| Predicted mutation | ||||||
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| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | insB1–insA | insB1, insA | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 90 (1.380) | 68/268 | 0.0 | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB1 | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/IS1 transposase B |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein | |||||
ATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978353‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGC > NC_000913/1979279‑1979418 ATAGAACTGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACCTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTCACAATAATGCACGATGCAGATCACACAAACCACTCAATTACTTAAC > 2:1108587/1‑143 GAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAACCACTCAATTACTTAACATA > 2:174692/1‑143 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CAAAACACTCAATTACATAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGGTTAGAGTGTACTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCAAAGTCAAAA < 1:1204730/143‑1 aactccCAATTACTTATCACAATAGTATAAGTCATACGTTTGTTTTGAGTGTATTTCAATCTGTTAAACAGGTTGTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAA < 2:1051573/137‑1 AACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAA < 2:25617/143‑1 AACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAAGTAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAA > 1:1078325/1‑143 CACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACT < 2:960663/143‑1 TCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCACGCAAAAAATGAAACAGAAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCAGAGAAAAAAAAAATCA > 2:1105236/1‑143 TCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAACATAACTCAC > 1:665238/1‑143 TCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCAC > 1:854599/1‑143 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCG > 1:1073285/1‑143 AATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTAGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCG > 1:175270/1‑143 ATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGATAGCAAGC‑AAAAATGAAACATAGATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTAAAAAAAACcaaacgt > 2:553439/1‑136 TTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTA > 1:938543/1‑143 TTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATA > 1:1132245/1‑143 TAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATTTGGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAA < 2:385422/143‑1 AACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACCGTCAAAATAACTCACCGTAAATAAT > 1:554541/1‑143 ACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATC < 1:70679/143‑1 ATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGAACGC‑ATTAATGAAACAGGAATAAT‑CGACATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACACACCGTAAAAAATAAT > 2:442465/1‑143 AAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAAAAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACACACCGTAAATAATCATCg > 2:922173/1‑142 ATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGC > 1:159934/1‑143 ATAGAAATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACTACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978353‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGC‑AAAAATGAAACAGGAATAAT‑CGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTGC > NC_000913/1979279‑1979418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |