Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
MC JC | CP009273 | 4,303,167 | Δ450 bp | 100% | coding (1‑450/450 nt) | rpiB → | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | CP009273 | 4303167 | 4303616 | 450 | 60 [0] | [0] 60 | rpiB | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 4303166 | 0 (0.000) | 55 (0.980) | 52/270 | NT | 100% | intergenic (‑358/‑1) | alsR/rpiB | d‑allose‑inducible als operon transcriptional repressor; autorepressor; repressor of rpiR/ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase |
? | CP009273 | 4303617 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑68) | rpiB/yjdP | ribose 5‑phosphate isomerase B/allose 6‑phosphate isomerase/putative periplasmic protein |
TGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAG > CP009273/4303018‑4303314 | tGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAg < 2:125998‑M1/150‑2 (MQ=255) gTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgat < 1:967193‑M1/150‑4 (MQ=255) tgtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCATGAAGGCGTATTTCATCGATTTGGGGCGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGTGGAAGCTGTgattcatc > 2:354284‑M1/1‑142 (MQ=255) tgtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatc > 1:202926‑M1/1‑142 (MQ=255) gtCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatc > 1:386561‑M1/1‑141 (MQ=255) cTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTTACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccac > 2:511482‑M1/1‑139 (MQ=255) tAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactac > 1:508287‑M1/1‑136 (MQ=255) aaCGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactact > 1:428941‑M1/1‑135 (MQ=255) tATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcat > 1:490587‑M1/1‑130 (MQ=255) ttGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcat < 1:78383‑M1/148‑21 (MQ=255) cgcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat < 2:664846‑M1/149‑25 (MQ=255) gcTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggat > 1:56019‑M1/1‑124 (MQ=255) cTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgag < 1:712263‑M1/150‑28 (MQ=255) tGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgag > 2:418553‑M1/1‑122 (MQ=255) tGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgag > 1:27568‑M1/1‑122 (MQ=255) gTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagt > 2:414945‑M1/1‑121 (MQ=255) gTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagt > 1:859457‑M1/1‑121 (MQ=255) tCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagta < 2:214438‑M1/149‑30 (MQ=255) 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gTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttg > 2:799819‑M1/1‑86 (MQ=255) aTCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaat > 1:191524‑M1/1‑79 (MQ=255) gATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaa > 2:464005‑M1/1‑76 (MQ=255) aTTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaac < 2:822660‑M1/150‑76 (MQ=255) tttGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgc > 1:351346‑M1/1‑73 (MQ=255) 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tGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcac < 2:212306‑M1/150‑110 (MQ=255) ttttttGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgc > 2:140630‑M1/1‑39 (MQ=255) gATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtcca > 2:565395‑M1/1‑33 (MQ=255) aTTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtcca < 2:56019‑M1/149‑118 (MQ=255) ttGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcc < 2:688349‑M1/149‑129 (MQ=255) tGCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcc > 2:504097‑M1/1‑20 (MQ=255) gCACGGACGGGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggccca < 2:76204‑M1/149‑131 (MQ=255) acggGGAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcccaggccgat < 2:27568‑M1/150‑138 (MQ=255) ggggAAGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcccaggccgatat > 2:968038‑M1/1‑11 (MQ=255) aaGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcccaggccgatattatc < 1:504097‑M1/150‑144 (MQ=255) aGATGAgattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcccaggccgatattatcg < 2:428941‑M1/150‑145 (MQ=255) agattcatccactacttgcatggatgagtaatgattaatgtggatagagtttctttttgaggttggctaatgaaacgctttccgctatttcttttattcaccctgctcacgctgtccaccgttccggcccaggccgatattatcgacga < 2:278357‑M1/149‑149 (MQ=255) | TGGTGAGTGTCTTTAACGCTATTGCGCTGTCAGATGTAACTCTGTAAAACAGATCAGGAAGGCGTAATTCATCGATTTTGGGTGTTTTTAATTCATTAACATCACAAATGTTTTTTGATTGTGAAGTTTTGCACGGACGGGGAAGATGAATGAAAAAGATTGCATTTGGCTGTGATCATGTCGGTTTCATTTTAAAACATGAAATAGTGGCACATTTAGTTGAGCGTGGCGTTGAAGTGATTGATAAAGGAACCTGGTCGTCAGAGCGTACTGATTATCCACATTACGCCAGTCAAG > CP009273/4303018‑4303314 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |