| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 486,025 | IS1 (+) +9 bp | coding (265‑273/648 nt) | acrR → | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 486025 = | 0 (0.000) | 96 (1.890) | 43/128 | 0.0 | 100% | coding (265/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| ? | NC_000913 | = 4519239 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 486033 | 0 (0.000) | 59 (1.160) | 28/128 | 0.2 | 100% | coding (273/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| ? | NC_000913 | 4518472 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TTGGTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGAT > NC_000913/485969‑486095 | ttGGTGAACTAGAGCTTGATTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAagagag < 1:392466/65‑1 (MQ=255) tGGTGAACTAGGGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCCCTCTCAGTATTAAGAGAGg < 1:1322474‑M1/65‑2 (MQ=255) tGGTGAACTAGAGTTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGg < 1:2688380‑M1/65‑2 (MQ=255) tGGTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGg < 1:3355983‑M1/65‑2 (MQ=255) tGGTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGg < 1:1990722‑M1/65‑2 (MQ=255) ggtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAgagaga > 1:2984848‑M1/56‑65 (MQ=255) ggtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAgagaga > 1:3387177‑M1/56‑65 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGat > 1:1170867‑M1/55‑65 (MQ=255) ggTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGgg > 1:1701619‑M1/1‑63 (MQ=255) atcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATAtt < 1:3754319‑M1/14‑1 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTa > 1:2310238‑M1/51‑65 (MQ=255) tcgggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTa > 1:1912761‑M1/51‑65 (MQ=255) aCTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatg > 1:1148292‑M1/1‑58 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAAt < 1:1609319‑M1/17‑1 (MQ=255) cTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgc > 1:1041224‑M1/1‑57 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAAtt < 1:226017‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAAtt < 1:3595669‑M1/18‑1 (MQ=255) ggcattatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAAtt < 1:3451722‑M1/18‑1 (MQ=255) agCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGTCAATCCACTCTCAGTCTTAAGAGAGcgtaatgctgcc > 1:652192‑M1/1‑53 (MQ=255) gCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgcca > 1:2569862‑M1/1‑52 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGt > 1:3732124‑M1/43‑65 (MQ=255) cTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaa < 1:3157372‑M1/65‑15 (MQ=255) cTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaa > 1:19479‑M1/1‑51 (MQ=255) tctgatcataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:3774933‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:593449‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:2211042‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:2370300‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:1765602‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:662460‑M1/25‑1 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTc < 1:1646178‑M1/25‑1 (MQ=255) tGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaact < 1:1904878‑M1/65‑17 (MQ=255) tctgaacataaaacactatcagtaagttggagtcataccTTAAGGGAGATATTAATTCATGTTCt < 1:1338913‑M1/26‑1 (MQ=255) acatagaacactatcagtaagttggagtcattactTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGaa < 1:3337911‑M1/30‑1 (MQ=255) acataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGaa < 1:469239‑M1/30‑1 (MQ=255) aTCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactg > 1:1544442‑M1/1‑44 (MQ=255) tCAGGCAAAAGTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactga < 1:2973533‑M1/65‑23 (MQ=255) cataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAAt > 1:100247‑M1/35‑65 (MQ=255) ataaaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATc < 1:2175334‑M1/32‑1 (MQ=255) aaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCAc < 1:3318090‑M1/35‑1 (MQ=255) aaacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCAc < 1:3663080‑M1/35‑1 (MQ=255) aacactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACg > 1:1156843‑M1/30‑65 (MQ=255) acactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACgg < 1:1217328‑M1/37‑1 (MQ=255) acactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACgg < 1:2772103‑M1/37‑1 (MQ=255) acactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACgg > 1:557494‑M1/29‑65 (MQ=255) acactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACgg < 1:3227321‑M1/37‑1 (MQ=255) acactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACgg < 1:3184083‑M1/37‑1 (MQ=255) aaaaTTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:1643501‑M1/65‑29 (MQ=255) aaaaTTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:395440‑M1/65‑29 (MQ=255) aaaaTTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:3462665‑M1/65‑29 (MQ=255) aaaaTTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:3686512‑M1/65‑29 (MQ=255) aaaaTTCCCTGCCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:2442887‑M1/65‑29 (MQ=255) aaaaTGCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagt < 1:2798153‑M1/65‑29 (MQ=255) cactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGt < 1:2819093‑M1/38‑1 (MQ=255) cactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGt < 1:83820‑M1/38‑1 (MQ=255) cactatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGt < 1:127435‑M1/38‑1 (MQ=255) actatcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTg < 1:3505115‑M1/39‑1 (MQ=255) aaTTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgt < 1:3065795‑M1/65‑31 (MQ=255) atcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACa > 1:3813101‑M1/24‑65 (MQ=255) atcagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACa > 1:3556055‑M1/24‑65 (MQ=255) ccTGGCGATCCACTCTCAGTATTAGGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:704331‑M1/65‑36 (MQ=255) cagtaagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACaga > 1:868699‑M1/22‑65 (MQ=255) taagttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACagaaga > 1:150792‑M1/19‑65 (MQ=255) cGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtga > 1:2922790‑M1/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAAc < 1:334715‑M1/49‑1 (MQ=255) ttggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAAAAGAACgg < 1:3692188‑M1/51‑1 (MQ=255) ggagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCg < 1:3257605‑M1/53‑1 (MQ=255) gagtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCCCGGTGACAGAAGAACGGCGt > 1:480634‑M1/12‑65 (MQ=255) cACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgatttta > 1:3001873‑M1/1‑20 (MQ=255) cACTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgatttta > 1:852104‑M1/1‑20 (MQ=255) agtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTc < 1:96660‑M1/55‑1 (MQ=255) agtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTc < 1:2505243‑M1/55‑1 (MQ=255) agtcattaccTTAAGAGAGATATTAATTAATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGgcggc < 1:2838244‑M1/55‑3 (MQ=255) aCTCTCAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaa > 1:3416868‑M1/1‑19 (MQ=255) tctcAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaagg > 1:1365518‑M1/1‑17 (MQ=255) tcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGa < 1:763377‑M1/57‑1 (MQ=255) tcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGa < 1:1884960‑M1/57‑1 (MQ=255) tcattaccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGa < 1:3073424‑M1/57‑1 (MQ=255) ctcAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggt < 1:1447502‑M1/65‑50 (MQ=255) cAGTATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgc < 1:1480515‑M1/65‑52 (MQ=255) accTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGattatt < 1:2874578‑M1/62‑1 (MQ=255) tATTAAGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttg > 1:2077881‑M1/1‑11 (MQ=255) ccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTg < 1:427398‑M1/63‑1 (MQ=255) ccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTg < 1:567502‑M1/63‑1 (MQ=255) ccTTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTg < 1:140542‑M1/63‑1 (MQ=255) aaGAGAGggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttgcgtg > 1:4022212‑M1/1‑7 (MQ=255) aaGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATgg < 1:204019/65‑1 (MQ=255) gagagggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttgcgtggc > 1:1757374‑M1/1‑5 (MQ=255) gagagggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttgcgtggc > 1:610179‑M1/1‑5 (MQ=255) gagagggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttgcgtggc > 1:2868784‑M1/1‑5 (MQ=255) gagagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgag < 1:3603997/65‑1 (MQ=255) gagagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgag < 1:2976194/65‑1 (MQ=255) gagagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgag < 1:1181171/65‑1 (MQ=255) agagggtaatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgattttaaggtgcttgcgtggct < 1:1746526‑M1/65‑62 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:10184/1‑65 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:1524348/1‑65 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:3945142/1‑65 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:2219752/1‑65 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:275409/1‑65 (MQ=255) agagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGgaga > 1:3560768/1‑65 (MQ=255) gagaTATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGAt < 1:1244693/65‑1 (MQ=255) | TTGGTGAACTAGAGCTTGAGTATCAGGCAAAATTCCCTGGCGATCCACTCTCAGTATTAAGAGAGATATTAATTCATGTTCTTGAATCCACGGTGACAGAAGAACGGCGTCGATTATTGATGGAGAT > NC_000913/485969‑486095 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |