Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
149 |
26.7 |
2337422 |
87.5% |
2045244 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AM260480 |
2,295,879 |
T→A |
Q603L (CAG→CTG) |
h16_B2042 ← |
Hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AM260480 | 2,295,879 | 0 | T | A | 100.0%
| 71.4
/ NA
| 20 | Q603L (CAG→CTG) | h16_B2042 | Hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (10/10); total (10/10) |
CCTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCTGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGG > AM260480/2295763‑2296002
|
ccTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGgcgc > 2:185884/1‑134 (MQ=255)
gTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGt < 1:810514/134‑1 (MQ=255)
ttGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATctgc > 1:175474/1‑109 (MQ=255)
ttGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATctgc > 2:202198/1‑109 (MQ=255)
ttGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATctgc < 1:202198/109‑1 (MQ=255)
ttGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATctgc < 2:175474/109‑1 (MQ=255)
ctgctgTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGtt > 2:912721/1‑134 (MQ=255)
ttGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCggg < 1:912721/133‑1 (MQ=255)
gATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGtt > 2:1013075/1‑117 (MQ=255)
gATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGtt > 2:401497/1‑117 (MQ=255)
gATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGtt < 1:1013075/117‑1 (MQ=255)
gATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGtt < 1:401497/117‑1 (MQ=255)
tCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCgcc < 1:185884/134‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCgcccggctggc > 2:729256/1‑134 (MQ=255)
cAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGt > 2:1013863/1‑61 (MQ=255)
cAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGt < 1:1013863/61‑1 (MQ=255)
gcgcgcgcTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCcg > 2:820919/1‑134 (MQ=255)
ctgctgTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGt < 2:1128334/52‑1 (MQ=255)
ctgctgTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGt > 1:1128334/1‑52 (MQ=255)
ttCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCgg < 1:820919/134‑1 (MQ=255)
|
CCTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCTGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGG > AM260480/2295763‑2296002
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTTGCTGGTCGCGGGCCTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCTGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGGGCCGGCTGCTCTGGCCGCGGCC > AM260480/2295746‑2296024
|
GCGTTGCTGGTCGCGGGCCTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCG > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:10511:89205/1‑150 (MQ=60)
ataagagacaGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:7805:88308/140‑1 (MQ=60)
GTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCctgtctcttat > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1110:20396:47864/1‑139 (MQ=60)
aagacggcatacgagattagcgagtgtctcgtgggctcggagatgtgtataagagacaGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2208:19749:54553/92‑1 (MQ=60)
CGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:16219:25764/150‑1 (MQ=60)
cagGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1208:3789:26907/147‑1 (MQ=60)
cagGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2208:11900:50105/147‑1 (MQ=60)
GTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGgccagcc < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2202:15941:71009/149‑8 (MQ=60)
ATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTG < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:1113:20637:5825/150‑1 (MQ=60)
CTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacactcgctaatctcgtatgccgtcttctgcttga > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2215:5271:25318/1‑82 (MQ=60)
CAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGcaacggcgggcgcagggcatgcagcgcgaac < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2111:11993:16137/150‑32 (MQ=60)
GTTCCCGCTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGGGCCGGCTGCTCTGGC < GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2115:1960:73119/150‑1 (MQ=60)
CTGCAGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGGGCCGGCTGCTCTGGCCGCGGCC > GWNJ‑0478:712:GW2002102894th:2:2215:12159:61421/1‑150 (MQ=60)
|
GCGTTGCTGGTCGCGGGCCTGGTCCTGCCACTGGCGTTGCTGGGCGTCGCGTTGCCGGGCCTCCTGCTGTTGCCGCTGCAGATCAGGCGCCTGCCGCTGCTGCTCGCGCAGCGCGCGCTGCTGTTCCCGCTGCTGCTCCATCTGCTGGCGCTGCAAAACCTGCTGCTGTTCGCGCTGCATGCCCTGCGCCCGCCGTTGCGGGTCGGCCGGTCCGCCCGGCTGGCCCGGCTGGCCAACAAAGCCGCGGGCTTCGTCGGGCCGGCTGCTCTGGCCGCGGCC > AM260480/2295746‑2296024
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
