  >  NZ_CP025268/390750‑390926

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 11 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTAT  >  NZ_CP025268/390737‑390903

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACCCAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTTTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCTATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.2857554/1‑151 (MQ=40)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGNTTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.6145716/1‑151 (MQ=43)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.10614830/1‑151 (MQ=44)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.10504861/1‑151 (MQ=44)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.6622788/1‑151 (MQ=44)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.608394/1‑151 (MQ=44)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.5864255/1‑151 (MQ=44)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACA                  >  SRR14920170.4861592/1‑151 (MQ=44)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.8352796/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.623014/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.8836043/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.4740008/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.2744329/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.2075140/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.1907118/151‑1 (MQ=39)

 ATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACAC                 <  SRR14920170.11237090/151‑1 (MQ=39)

  TCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACC                >  SRR14920170.11064833/1‑151 (MQ=35)

   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG               >  SRR14920170.9103314/1‑151 (MQ=31)

   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG               >  SRR14920170.2971510/1‑151 (MQ=31)

   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG               >  SRR14920170.1219786/1‑151 (MQ=31)

   CTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCG               >  SRR14920170.11313414/1‑151 (MQ=31)

    TACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGT              <  SRR14920170.9373714/151‑1 (MQ=27)

     ACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTT             >  SRR14920170.5016524/1‑151 (MQ=24)

      CTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTG            <  SRR14920170.5298922/151‑1 (MQ=22)

         GGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCC         >  SRR14920170.7926592/1‑151 (MQ=16)

          GTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCG        >  SRR14920170.9584989/1‑151 (MQ=9)

          GTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCG        >  SRR14920170.4751620/1‑151 (MQ=9)

          GTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCG        >  SRR14920170.11048052/1‑151 (MQ=9)

               GGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTA   >  SRR14920170.9010095/1‑151 (MQ=0)

                GGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTAT  <  SRR14920170.3954113/151‑1 (MQ=0)

                GGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTAT  >  SRR14920170.334146/1‑151 (MQ=0)

AATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTAT  >  NZ_CP025268/390737‑390903

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 0 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`