Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
154 |
26.6 |
2069536 |
90.2% |
1866721 |
108.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
1,540,787 |
T→C |
K465R (AAG→AGG) |
coxL6 ← |
Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 1,540,787 | 0 | T | C | 100.0%
| 107.3
/ NA
| 28 | K465R (AAG→AGG) | coxL6 | Aerobic‑type carbon monoxide dehydrogenase homolog, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/13); total (15/13) |
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
gAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCa < 1:360412/132‑1 (MQ=255)
gAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCa > 2:360412/1‑132 (MQ=255)
cgATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAg < 1:1025295/128‑1 (MQ=255)
cgATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAg > 2:1025295/1‑128 (MQ=255)
cTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc > 2:77276/1‑122 (MQ=255)
cTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACcttgcccttgcc < 1:77276/122‑1 (MQ=255)
tCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATg > 1:622174/1‑134 (MQ=255)
aCGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:453208/134‑1 (MQ=255)
gtcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCggtgcaggt < 2:497854/133‑1 (MQ=255)
gtcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCggtgcaggt < 2:290574/133‑1 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAc > 2:509141/1‑121 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAAc < 1:509141/121‑1 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCggtgcaggtg > 2:792674/1‑133 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCggtgcaggtg > 2:321662/1‑133 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCgg < 2:102064/125‑1 (MQ=255)
tcgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCgg > 1:102064/1‑125 (MQ=255)
cgagtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCggtgcaggtgca > 2:948109/1‑134 (MQ=255)
gtcgaCCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCg < 1:321662/134‑1 (MQ=255)
ccGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGgta < 2:622174/134‑1 (MQ=255)
cGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAccttgcc < 1:607157/85‑1 (MQ=255)
cGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAccttgcc > 2:607157/1‑85 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCg < 1:615871/69‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCg > 2:615871/1‑69 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc < 1:608996/80‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTc > 2:608996/1‑80 (MQ=255)
gCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCt > 2:994402/1‑134 (MQ=255)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTcgcg > 2:130950/1‑134 (MQ=255)
acgaTCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTcgcg > 1:10007/1‑134 (MQ=255)
|
GAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCG > AM260480/1540660‑1540908
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCTTGGGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540641‑1540935
|
CCTTGGGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1214:5518:82374/1‑150 (MQ=60)
GGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2110:8604:32403/150‑1 (MQ=60)
caagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1201:11031:59840/84‑1 (MQ=60)
agttcaggtggcaccagttatacgatgtttttttttttttcaggctgaagacggcagacgatatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:18456:78583/45‑1 (MQ=60)
tgtccagtttcctggcgatcttttttgttttttttttttcaagcagaagacggcatacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1114:10293:16845/45‑1 (MQ=60)
CGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2216:15524:49034/149‑1 (MQ=60)
CGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:14953:4144/148‑1 (MQ=60)
cgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacagTGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2106:20966:13472/115‑1 (MQ=60)
GATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGT > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2108:13440:14350/1‑150 (MQ=60)
ATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1107:21094:30954/150‑1 (MQ=60)
atacgagatgtagctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2106:9874:73371/100‑1 (MQ=60)
agctccgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2106:10970:25127/111‑1 (MQ=60)
CACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1212:2000:44925/150‑1 (MQ=60)
CGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1106:9674:90404/1‑149 (MQ=60)
GCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1216:15659:43396/150‑1 (MQ=60)
CTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1114:7381:92367/1‑104 (MQ=60)
AGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTgtctcttatacacatctccgagcccacgagacggagctacatctcgtatgccgtcttctg > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:5204:82494/1‑90 (MQ=60)
AGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1204:7135:56749/150‑1 (MQ=60)
GTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1101:11689:74044/1‑150 (MQ=60)
GTGCCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:12453:99571/150‑1 (MQ=60)
CCTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2208:16075:53005/1‑150 (MQ=60)
|
CCTTGGGGTGATGGATCTCGAGCGCGATCGGGAACGGATAAGGACTGTCGCTCACGCCCTCGACCATGGTCGAGTCGACCCCGTTCTTCACGGTGAAGGACTCGAACGGCGTGCCGCTGGTGATGGACTGGCCGACGATCACGTGCTTCCAGGCCAGCACCTTGCCCTTGCCATCGTGGCCGATGTCAACGCGGTGCAGGTGCATCGGGCGGTAGTAGCCGCCGCGCACGTCGTCTTCGCGCGTCCAGATCATCTTGATCGGCTCGCGCCGGCCGGCCGCGTAGCGCGCCTTGGC > AM260480/1540641‑1540935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
