Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
6054 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTGAATAATTTGATAATTTTGAGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAGTATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGTATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACGTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCGTCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACGTAAAGATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAACGCAAGGACTAGTAGTGTAATAGAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAATT > BK006934/358681‑359265
|
GGTGAATAATTTGATAATTTTGGGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAAT > SRR13385772.1105216/1‑301 (MQ=60)
ATTTGATAATTTTGGGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAATACACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCAATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGCTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCATTTCGGATTCAGTACTGCATGAAATACTCGCT > SRR13385772.1259479/1‑300 (MQ=60)
TGATAATTTTGGGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAAC > SRR13385772.420769/1‑300 (MQ=60)
ATGCAATTGTTAATCAATGTTACCATATTATGTATACAGAATATACGAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCT < SRR13385772.259994/301‑1 (MQ=60)
AATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAA < SRR13385772.451772/301‑1 (MQ=60)
TAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCA > SRR13385772.872864/1‑300 (MQ=60)
TATGTATACAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTC > SRR13385772.1299581/1‑300 (MQ=60)
CAGAATATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGTTTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGC > SRR13385772.560742/1‑301 (MQ=60)
CTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCACCATCTTATCTTTGTCATTCATTATTGATTCTGATCAATGCAATCATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTACCATTTTCTTTATTC > SRR13385772.411113/1‑234 (MQ=60)
CACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATGTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTGCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATGTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACT < SRR13385772.439361/300‑1 (MQ=60)
AAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTCTCATTACTTAATCCCCATCTTATCTTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGAAATAATGATTGGTAGTTGCAAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGACTAATTATCACAGAAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTATTTATACTATAATAACACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGATG > SRR13385772.709929/1‑300 (MQ=60)
ATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCA < SRR13385772.519621/301‑1 (MQ=60)
TACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATACTAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGCTGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTCGTAGTC > SRR13385772.1143284/1‑301 (MQ=60)
TTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGCTCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACAT > SRR13385772.1185165/1‑273 (MQ=60)
ATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTA < SRR13385772.104406/301‑1 (MQ=60)
TATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCCATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGCATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTCTGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGACCATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTAT > SRR13385772.926846/1‑301 (MQ=60)
CATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGTGCCTCTGTAATATTTCTAGGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCATTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCAGCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATG < SRR13385772.439459/300‑1 (MQ=60)
TTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTA > SRR13385772.771047/1‑298 (MQ=60)
ATTATGATCAATGCAATAATGAATGGTAGTTGACAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTAAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACAATTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATAAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACA < SRR13385772.203809/301‑1 (MQ=60)
CAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACAT > SRR13385772.549339/1‑126 (MQ=60)
AATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGC < SRR13385772.265193/301‑1 (MQ=60)
TACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATT > SRR13385772.171057/1‑150 (MQ=60)
AATATTTCTATGAATAATTAACACAGCCACGTTAAATTATCTTAAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATCCTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATAAGAAGTATGCATTTGGCTTGAAACTGCTGTAATAAGGAAAATCCTCATCCATCAACTAGTAGTCCCATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAAAATTAC > SRR13385772.336864/1‑248 (MQ=60)
ATGAATAGTTATCACAGCAACGTTCAATGATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATTAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGGCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTGGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTATTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAATGACTAGTAGTGT < SRR13385772.374864/300‑1 (MQ=60)
ATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCGTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGT < SRR13385772.480676/298‑1 (MQ=60)
CAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGT < SRR13385772.613609/300‑1 (MQ=60)
TCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTATATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCC > SRR13385772.980767/1‑301 (MQ=60)
TCAATTCGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTAACATTAGTAGTGTATTATCACATG < SRR13385772.147996/189‑1 (MQ=60)
CGGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTG < SRR13385772.27039/301‑1 (MQ=60)
GGCTTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAA < SRR13385772.855748/190‑1 (MQ=60)
TTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAAT > SRR13385772.1297776/1‑301 (MQ=60)
TTCAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATA < SRR13385772.732182/199‑1 (MQ=60)
CAGTACTGCATGAAATACTCGCTAACATTGTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACTTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCATCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACATAAAAATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAATGCAAGGACTAGTAGTGTAATATAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAATT < SRR13385772.1266047/300‑1 (MQ=60)
|
GGTGAATAATTTGATAATTTTGAGATTCAATTGTTAATCAATGTTACAATATTATGTATACAGAGTATACTAGAAGTTCTCTTCGGAGATCTTGAAGTTCACAAAAGGGAATCGATATTTCTACATAATATTATCATTACTTCTTCCCCATCTTATATTTGTCATTCATTATTGATTATGATCAATGCAATAATGATTGGTAGTTGCCAAACATTTAATACGATCCTCTGTAATATTTCTATGAATAATTATCACAGCAACGTTCAATTATCTTCAATTCGGCTTCAGTACTGTATGAAATACTCGCTAACATTTTCTTTATTCTATAATAGCACAGTGACACTTAAACGTCAAACGTGGCGCACATTAATATACGATGTATGCATTTGGCTTGACACTGCTGTAATAAGGAACATCATCATCCGTCAACTAGTAGTCACATTAGTAGTGTATTATCACATGGTGTGTAAGAACATTACGTAAAGATTGAAAAAAAGTCATCAAAAATAAAGGAAGCTGAAACGCAAGGACTAGTAGTGTAATAGAATAATATTGTGTAAAAGTATCGATACCCTTTTTGGAATT > BK006934/358681‑359265
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
