Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
149 |
26.7 |
2337422 |
87.5% |
2045244 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260479 |
1,042,407 |
T→G |
K131N (AAA→AAC) |
h16_A0947 ← |
Coproporphyrinogen III oxidase, Fe‑S oxidoreductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260479 | 1,042,407 | 0 | T | G | 100.0%
| 37.6
/ NA
| 11 | K131N (AAA→AAC) | h16_A0947 | Coproporphyrinogen III oxidase, Fe‑S oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base G (6/5); total (6/5) |
CTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGAT > AM260479/1042277‑1042520
|
cTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTg < 2:888837/134‑1 (MQ=255)
cGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTgg < 2:203993/132‑1 (MQ=255)
gCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTc > 2:254497/1‑134 (MQ=255)
ggATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGAtc > 2:948719/1‑134 (MQ=255)
aGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCgg > 2:117395/1‑133 (MQ=255)
ccTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATc > 1:115630/1‑133 (MQ=255)
tGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGAcag > 2:209011/1‑133 (MQ=255)
gCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTCATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCAtg < 2:1055398/134‑1 (MQ=255)
cgcgGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAgg > 1:837690/1‑134 (MQ=255)
gTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGccgccgccg < 2:115630/133‑1 (MQ=255)
tCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGAt < 1:948719/134‑1 (MQ=255)
|
CTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGAT > AM260479/1042277‑1042520
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATGTCGATCGCCTTGCGCGCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAC > AM260479/1042258‑1042535
|
aagagacagGCCTTGCGCGCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGTAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1111:6462:17114/141‑1 (MQ=60)
ATCGCCTTGCGCGCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1205:14214:6208/150‑1 (MQ=60)
GGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1108:5180:18590/1‑149 (MQ=60)
CTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGAccgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtct > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2109:4702:84160/1‑92 (MQ=60)
GGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2114:12493:51113/1‑150 (MQ=60)
agagacaGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTAT < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2212:8595:85039/143‑1 (MQ=60)
GTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGGTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2205:18119:88105/150‑1 (MQ=60)
|
ATGTCGATCGCCTTGCGCGCTTCGGCACCGCCGTGGATGCGCCCGAGCGCCTGGAGGTGCCGGTCGTTGAAGCTCTGGATGCCGATCGACAGCCGGTTGATGCCGCTGGCGCGGTAGCTGGCGAACTTGTCGGCCTCGAAGGTGCCGGGTTTGGCCTCCATCGTGATCTCGGCGTCGGCATCCAGCGGCAGCAGCGCGCGGATATCCGACAGCAGCCGGTCCATGCCTGCCGCCGACAGCAGGCTGGGCGTGCCGCCGCCGATAAAGACCGTATGCAC > AM260479/1042258‑1042535
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
