| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 883,553 | IS30 (+) +2 bp | intergenic (‑165/‑119) | ybjG ← / → mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 270541 = | NA (NA) | 260 (5.120) | 54/128 | 0.0 | 99.6% | noncoding (1/1221 nt) | IS30 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 883554 | 1 (0.020) | intergenic (‑166/‑119) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter | |||||
| * | ? | NC_000913 | 883553 = | 1 (0.020) | 343 (6.750) | 54/128 | 0.0 | 99.7% | intergenic (‑165/‑120) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux pump MdfA/Na(+):H(+) antiporter/K(+):H(+) antiporter |
| ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region | |||||
Only 100 of 639 total aligned reads displayed.
CAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCT > NC_000913/883490‑883618 | tgaagttcaaaacaccgaaacagataaatgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGt > 1:1574768‑M1/64‑65 (MQ=255) gaagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTa > 1:2029297‑M1/63‑65 (MQ=255) aagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAg > 1:3863653‑M1/62‑65 (MQ=255) aagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAg > 1:1461814‑M1/62‑65 (MQ=255) aagttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAg > 1:3430996‑M1/62‑65 (MQ=255) agttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcatggacagattgaatctacaGTAGc > 1:421360‑M1/61‑65 (MQ=255) gttcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCt > 1:2369282‑M1/60‑65 (MQ=255) tcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCtat < 1:297380‑M1/8‑1 (MQ=255) tcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCtat > 1:1515419‑M1/58‑65 (MQ=255) tcaaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCtat > 1:2562998‑M1/58‑65 (MQ=255) aaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATAc > 1:3249303‑M1/56‑65 (MQ=255) aaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATAc > 1:548727‑M1/56‑65 (MQ=255) aaaacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATAc > 1:2005115‑M1/56‑65 (MQ=255) gTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAGCTTAAAGAAAGCGTtgtagattca > 1:3549796‑M2/1‑55 (MQ=255) gTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattca > 1:1678449‑M2/1‑55 (MQ=255) aacaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTc > 1:401420‑M1/54‑65 (MQ=255) acaccgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCg < 1:499177‑M1/13‑1 (MQ=255) accgaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGta < 1:2578580‑M1/15‑1 (MQ=255) gaaagagataattgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGtaata > 1:647916‑M1/48‑65 (MQ=255) 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tGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaaca < 1:285083‑M2/65‑27 (MQ=255) tgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAAtgt > 1:2346931‑M1/36‑65 (MQ=255) tgaaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAAtgt > 1:1212611‑M1/36‑65 (MQ=255) aaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGc > 1:3015668‑M1/34‑65 (MQ=255) aaaggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGc > 1:1925583‑M1/34‑65 (MQ=255) cGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcgattggtcaacgcaacagttat < 1:521796‑M2/65‑32 (MQ=255) cGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttat < 1:3642756‑M2/65‑32 (MQ=255) cGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttat < 1:2462678‑M2/65‑32 (MQ=255) cGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttat < 1:3984752‑M2/65‑32 (MQ=255) gggCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatg < 1:2284235‑M2/65‑33 (MQ=255) gggCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatg < 1:2948‑M2/65‑33 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:2165211‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:3737844‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:2068979‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:3073858‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:2529289‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:938589‑M1/35‑1 (MQ=255) ggggtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa < 1:2716502‑M1/35‑1 (MQ=255) tgtgttgcattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAAc > 1:2252163‑M1/29‑65 (MQ=255) ggtgttgcattgacagattgaatctaccGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAAc < 1:1967018‑M1/37‑1 (MQ=255) 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cattgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGtt < 1:3911119‑M1/44‑1 (MQ=255) attgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGttt < 1:1646999‑M1/45‑1 (MQ=255) attgacagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGttt < 1:2695962‑M1/45‑1 (MQ=255) aataaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggg > 1:1241768‑M2/1‑21 (MQ=255) ataaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatgggg < 1:3488348‑M2/65‑46 (MQ=255) ataaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatgggg < 1:1001963‑M2/65‑46 (MQ=255) taaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggt < 1:1349551‑M2/65‑47 (MQ=255) taaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggt < 1:2634580‑M2/65‑47 (MQ=255) taaaACTTAAAGAAAGCGTtgtagattcaattggtcaacgcaacagttatgtgaaaacatggggt < 1:2784993‑M2/65‑47 (MQ=255) acagattgaatctacaGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGc < 1:3526404‑M1/49‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |