| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 112 [0] | [0] 114 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 110 (1.380) | 63/98 | 0.0 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1997064‑1997111‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > NC_000913/2023679‑2023727 ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCCGCTCGGTT > 1:2649279/1‑50ATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGT < 1:5800842/49‑1 TTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTT < 1:1784311/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG > 1:1752206/1‑50 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:377165/49‑1 GCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCC < 1:5688720/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGT < 1:716517/50‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCG < 1:4550400/49‑1 CAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCG > 1:3283022/1‑49 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAAC < 1:3497458/50‑1 CAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCCGCTCGGGTCCGTAAC > 1:5023259/1‑50 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1:694274/1‑50 CGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:1803947/1‑50 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:5510577/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTT < 1:2772509/50‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT > 1:2894831/1‑49 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGT < 1:1516585/49‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT < 1:1778796/47‑1 GAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCAT < 1:346196/47‑1 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:2069572/50‑1 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTA < 1:1167760/50‑1 AGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGTCCGTAACGTTTATCATGTTA > 1:2041956/1‑50 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:2450148/50‑1 GGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTAT < 1:2633724/50‑1 GAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATC < 1:5568620/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:3029531/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC < 1:5462979/50‑1 AACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCC > 1:2847491/1‑50 ACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCT < 1:4172063/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGG < 1:1773369/50‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:4342477/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:4480834/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:307712/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:3821122/49‑1 GCGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAG < 1:1521865/49‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:1190029/50‑1 CGGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGA < 1:3244073/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:2082658/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:2173885/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT < 1:705061/50‑1 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:4987531/1‑50 GGGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:806788/1‑50 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:1005842/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATT < 1:5597970/50‑1 GGTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGAT > 1:4379556/1‑49 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA < 1:1791942/50‑1 GTGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTA > 1:1949287/1‑50 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:3953101/50‑1 TGCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTAT < 1:4823309/50‑1 GCGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATC > 1:1461982/1‑50 CGAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC < 1:5421871/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:3086209/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCG < 1:4510990/50‑1 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:6009658/1‑49 GAGGCTGCTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCC > 1:2347966/1‑49 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1:1658092/49‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:2041536/48‑1 CTCGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAA < 1:4637669/48‑1 CGGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA > 1:1030460/1‑49 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 1:3254150/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA < 1:6011462/50‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATA > 1:1891149/1‑50 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA < 1:5945914/48‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA < 1:287996/48‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA < 1:2062447/48‑1 GGTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAA < 1:895043/48‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:5266790/50‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:3323506/50‑1 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC > 1:3256180/1‑50 GTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAC < 1:2619670/50‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |