Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
152 |
24.9 |
2083062 |
91.6% |
1908084 |
109.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,540,787 |
T→C |
K465R (AAG→AGG) |
coxL6 ← |
Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,540,787 | 0 | T | C | 100.0%
| 110.3
/ NA
| 29 | K465R (AAG→AGG) | coxL6 | Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/14); total (15/14) |
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
gAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTcc < 2:388641/131‑1 (MQ=255)
cGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAcct > 1:263622/1‑134 (MQ=255)
aaCGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAccttgcc < 2:702991/134‑1 (MQ=255)
cTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGAt > 1:348134/1‑134 (MQ=255)
cTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGAt > 2:151206/1‑134 (MQ=255)
tCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATg > 2:481492/1‑134 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:151206/134‑1 (MQ=255)
tCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAcgcg > 1:696908/1‑134 (MQ=255)
tGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAcgc < 1:147901/126‑1 (MQ=255)
tGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAcgc > 2:147901/1‑126 (MQ=255)
gagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAt < 2:263622/134‑1 (MQ=255)
gTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGgtag > 2:722050/1‑133 (MQ=255)
gTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGgtag > 1:455318/1‑133 (MQ=255)
cttcACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGtagtag < 1:481492/133‑1 (MQ=255)
cTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCAcgtcgt > 1:877761/1‑134 (MQ=255)
gAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCt < 2:348134/133‑1 (MQ=255)
gAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCt < 2:831671/133‑1 (MQ=255)
gAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCt < 2:696908/133‑1 (MQ=255)
aaCGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAc < 2:329192/86‑1 (MQ=255)
aaCGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAc > 1:329192/1‑86 (MQ=255)
tGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTc < 1:722050/134‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGtagtag > 1:846440/1‑105 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGtagtag < 2:846440/105‑1 (MQ=255)
ccGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTc > 2:441596/1‑132 (MQ=255)
gCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCt < 2:877761/134‑1 (MQ=255)
gacgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTcgc > 2:609170/1‑134 (MQ=255)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc < 2:553710/38‑1 (MQ=37)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc > 1:553710/1‑38 (MQ=37)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTcgcg > 2:377859/1‑134 (MQ=255)
|
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540646‑1540935
|
ttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1216:4504:81525/73‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1216:6848:49093/120‑1 (MQ=60)
cgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGACGACGATCACGTGCCTCCAGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2104:14495:80457/120‑1 (MQ=60)
ggctcggagatgtgtataagagacaGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2211:12557:9256/125‑1 (MQ=60)
agttgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1115:19202:16549/105‑1 (MQ=60)
GATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1201:8559:41913/1‑150 (MQ=60)
GGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1206:5698:12581/1‑150 (MQ=60)
GATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCtgtctcttatacacatctccgagcccacg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2209:19481:35354/1‑119 (MQ=60)
CTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2113:8555:39548/1‑150 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:12026:91335/150‑1 (MQ=60)
ACTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:17103:72541/150‑1 (MQ=60)
caccagcggcacgCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:3332:34772/14‑149 (MQ=60)
TCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1215:4078:72849/149‑1 (MQ=60)
CTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2206:21189:67748/1‑150 (MQ=60)
ACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCtgtctcttatacacatctccgagcccacgagac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1204:9474:91292/1‑117 (MQ=60)
GACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGctgtctcttatacac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2205:17779:71259/1‑135 (MQ=60)
CTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2202:11535:86144/1‑61 (MQ=60)
GTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2112:1430:84563/150‑1 (MQ=60)
GTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaaa > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2102:12374:19303/1‑68 (MQ=60)
CACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCActgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaac > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2202:11791:91681/1‑59 (MQ=60)
CCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1214:10641:99017/1‑150 (MQ=60)
|
GGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540646‑1540935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
