Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
6081 |
0.0 |
0 |
0.0% |
0 |
0.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTACTGCCACGCTGTTATGCTCGGTCGATTGATCTTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCTGAATATCTCTACTTTTTCCAACTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGTTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTATCCCTATTGGTAGTTCGAAACTTATGGGTCAC > BK006934/383676‑384244
|
GTACTGCCACGCTGTTATGCTCGGTCGATTGATCTTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACCTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTG > SRR13385771.1295584/1‑300 (MQ=60)
GCCACGCTGTTATGCTCGGTCGATTGATCTTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACGTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATC < SRR13385771.1143476/301‑1 (MQ=60)
GCCACGCTGGTATGCTCGGTCGATTGATCGTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCTTTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCTGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTGGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCTTTATTGATAAT < SRR13385771.492452/300‑1 (MQ=60)
GTTATGCTCGGTCGATTGATCTTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTT < SRR13385771.1689188/300‑1 (MQ=60)
AATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGA < SRR13385771.590693/301‑1 (MQ=60)
GATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCGGGCTCTGGGTCATATCCCTACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATACTCGGGTTTTTAGGTTTAAATATCTGGGACGATGGGACTACCAAGTCCCTGC > SRR13385771.1546397/1‑301 (MQ=60)
AACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCC < SRR13385771.294882/301‑1 (MQ=60)
gctatggttttctttttagtattccttataccattAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTACGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGAT < SRR13385771.263526/265‑1 (MQ=60)
TCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTC > SRR13385771.1615265/1‑301 (MQ=60)
ATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACACATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATT > SRR13385771.1138651/1‑301 (MQ=60)
AATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTGCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGAGTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTT < SRR13385771.1740902/300‑1 (MQ=60)
CTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTT > SRR13385771.780751/1‑301 (MQ=60)
TTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTCACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACACAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATT > SRR13385771.1836372/1‑301 (MQ=60)
ACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGGTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGTCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAA > SRR13385771.1290786/1‑300 (MQ=60)
AGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAATGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGC > SRR13385771.303437/1‑301 (MQ=60)
CTGCTATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTACAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGACCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTACATGATAGGATTCATAG > SRR13385771.439676/1‑258 (MQ=60)
TATTGGCAGGTCCGAATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGAC > SRR13385771.138560/1‑301 (MQ=60)
ATATCTCTACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAACGTAGCAAC > SRR13385771.1890637/1‑300 (MQ=60)
ACTTTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAAC < SRR13385771.1143852/299‑1 (MQ=60)
TTTTCCAATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTT < SRR13385771.886593/300‑1 (MQ=60)
ATTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCTATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGCTG > SRR13385771.87152/1‑301 (MQ=60)
CCTTGGTGGGAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCGCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTAGACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCGTCGGGGCCGTATTGATAATCGGGTGTGTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGTGACTACAAAGTCCAGGCTGTTGGGCCGTGGAACGTCCATTCGAGGAGTCATAGCCAATGTTGTAGCCTCGATTTTAACCTTCAAAGCATGGAGCACCGACCATAAAGGAGCAACAATGAACGCTTCTGGGATGATTGGCGTCGTGTACATAATAAACGC < SRR13385771.1726013/301‑1 (MQ=60)
TGGTGTATATCACCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGATGGGCCTTATTGATAATAGGGTTTTTAGGCTTCAATTTCAGGGAAGATGGGACTACAAAGACCATGCTGTAGGTACGTGGACCGTCAATGCTAGGATTCATCGCCCAATTTTTAGACTCTATTTTCAACTTCAACGCATGGCTCAACGCCCATCAAGTAGCACAACTGAACGACTAAGGGATGCTTGTCGTAGTTTACATAATAAACGACATTTTATTATTAGTT > SRR13385771.1865928/1‑301 (MQ=60)
GTTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGCTTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCTAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTTTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGCTT > SRR13385771.1435504/1‑301 (MQ=60)
CCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTAT < SRR13385771.1317604/299‑1 (MQ=60)
TCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGCAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGCTGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCCATTAC > SRR13385771.1083338/1‑301 (MQ=60)
CGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTATCCCTATTGGTAGT < SRR13385771.882477/300‑1 (MQ=60)
ACAAATAAGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGAGCCTTATTGATCATCGGATTCTTAGGTTTAAAATTCTGGGAAGATCGGACTAAAAAGTCAATGATATTGGTCAGTGGAACGCCCATGCTAAGATTCATAGACAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTACAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGATTTAGGGATGATTGTCATCGTTTACATATTAAACGCCATTTTCTTCTTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTCTCCCTATTGGTAGTTCGAAAATT > SRR13385771.1360597/1‑300 (MQ=60)
CAAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGTTATCCCTATTGGTAGTTCGAAACTTAT > SRR13385771.670761/1‑301 (MQ=60)
AAATAGGACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTATCCCTATTGGTAGTTCGAAACTTATG > SRR13385771.578451/1‑301 (MQ=60)
GACTGGCGGGTGCATGCTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTATCCCTATTGGTAGTTCGAAACTTATGGGTCAT < SRR13385771.930230/301‑1 (MQ=60)
|
GTACTGCCACGCTGTTATGCTCGGTCGATTGATCTTGCCAATACAGTCATCTTTGATGTCGGGAACGCATTCATAAATATTGGTGCTCTAGGTGTCATTTTAATCATACTTTATAACATAAGACAGAAGTATACTGCTATTGGCAGGTCTGAATATCTCTACTTTTTCCAACTAACATTGCTATTGATAATATTTACCTTGGTGGTAGACTGTGGTGTATCTCCCCCCGGCTCTGGGTCATATCCATACTTCGTGGCTATACAAATAGGACTGGCGGGTGCATGTTGCTGGGCCTTATTGATAATCGGGTTTTTAGGTTTCAATTTATGGGAAGATGGGACTACAAAGTCCATGCTGTTGGTCCGTGGAACGTCCATGCTAGGATTCATAGCCAATTTTTTAGCCTCTATTTTAACCTTCAAAGCATGGATCACCGACCATAAAGTAGCAACAATGAACGCTTCAGGGATGATTGTCGTCGTTTACATAATAAACGCCATTTTCTTATTCGTTTTCGTTATTTGTCAATTACTGGTATCCCTATTGGTAGTTCGAAACTTATGGGTCAC > BK006934/383676‑384244
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |