| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,090,347 | Δ708 bp | coding (1‑708/708 nt) | endA → | DNA‑specific endonuclease I |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3090347 | 3091054 | 708 | 96 [0] | [0] 97 | endA | DNA‑specific endonuclease I |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3090346 | 0 (0.000) | 94 (0.820) | 54/98 | 0.1 | 100% | intergenic (+94/‑1) | yggI/endA | conserved protein YggI/DNA‑specific endonuclease I |
| ? | NC_000913 | 3091055 = | 0 (0.000) | intergenic (+1/‑79) | endA/rsmE | DNA‑specific endonuclease I/16S rRNA m(3)U1498 methyltransferase | |||||
CCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAGTAAGTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/3090297‑3090346‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTACACTAGCGGGATTCTTTTTGTTAACCCCTACCCCACGCGTACA > NC_000913/3091055‑3091101 CCAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGC < 1:5577497/50‑1 CAAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCC > 1:3195022/1‑50 AAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCT < 1:4542426/50‑1 AAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCC > 1:8444061/1‑49 AAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCC > 1:7885140/1‑49 AAAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCC > 1:6448168/1‑49 AAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTA > 1:4407493/1‑50 AAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTA < 1:7730306/50‑1 AAACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTA < 1:1850098/50‑1 AACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTAC < 1:128747/50‑1 AACAGCTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTAC < 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CTTTCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAG > 1:1365435/1‑50 TCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGG > 1:7539109/1‑50 TCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCG < 1:6770918/49‑1 TCGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGC < 1:3812331/48‑1 CGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGG > 1:2270297/1‑49 CGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGG > 1:5152852/1‑49 CGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGG < 1:2699643/49‑1 CGCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGG > 1:6299606/1‑49 GCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGA < 1:5186906/50‑1 GCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGA > 1:956736/1‑50 GCTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGG < 1:2251407/49‑1 CTACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGAT < 1:7919807/50‑1 TACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATT > 1:6153506/1‑50 TACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATT > 1:2976115/1‑50 TACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATT > 1:7070068/1‑50 ACGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTC > 1:3664364/1‑50 CGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCT < 1:3617884/50‑1 CGTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTC < 1:6906099/49‑1 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:7906039/1‑50 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:3558073/1‑50 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:3606194/1‑50 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:8330432/1‑50 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT < 1:2566692/50‑1 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT < 1:4662054/50‑1 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:3936185/1‑50 GTTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTT > 1:8108855/1‑50 TTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTTT < 1:578730/50‑1 TTGCTGGCTCGTTTTAACACGGAG‑AAGTGCCTACACTAGCGGGATTCTTT < 1:821909/50‑1 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NC_000913/3090297‑3090346‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCTACACTAGCGGGATTCTTTTTGTTAACCCCTACCCCACGCGTACA > NC_000913/3091055‑3091101 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |