Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
6081 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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|
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TCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAAT < SRR13385771.185288/300‑1 (MQ=60)
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AGATTGGGTGAATAATTTGATAATTTTGAGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAGTATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGTATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACGTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCGTCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACGTAAAGATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAACGCAAGGACTAGTAGTGTAATAGAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAAT > BK006934/358675‑359264
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
