| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
|
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 112 [0] | [0] 114 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 110 (1.380) | 63/98 | 0.0 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
| ? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATTTTTAATTTGCTGGCTGATATTATTAGTGAATTGCCATTAATATAATTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATACC > NC_000913/2023631‑2023728 | attgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcggggccgctcggtt > 1:2649279‑M2/49‑50 (MQ=255)attgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggt < 1:5800842‑M2/1‑1 (MQ=255) ttgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggtt < 1:1784311‑M2/2‑1 (MQ=255) tgcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc > 1:5240258‑M2/47‑50 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:377165‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTcc < 1:5688720‑M2/4‑1 (MQ=255) gcagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCg > 1:1752206‑M2/46‑50 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGt < 1:716517‑M2/6‑1 (MQ=255) cagcagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggGTCCg > 1:3283022‑M2/45‑49 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggctgctcggTTCCGTAAc < 1:3497458‑M2/9‑1 (MQ=255) cagaaacttctcgaggaactggcgggtgcgaggccgctcggGTCCGTAAc > 1:5023259‑M2/42‑50 (MQ=255) 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1:895043‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa < 1:2062447‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAaataa < 1:287996‑M2/46‑1 (MQ=255) ggTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAataata < 1:3254150‑M2/48‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:3323506‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:3256180‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:4423180‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:2781971‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:5266790‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc < 1:2619670‑M2/49‑1 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:1993342‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:1976721‑M2/2‑50 (MQ=255) gTTCCGTAACGTTTATCATGTTATCCTAAGGATTATCCGAAAAATAATAc > 1:1838939‑M2/2‑50 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |