Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R5
|
781 |
658.8 |
22969755 |
98.0% |
22510359 |
137.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
2,785,155 |
C→T |
pseudogene (1594/4580 nt) |
ypjA ← |
adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 2,785,155 | 0 | C | T | 99.2%
| 2296.2
/ NA
| 592 | pseudogene (1594/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (267/318); minor base G (1/4); total (269/323) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 598 total aligned reads displayed.
CTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGT > NZ_CP025268/2785018‑2785291
|
aCATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTg < 1:4344995/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTTGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 2:10656116/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 2:9727689/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 2:9537893/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 2:4950975/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 2:123333/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa < 1:9890428/140‑1 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGa > 1:935017/1‑140 (MQ=255)
cATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACAATCTTATCCTCACAACCGTCCTGa > 2:6334061/1‑140 (MQ=255)
tAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTcc > 1:6551990/1‑140 (MQ=255)
aGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCa < 1:8038720/140‑1 (MQ=255)
ttCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGaa > 1:4178490/1‑140 (MQ=255)
cTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAAcg < 2:1364744/140‑1 (MQ=255)
tGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAAcgc < 1:3576080/140‑1 (MQ=255)
aaTTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAAcgccg > 1:243018/1‑140 (MQ=255)
ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 1:2167274/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 2:11214246/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 1:6679035/140‑1 (MQ=255)
ttCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACgccgcc < 1:3756943/140‑1 (MQ=255)
gATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattat > 1:2923918/1‑140 (MQ=255)
aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt < 1:8581408/140‑1 (MQ=255)
aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt > 1:8278410/1‑140 (MQ=255)
aTGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCattatt < 2:4672347/140‑1 (MQ=255)
aGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGt < 2:10128871/140‑1 (MQ=255)
aaGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTg < 2:162483/140‑1 (MQ=255)
cATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTg > 1:4722348/1‑140 (MQ=255)
cATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTg > 1:3901594/1‑140 (MQ=255)
cATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCGTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCCTTATTAAGTCTGGTg > 2:4843357/1‑140 (MQ=255)
cATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGAGACGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATCCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCAGGTg < 2:6827893/140‑1 (MQ=255)
cACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCtc > 2:405744/1‑139 (MQ=255)
cACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTa > 1:4800392/1‑140 (MQ=255)
cACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTa > 1:10480888/1‑140 (MQ=255)
cACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAAATAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATAATTAAGTCTGGTGCTa > 2:9318735/1‑140 (MQ=255)
tAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGt < 1:10177739/140‑1 (MQ=255)
tAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGt > 2:10020754/1‑140 (MQ=255)
aCTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGttt < 1:9059621/140‑1 (MQ=255)
aCTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGttt > 1:7218029/1‑140 (MQ=255)
gTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAg < 2:2428927/140‑1 (MQ=255)
ttGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGc < 2:347070/140‑1 (MQ=255)
ttGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGc > 2:3586662/1‑140 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:8731630/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:4478385/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:1137879/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:10308329/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:9713677/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:7534334/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGATCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 1:4883972/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGATAACTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTAGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTAATAACTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:5703592/140‑1 (MQ=255)
tGGTTCCTTCGAGAAGTGGTCCGGAGGTCGTGGAATCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCTACATGCTTAGCCTCACCTCCGTCCTGAACCTACAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcc < 2:5275632/140‑1 (MQ=255)
tgtaccTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCAGCCGGATAGTTGCTCAACAAGCTTAGACTCACCACCGTCCAGAACCTCCAGAACGCAGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 2:10451380/5‑140 (MQ=255)
ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 1:1973207/1‑140 (MQ=255)
ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 1:6346252/1‑140 (MQ=255)
ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 2:8969647/1‑140 (MQ=255)
ggTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGcct > 1:2577832/1‑140 (MQ=255)
ttCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCt < 2:2737186/140‑1 (MQ=255)
ttCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCt > 1:5952652/1‑140 (MQ=255)
cGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTgg > 1:11144451/1‑140 (MQ=255)
aaGAGTTCCGGACCTCGTGGAAGAAATTAATGAGACGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGACTCACCACCTTCCTGAACATCCAGAACGCCGCAATTATAAAGTCTGGTGCTATCAGTTTTAGCCTCCTACTGGACaa > 2:3701109/1‑140 (MQ=255)
aGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAAt < 1:10647234/140‑1 (MQ=255)
gtgtTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATc > 2:314607/1‑140 (MQ=255)
ttCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGc > 2:3806728/1‑140 (MQ=255)
acccgAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCCGCt < 2:10997930/136‑1 (MQ=255)
ccGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTAt < 1:8730950/109‑1 (MQ=255)
cGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTa < 1:147472/140‑1 (MQ=255)
cGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTa < 1:10010199/140‑1 (MQ=255)
gAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTAcc < 2:2055270/140‑1 (MQ=255)
ggTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGc < 2:2560819/140‑1 (MQ=255)
ggTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGc < 1:7358949/140‑1 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGcc < 1:3388125/140‑1 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGcc > 2:11356440/1‑140 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGcc < 2:5623780/140‑1 (MQ=255)
gTCGTGGAAGCAATGAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGATCGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGcc < 2:8530170/140‑1 (MQ=255)
tCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCa < 1:2836343/140‑1 (MQ=255)
ggAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTAt < 1:7032578/140‑1 (MQ=255)
ggAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTAt < 1:1839568/140‑1 (MQ=255)
cgCAATTAATCCGCCGCCTGATGTGTGCTCAACATGCTTAGCCTCAACCACGGACTGAACCTCAAGAACGCCGCCAGTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCaa < 2:6094027/139‑1 (MQ=255)
aGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCaa < 2:3899057/140‑1 (MQ=255)
aGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCaa < 1:7639060/140‑1 (MQ=255)
aaTTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATgg < 1:5186946/140‑1 (MQ=255)
ttAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGgta < 2:5166902/140‑1 (MQ=255)
cgccgcCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCa > 1:4398729/1‑65 (MQ=255)
cgccgcCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCa < 2:4398729/65‑1 (MQ=255)
ccgccgGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCAGTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTAttttt > 1:3111889/1‑140 (MQ=255)
cgccgGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTc > 2:4165241/1‑140 (MQ=255)
cgGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGcc < 1:1259641/140‑1 (MQ=255)
ggATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 2:3020213/140‑1 (MQ=255)
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ggAGTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTACGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCg < 2:9114318/140‑1 (MQ=255)
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GTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTAC < SRR14920170.1088489/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTAC < SRR14920170.7281256/151‑1 (MQ=60)
GTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTAC < SRR14920170.5448346/151‑1 (MQ=60)
TGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCG < SRR14920170.1415335/151‑1 (MQ=60)
CTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTC < SRR14920170.4438439/151‑1 (MQ=60)
CTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTGTTAGCCACTACCGTC > SRR14920170.6467243/1‑151 (MQ=60)
CAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTCTCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAG > SRR14920170.9992965/1‑151 (MQ=60)
CAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAG < SRR14920170.4838655/151‑1 (MQ=60)
CAACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAG < SRR14920170.607427/151‑1 (MQ=60)
ACATGCTTAGCCTCACCACCGTCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTT > SRR14920170.1676025/1‑151 (MQ=60)
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GGCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGTATTTTCCAGCACA > SRR14920170.5854177/1‑151 (MQ=60)
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GCGTTTTCCAGCACTACATTTTTAGCTTCTGAATTCCTGATGTAGAAAGCATCACCATAACTGTTGGTTCCTTCGATAAGTGTTCCGGAGGTCGTGGAAGCAATTAATGCGCCGCCGGATTGTTGCTCAACATGCTTAGCCTCACCACCGCCCTGAACCTCCAGAACGCCGCCATTATTAAGTCTGGTGCTATCTGTTTTAGCCTCCTTCTGGACAATCAGCTTACCGCCAGTATCAATGGTAGTATTTTTCGCCGAGGTTTTAGCCACTACCGTCAGTTCGCCGGTATTTTCCAGCACA > NZ_CP025268/2785005‑2785304
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
