Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I1 R1
|
775 |
316.5 |
10245680 |
97.2% |
9958800 |
138.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
3,308,725 |
T→C |
*295* (TAA→TAG) |
nlpI ← |
lipoprotein NlpI |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 3,308,725 | 0 | T | C | 99.4%
| 1133.6
/ NA
| 342 | *295* (TAA→TAG) | nlpI | lipoprotein NlpI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base C (167/173); total (167/175) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 342 total aligned reads displayed.
CTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTC > NZ_CP025268/3308589‑3308859
|
cTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGGTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAGAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTAt > 2:4058526/1‑140 (MQ=255)
tcatcaTGAAATTGATCAGCAATTTGCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTAtt > 2:4597469/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:3854918/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:1166150/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:295723/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:1978247/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:2662232/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 1:2939388/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGCGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 1:2842351/1‑140 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGAAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGc > 2:866571/1‑140 (MQ=255)
catGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTg > 1:2972216/1‑140 (MQ=255)
catGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTg > 1:606112/1‑140 (MQ=255)
catGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTg > 1:4433543/1‑140 (MQ=255)
tGAAATTGCTCAGCAATTCTCATTGCAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTACTAACGAATAACCACGCCCAGCCCCGTTAAGGTGATTGAAATCAATATGGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTTATTTATTGCTGGt < 2:2591594/140‑1 (MQ=255)
aTTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGa < 1:4267022/140‑1 (MQ=255)
tGATTAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTGACGAACAACAACGCCCTCACCAGTTAAGGTGATGGCAATC‑‑AAAAGATTACGGGCTGATGTTTATGTCGTCAGCTATTGCTGGTCCGAt > 2:5076068/1‑140 (MQ=255)
tGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGTTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGAtt > 2:2882673/1‑140 (MQ=255)
tGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGAtt < 2:4349047/140‑1 (MQ=255)
tGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGAtt > 2:205849/1‑140 (MQ=255)
aTCAGCAATTTTCATTGCAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTTTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTTCGATTCt > 2:4208995/1‑140 (MQ=255)
aTCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACACGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCt > 2:4084250/1‑140 (MQ=255)
cAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGc < 2:4491344/140‑1 (MQ=255)
aGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGcc < 2:372959/140‑1 (MQ=255)
cAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CTTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAg > 2:2789250/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTCATTGAAAAGGGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAgg < 2:3441260/140‑1 (MQ=255)
aTTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGt < 1:134726/140‑1 (MQ=255)
ttCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCAt > 2:710148/1‑140 (MQ=255)
cATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 1:923006/140‑1 (MQ=255)
cATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 1:1468891/140‑1 (MQ=255)
cATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 2:4379985/140‑1 (MQ=255)
tGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTACGATTCTGCCAGGTCATCTTgg > 2:2833313/1‑140 (MQ=255)
aaaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTc < 2:3680526/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAACGTAGGTGTATTAACGACCCACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAACAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 2:2574476/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:3262613/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:2339235/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 2:238086/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:3284228/140‑1 (MQ=255)
aaaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:1688149/140‑1 (MQ=255)
gtgAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGcc > 2:1360929/1‑140 (MQ=255)
aCCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAgg < 2:103417/140‑1 (MQ=255)
gCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg < 2:1764844/140‑1 (MQ=255)
cTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGa > 1:5105278/1‑140 (MQ=255)
cTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGa > 1:4110490/1‑140 (MQ=255)
tCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt < 2:49006/140‑1 (MQ=255)
ataGTAGGTGTATTAACGATCAACAACGCCCTCCCCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAACAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGGCAGCTATGGCTGGTACGATTCTGCCACGTCATCCTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAtcc < 2:2506126/138‑3 (MQ=255)
aaGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAAt < 1:1135606/140‑1 (MQ=255)
aGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCca < 1:3904947/140‑1 (MQ=255)
gtgtATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaac > 2:790424/1‑140 (MQ=255)
gtgtATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaac > 2:2692996/1‑140 (MQ=255)
gtgtATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAACGATAATTCcaac > 2:2298886/1‑140 (MQ=255)
tgtATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca < 2:3380538/140‑1 (MQ=255)
tATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAAt > 1:2259698/1‑140 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGc > 1:707250/1‑140 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGGCCTCGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGc > 1:3608294/1‑140 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCAGCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGc > 1:1635254/1‑140 (MQ=255)
cGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt > 1:1733235/1‑140 (MQ=255)
cGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt < 1:3944491/140‑1 (MQ=255)
cGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAACGCGTAt < 2:4530577/140‑1 (MQ=255)
aacaacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCg > 2:1717789/1‑140 (MQ=255)
aacaacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGGCCTGGCCGAGGAGCGGTAATTCCAGCAATGCGTATCg > 2:3912809/1‑140 (MQ=255)
caacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGt > 2:899019/1‑140 (MQ=255)
cacatcccccTCACCCGTTAAGGTGATGGTAATCAAAAAAGATTCCGGGCTGTTGTGTC‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTg < 2:3169462/133‑1 (MQ=255)
aacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTg < 1:867459/140‑1 (MQ=255)
cccTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaaca < 1:4973596/140‑1 (MQ=255)
tCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGTCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAg > 1:2780083/1‑140 (MQ=255)
aCCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTCCGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGtt > 1:4335055/1‑140 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGaa < 1:2643930/140‑1 (MQ=255)
tAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAAc > 1:751921/1‑140 (MQ=255)
gTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc > 1:3795024/1‑80 (MQ=255)
gTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACgttg > 1:259957/1‑140 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGCTGTGGA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAAGACCAACAACGCGTATCGCTGCTCAACGAAGTTATGAACggtgct > 2:2115406/1‑138 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATTAACgttgtt > 2:44229/1‑140 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACgttgtt > 2:1442301/1‑140 (MQ=255)
aTGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGttgttg > 1:4984541/1‑140 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGc > 1:4731037/1‑140 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGc > 1:4616656/1‑140 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTTATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 2:1536304/140‑1 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGTGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 2:4711495/140‑1 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 1:3544566/140‑1 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 1:1975906/140‑1 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATCCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 1:3076911/140‑1 (MQ=255)
gcAAAAAAGATTACGGGCCGATTTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCAGCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCTATTATGCCAACAATGGGGATCAGTGCTCAACAGAGTGATGAAGGATGTCGTCAAccc > 2:3075428/2‑139 (MQ=255)
aaaGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGt < 1:1487672/140‑1 (MQ=255)
aaaGATTACGGGCTGATGTGTA‑‑‑CGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGt < 2:4663629/140‑1 (MQ=255)
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TTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGG < SRR14920169.3882669/151‑1 (MQ=60)
TTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGG < SRR14920169.4544725/151‑1 (MQ=60)
TTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGG < SRR14920169.2396743/151‑1 (MQ=60)
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TTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGG < SRR14920169.1342696/151‑1 (MQ=60)
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ACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCG > SRR14920169.2198413/1‑151 (MQ=60)
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TGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATC < SRR14920169.3658866/151‑1 (MQ=60)
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CAGTCTACATAACTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGCTGTCCAAATCCCCCAGACTT > NZ_CP025268/3308577‑3308875
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |