| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 486,025 | IS1 (+) +9 bp | coding (265‑273/648 nt) | acrR → | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 486025 = | 0 (0.000) | 96 (1.890) | 43/128 | 0.0 | 100% | coding (265/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| ? | NC_000913 | = 4519239 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 486033 | 0 (0.000) | 59 (1.160) | 28/128 | 0.2 | 100% | coding (273/648 nt) | acrR | DNA‑binding transcriptional repressor AcrR |
| ? | NC_000913 | 4518472 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
AGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCA > NC_000913/4518408‑4518536 | tggtgaactagggcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatcccctctcagtattaagagagg < 1:1322474‑M2/1‑1 (MQ=255)tggtgaactagagtttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagg < 1:2688380‑M2/1‑1 (MQ=255)tggtgaactagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagg < 1:1990722‑M2/1‑1 (MQ=255)tggtgaactagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagg < 1:2008941‑M2/1‑1 (MQ=255)tggtgaactaaagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagg < 1:834418‑M2/1‑1 (MQ=255)aGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCg < 1:2155519/65‑1 (MQ=255)aGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCg < 1:2475171/65‑1 (MQ=255) ggtgaactagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagaggg > 1:1701619‑M2/64‑65 (MQ=255) ggtgaactagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagaggg > 1:3352870‑M2/64‑65 (MQ=255) actagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAAtg > 1:1148292‑M2/59‑65 (MQ=255) aCTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtg > 1:3696423/1‑65 (MQ=255) ctagagcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAAtgc > 1:1041224‑M2/58‑65 (MQ=255) cTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtgc < 1:3353542/65‑1 (MQ=255) cTCATGATCTGGTCTGCTATTATTGACAACCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtgc < 1:813708/65‑1 (MQ=255) tCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtgct > 1:1917395/1‑65 (MQ=255) tCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtgct > 1:405557/1‑65 (MQ=255) tCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAAtgct > 1:911293/1‑65 (MQ=255) agcttgagtatcaggcaaaattccctgtcaatccactctcagtcttaagagagCGTAATGCTGcc > 1:652192‑M2/54‑65 (MQ=255) agcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGcc > 1:2553011‑M2/54‑65 (MQ=255) agcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGcc > 1:2221844‑M2/54‑65 (MQ=255) agcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGcc > 1:3158336‑M2/54‑65 (MQ=255) gcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCa > 1:2569862‑M2/53‑65 (MQ=255) gcttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCa > 1:1177576‑M2/53‑65 (MQ=255) cttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCaa < 1:3157372‑M2/14‑1 (MQ=255) cttgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCaa > 1:19479‑M2/52‑65 (MQ=255) tgtgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAAc > 1:1244599/1‑65 (MQ=255) tgtgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAAc < 1:1211056/65‑1 (MQ=255) tgagtatcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACt < 1:1904878‑M2/16‑1 (MQ=255) gtgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACt < 1:2602999/65‑1 (MQ=255) gtgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACt < 1:1626447/65‑1 (MQ=255) tgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACtt < 1:2978817/65‑1 (MQ=255) tgGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACtt > 1:1635253/1‑65 (MQ=255) agtatcaggcaaaattcccgggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTa < 1:64457‑M2/18‑1 (MQ=255) cTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTg > 1:3520143/1‑65 (MQ=255) atcaggcaaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTg > 1:1544442‑M2/45‑65 (MQ=255) tGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGa < 1:3716919/65‑1 (MQ=255) tGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGa < 1:1567429/65‑1 (MQ=255) tGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGAAGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGa < 1:3824388/65‑1 (MQ=255) ggCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGa < 1:1733864/64‑1 (MQ=255) gCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAt > 1:508979/1‑65 (MQ=255) gCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAt < 1:3376600/65‑1 (MQ=255) gCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAt > 1:1326901/1‑65 (MQ=255) tattatTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGAttt > 1:270639/1‑65 (MQ=255) caaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAg < 1:2287677‑M2/27‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3304777/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3249970/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:552825/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:362764/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:682213/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:969335/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3021168/65‑1 (MQ=255) tattGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:1046342/65‑1 (MQ=255) aaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:3462665‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2956646‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:382650‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:395440‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:65638‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaattccctgccgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2442887‑M2/28‑1 (MQ=255) aaaatgccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgt < 1:2798153‑M2/28‑1 (MQ=255) aattccctggcgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAgtgt < 1:2858146‑M2/30‑1 (MQ=255) cctggcgatccactctcagtattaggagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgat < 1:704331‑M2/35‑1 (MQ=255) tCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTatgatg > 1:1955930/1‑65 (MQ=255) cgatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGa > 1:2922790‑M2/26‑65 (MQ=255) gatccactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAt < 1:1282898‑M2/41‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAt < 1:1427732/65‑1 (MQ=255) aCTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAt < 1:2174259/65‑1 (MQ=255) gCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGAtttt > 1:2308663/1‑65 (MQ=255) cactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa > 1:3641541‑M2/21‑65 (MQ=255) cactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa > 1:852104‑M2/21‑65 (MQ=255) cactctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTa > 1:3001873‑M2/21‑65 (MQ=255) ccTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:3719374/1‑65 (MQ=255) actctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTaa > 1:3416868‑M2/20‑65 (MQ=255) tctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAgg > 1:1365518‑M2/18‑65 (MQ=255) tctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAgg > 1:1458202‑M2/18‑65 (MQ=255) ctcagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt < 1:3452327‑M2/49‑1 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt < 1:3508441/65‑1 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt > 1:144660/1‑65 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt < 1:1531635/65‑1 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt < 1:1818142/65‑1 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt > 1:1673033/1‑65 (MQ=255) aaaGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGt < 1:439487/65‑1 (MQ=255) cagtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGc < 1:1480515‑M2/51‑1 (MQ=255) aGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAggctg > 1:365361/1‑62 (MQ=255) aGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGc < 1:3963455/65‑1 (MQ=255) aGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGc > 1:261000/1‑65 (MQ=255) ggATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCt > 1:2618262/1‑65 (MQ=255) gtattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCtt > 1:54621‑M2/13‑65 (MQ=255) tattaagagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTg > 1:2077881‑M2/12‑65 (MQ=255) aTGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTg < 1:2065839/65‑1 (MQ=255) gATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTgg > 1:1769271/1‑65 (MQ=255) gATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTgg > 1:3066355/1‑65 (MQ=255) gagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:1757374‑M2/6‑65 (MQ=255) gagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:2398501‑M2/6‑65 (MQ=255) gagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:3334545‑M2/6‑65 (MQ=255) gagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:2868784‑M2/6‑65 (MQ=255) gagagGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc > 1:2979012‑M2/6‑65 (MQ=255) aTTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc < 1:1989830/65‑1 (MQ=255) aTTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc < 1:2990284/65‑1 (MQ=255) aTTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGc < 1:1091880/65‑1 (MQ=255) ggTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCttcca > 1:3454039/1‑65 (MQ=255) | AGAATGACTCATGATGTGGTCTGCTATTATTGACATCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCA > NC_000913/4518408‑4518536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |