Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,997,112 | Δ26,567 bp | [tcyN]–[fliR] | 32 genes [tcyN], tcyL, dcyD, tcyJ, fliZ, fliA, fliC, fliD, fliS, fliT, amyA, yedD, yedE, yedF, yedK, yedL, yedN, intG, fliE, fliF, fliG, fliH, fliI, fliJ, fliK, fliL, fliM, fliN, fliO, fliP, fliQ, [fliR] |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
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seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1997112 | 2023678 | 26567 | 112 [0] | [0] 114 | [tcyN]–[fliR] | [tcyN],tcyL,dcyD,tcyJ,fliZ,fliA,fliC,fliD,fliS,fliT,amyA,yedD,yedE,yedF,yedK,yedL,yedN,intG,fliE,fliF,fliG,fliH,fliI,fliJ,fliK,fliL,fliM,fliN,fliO,fliP,fliQ,[fliR] |
New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1997111 | 0 (0.000) | 110 (1.380) | 63/98 | 0.0 | 100% | coding (704/753 nt) | tcyN | cystine ABC transporter ATP binding subunit |
? | NC_000913 | 2023679 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑289) | fliR/rcsA | flagellar biosynthesis protein FliR/DNA‑binding transcriptional activator RcsA |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTATTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGGGTCGGCAAATAACGCTTTTGCGGCCCCCTGCTCGACTATCCGCCCCTG > NC_000913/1997062‑1997160 | ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg < 1:4213326/50‑1 (MQ=255) ttattGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCgg < 1:1381787/50‑1 (MQ=255) aTTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGGGGCCGCTCGGtt > 1:2649279‑M1/1‑48 (MQ=255) aTTGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGt < 1:5800842‑M1/49‑2 (MQ=255) ttGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGtt < 1:1784311‑M1/49‑3 (MQ=255) tGCAGCAGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc > 1:5240258‑M1/1‑46 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg > 1:1752206‑M1/1‑45 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:5688720‑M1/49‑5 (MQ=255) gcagcaGAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttcc < 1:377165‑M1/49‑5 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgt < 1:716517‑M1/50‑7 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccg < 1:4550400‑M1/49‑6 (MQ=255) cagcagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccg > 1:3283022‑M1/1‑44 (MQ=255) cagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaac < 1:3497458‑M1/50‑10 (MQ=255) cagAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCCGCTCGGgtccgtaac > 1:5023259‑M1/1‑41 (MQ=255) agAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacg > 1:2501745‑M1/1‑40 (MQ=255) agAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgtaacg > 1:1210705‑M1/1‑40 (MQ=255) gAAACTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgt < 1:2934108‑M1/50‑12 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt < 1:3529273‑M1/50‑13 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt > 1:1305173‑M1/1‑38 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt < 1:778036‑M1/50‑13 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgtaacgtt > 1:5922957‑M1/1‑38 (MQ=255) aaaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGGGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtt > 1:1638188‑M1/1‑38 (MQ=255) aaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttt < 1:3754712‑M1/50‑14 (MQ=255) aaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgttt < 1:2290017‑M1/50‑14 (MQ=255) aaCTTCTCGAGGAACTGGCGGGGGCGAGGCTGCTCGGgtccgtaacgttt > 1:4926616‑M1/1‑37 (MQ=255) ctcGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatc < 1:154033‑M1/48‑17 (MQ=255) cGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt > 1:1803947‑M1/1‑30 (MQ=255) cGAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt > 1:694274‑M1/1‑30 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtt < 1:2772509‑M1/50‑22 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtt < 1:5510577‑M1/50‑22 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:2161321‑M1/49‑21 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt < 1:1516585‑M1/49‑21 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgt > 1:2894831‑M1/1‑29 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:346196‑M1/47‑19 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:3622608‑M1/47‑19 (MQ=255) gAGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcat < 1:1778796‑M1/47‑19 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:2069572‑M1/50‑23 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgtta < 1:1167760‑M1/50‑23 (MQ=255) aGGAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGgtccgtaacgtttatcatgtta > 1:2041956‑M1/1‑28 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:2450148‑M1/50‑24 (MQ=255) ggAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttat < 1:2633724‑M1/50‑24 (MQ=255) gAACTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatc < 1:5568620‑M1/50‑25 (MQ=255) aaCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc < 1:3029531‑M1/50‑26 (MQ=255) aaCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcc > 1:2847491‑M1/1‑25 (MQ=255) aCTGGCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcct < 1:4172063‑M1/50‑27 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaagg < 1:1773369‑M1/50‑31 (MQ=255) gCGGGTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaag < 1:307712‑M1/49‑30 (MQ=255) 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ggTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggat > 1:4379556‑M1/1‑17 (MQ=255) gTGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggatta > 1:1949287‑M1/1‑16 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattat < 1:3953101‑M1/50‑36 (MQ=255) tGCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattat < 1:4823309‑M1/50‑36 (MQ=255) gCGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatc > 1:1461982‑M1/1‑14 (MQ=255) cGAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc < 1:5421871‑M1/50‑38 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:4510990‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccg < 1:3086209‑M1/50‑39 (MQ=255) gAGGCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatcc > 1:2347966‑M1/1‑12 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa < 1:5711419‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaa < 1:5145781‑M1/50‑41 (MQ=255) ggCTGCTCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccga > 1:3087943‑M1/1‑10 (MQ=255) gctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa < 1:1795902‑M1/50‑42 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:3330860‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaa < 1:660251‑M1/50‑43 (MQ=255) ctgctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaa > 1:4195912‑M1/1‑8 (MQ=255) gctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa > 1:2792859‑M1/1‑6 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaata < 1:4365493‑M1/50‑46 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:1658092‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:1796961‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:5261789‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat > 1:160820‑M1/1‑5 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaat < 1:189793‑M1/49‑45 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa < 1:2041536‑M1/48‑44 (MQ=255) ctCGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaa < 1:4637669‑M1/48‑44 (MQ=255) cGGttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa > 1:1030460‑M1/1‑3 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataata < 1:3254150‑M1/50‑49 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataata < 1:6011462‑M1/50‑49 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataata > 1:1891149‑M1/1‑2 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:287996‑M1/48‑47 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:5945914‑M1/48‑47 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:2062447‑M1/48‑47 (MQ=255) ggttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataa < 1:895043‑M1/48‑47 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac < 1:5266790‑M1/50‑50 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac > 1:4423180‑M1/1‑1 (MQ=255) gttccgtaacgtttatcatgttatcctaaggattatccgaaaaataatac < 1:3323506‑M1/50‑50 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |