Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
155 |
25.8 |
2285122 |
88.0% |
2010907 |
104.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,540,787 |
T→C |
K465R (AAG→AGG) |
coxL6 ← |
Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,540,787 | 0 | T | C | 100.0%
| 164.3
/ NA
| 42 | K465R (AAG→AGG) | coxL6 | Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (19/23); total (19/23) |
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
gAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAg < 1:736486/133‑1 (MQ=255)
aGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGc > 2:398225/1‑134 (MQ=255)
gcgATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAg < 2:395389/134‑1 (MQ=255)
aCTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGt < 1:871563/134‑1 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATg < 2:349529/132‑1 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATg < 1:511921/132‑1 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATg < 1:595388/132‑1 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGt > 2:841691/1‑133 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:398225/134‑1 (MQ=255)
cccTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAc > 1:249061/1‑134 (MQ=255)
gACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc > 2:1132962/1‑126 (MQ=255)
gACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:720770/126‑1 (MQ=255)
gACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc > 2:720770/1‑126 (MQ=255)
gACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:1132962/126‑1 (MQ=255)
gagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt < 2:481424/134‑1 (MQ=255)
cgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 2:657533/112‑1 (MQ=255)
cgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc > 1:657533/1‑112 (MQ=255)
aaGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGt < 2:463570/82‑1 (MQ=255)
aaGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGt > 1:463570/1‑82 (MQ=255)
cTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCAcgtcgt > 2:1048014/1‑134 (MQ=255)
gAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACgtcgtc < 1:1048014/132‑1 (MQ=255)
gAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCtt < 2:8236/134‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGTTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTcgcg > 2:382912/1‑134 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt < 1:594574/98‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt > 2:594574/1‑98 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt > 1:838748/1‑92 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt < 2:838748/92‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAgccgc > 2:333964/1‑109 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAgccgc < 1:333964/109‑1 (MQ=255)
gCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAcct < 2:696724/47‑1 (MQ=255)
gCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAcct > 1:696724/1‑47 (MQ=255)
gCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc > 2:960377/1‑57 (MQ=255)
gCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc < 1:960377/57‑1 (MQ=255)
tGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGat > 1:603633/1‑133 (MQ=255)
aTGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCt < 1:841691/133‑1 (MQ=255)
tGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTcgc < 2:1055284/117‑1 (MQ=255)
tGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTcgc > 1:1055284/1‑117 (MQ=255)
gacgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACgtcgtc > 2:443239/1‑102 (MQ=255)
gacgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACgtcgtc < 1:443239/102‑1 (MQ=255)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTcgcg > 1:342828/1‑134 (MQ=255)
aCGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTc > 2:185579/1‑105 (MQ=255)
aCGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTc < 1:185579/105‑1 (MQ=255)
|
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540645‑1540935
|
agtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:15038:29810/113‑1 (MQ=60)
CGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2111:11451:84856/149‑1 (MQ=60)
gcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2206:15943:45342/87‑1 (MQ=60)
GGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1114:2948:22685/1‑150 (MQ=60)
GACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2203:7788:9086/150‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2216:14802:52280/150‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2111:20297:2472/150‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:18371:4553/150‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:17850:94063/148‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2103:13933:41714/148‑1 (MQ=60)
CGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCtgtctct > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2107:13002:33931/1‑143 (MQ=60)
agcagaagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1207:6189:67842/86‑1 (MQ=60)
cggagatgtgtataagagacaGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2103:1992:36708/129‑1 (MQ=60)
CCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2113:3318:37013/1‑82 (MQ=60)
CCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1210:11919:52432/1‑112 (MQ=60)
ataagagacAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1205:20345:26946/141‑1 (MQ=60)
GACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCctgtctcttatacacatctccgagccc > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:7297:15417/1‑122 (MQ=60)
gatgtgtataagagacagGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1211:4935:47021/132‑1 (MQ=60)
CTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2108:13469:66330/1‑77 (MQ=60)
CGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2103:14591:92215/1‑149 (MQ=60)
CGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2212:16790:33164/148‑1 (MQ=60)
GCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTctg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2212:8728:70345/1‑147 (MQ=60)
gtgtataagagacaGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:2418:96765/136‑1 (MQ=60)
GTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1205:5602:79742/1‑150 (MQ=60)
GATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2116:3687:29673/149‑1 (MQ=60)
CTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaaaagagacacaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1201:18663:29012/1‑57 (MQ=60)
|
GGGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540645‑1540935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
