| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,247,848 | IS2 (+) +5 bp | coding (76‑80/663 nt) | yqjA → | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2070271 | NA (NA) | 76 (1.160) | 51/198 | 0.3 | 96.0% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3247852 | 3 (0.050) | coding (80/663 nt) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter | |||||
| * | ? | NC_000913 | 2996361 = | NA (NA) | 60 (0.920) | 45/198 | 0.6 | 95.0% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3247848 = | 3 (0.050) | coding (76/663 nt) | yqjA | general envelope maintenance protein; DedA family inner membrane protein; putative multidrug efflux transporter | |||||
TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2996459‑2996361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGC > NC_000913/3247848‑3247946 TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG < 2:356804/100‑1TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG > 2:19677/1‑100TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG < 2:439783/100‑1TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAG < 2:587834/100‑1 GGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTG > 1:1548139/1‑99 GGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTA < 2:1011654/100‑1 TATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTT < 1:653152/100‑1 TCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTG < 1:1576506/100‑1 GCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGCAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTC > 1:1284727/1‑100 CGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTG > 2:395614/1‑100 GCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGT > 1:607671/1‑100 CCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTTTCTTGTT < 2:837681/100‑1 CGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGT > 1:717718/1‑100 ATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTT < 2:36630/100‑1 ATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTG > 2:1462905/1‑100 CTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTT < 2:727741/100‑1 CTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTT < 2:1213905/100‑1 TGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTC > 2:1055190/1‑100 CGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCT < 1:1273390/100‑1 GCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTG > 2:210180/1‑100 CAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGA < 1:1291400/100‑1 AGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAA < 1:58355/100‑1 GGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTGTGTAATTTTGTTCCTTGAAAAC < 1:928651/100‑1 GGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACG > 2:687996/1‑100 gccTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGCTGTCTGGCAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACcg > 1:897518/4‑98 CTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGC > 1:145573/1‑100 GTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTG < 1:691090/100‑1 AATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCT > 1:109914/1‑100 AATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCT > 1:565997/1‑100 AATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCT > 2:1437411/1‑100 GTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGG > 1:1456675/1‑100 GTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGG > 1:483354/1‑100 AGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGC > 2:782425/1‑100 AGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGC > 2:1226199/1‑100 GATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTT > 1:1294340/1‑100 GATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTT > 2:831697/1‑100 ATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTT > 2:562772/1‑100 TAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTT > 1:682559/1‑100 TAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTT < 1:226589/100‑1 AACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTT > 1:315661/1‑100 AACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTT > 1:611818/1‑100 CAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTAC > 1:259896/1‑100 CAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTAC > 1:519128/1‑100 GATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCG > 2:1597326/1‑100 CTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGA > 1:12683/1‑100 TGGAAATAAAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGAC > 1:79808/1‑100 GAAATATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAG < 1:1196504/100‑1 TATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTA < 1:782418/100‑1 TATAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTA > 1:1214316/1‑100 TAGGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACT < 2:1002372/100‑1 GGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGG < 2:1269207/100‑1 GGGGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGG < 2:747543/100‑1 GGCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTA > 2:514901/1‑100 GCAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTA > 1:769623/1‑99 CAAATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTATTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATT < 2:976508/100‑1 AATCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGG < 1:451373/100‑1 TCCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTC > 1:439836/1‑100 CCAGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGTCGGCCTTTTTACCGGGCGCCAGTTTACTGGTATTGGTCG > 1:671354/1‑100 AGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGC > 2:1234780/1‑100 AGGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGC > 2:1065532/1‑100 TAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/2996459‑2996361‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGCATGTTGTATTTTGTCTTGTTTGTAATTTTGTTCCTTGAAAACGGCTTGCTTCCGGCGGCCTTTTTACCGGGCGACAGTTTACTGGTATTGGTCGGC > NC_000913/3247848‑3247946 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |