Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F13 I1 R1
|
57 |
60.3 |
2567246 |
98.7% |
2533871 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
4,768,243 |
C→A |
L57M (CTG→ATG) |
tpaK → |
probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 4,768,243 | 0 | C | A | 75.6%
| 79.7
/ 27.7
| 41 | L57M (CTG→ATG) | tpaK | probable terephthalate transporter, MFS superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/6); new base A (16/15); total (20/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGT > NC_002947_CJ‑RC/4768102‑4768387
|
cTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGaa < 6:3507/149‑1 (MQ=255)
ccGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGaaa < 6:263490/147‑1 (MQ=255)
ccGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGaaa < 5:169602/147‑1 (MQ=255)
cGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAg > 3:80082/1‑149 (MQ=255)
gATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGt < 5:124714/149‑1 (MQ=255)
tCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCggg > 1:185034/1‑149 (MQ=255)
gtggCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCAtct > 5:42474/3‑149 (MQ=255)
gcgGCCAGTGAGTCGATACGAGTACATCTTTATCTCCGTGTGTGGGGTGTTCATGTTCTTCGTCGGCTTCGACACCCAGTTCATCAGATACATGGCGCCCAACATCGCCTAGTAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCAtc < 8:80458/148‑1 (MQ=255)
ccAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTtctc < 5:86596/149‑1 (MQ=255)
aGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTccg > 1:12015/1‑149 (MQ=255)
gATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGctct < 5:288864/148‑1 (MQ=255)
tACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGc < 6:137607/149‑1 (MQ=255)
cAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCgg > 7:119070/1‑149 (MQ=255)
cATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCa < 4:80082/149‑1 (MQ=255)
aTCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCAt > 7:76875/1‑149 (MQ=255)
gTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGt < 4:81006/149‑1 (MQ=255)
tCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGc < 2:187355/149‑1 (MQ=255)
cGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGATGGCTTCGCCACCCAGACCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCt < 8:250008/149‑1 (MQ=255)
tgtgtgGGGTGGTCATGTTCATCGACGGATTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTg > 6:118530/1‑149 (MQ=255)
tgtgGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGgc < 6:159267/149‑1 (MQ=255)
gtCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTcgcc < 2:185034/149‑1 (MQ=255)
tCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCACATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTcgccg > 6:196247/1‑149 (MQ=255)
cATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTcgccgc > 6:252378/1‑149 (MQ=255)
ttCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTc > 3:193622/1‑149 (MQ=255)
ttCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTc > 3:189402/1‑149 (MQ=255)
tCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTcc > 5:114611/1‑149 (MQ=255)
gCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTc < 2:12015/149‑1 (MQ=255)
ttCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCgg > 6:138714/1‑149 (MQ=255)
ccAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCAccgcc > 5:265188/1‑149 (MQ=255)
ccAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCAccgcc > 2:243597/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATc < 6:42474/149‑1 (MQ=255)
gCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTc < 5:252378/149‑1 (MQ=255)
tACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCAc > 6:94796/1‑149 (MQ=255)
aCATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCAc > 2:258535/1‑148 (MQ=255)
cATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCAc < 8:119070/147‑1 (MQ=255)
cATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGa < 6:114611/149‑1 (MQ=255)
gcCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACgg < 7:168814/149‑1 (MQ=255)
ccACATCGCAGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCa > 5:273358/1‑149 (MQ=255)
cacaTCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCAt < 6:232395/149‑1 (MQ=255)
ccGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTcgcg > 3:53607/1‑149 (MQ=255)
gggCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGt > 6:146306/1‑149 (MQ=255)
|
CTGCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGT > NC_002947_CJ‑RC/4768102‑4768387
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGTTGG > NC_002947_CJ‑RC/4768104‑4768390
|
GCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21402:25624:4264/149‑1 (MQ=60)
CCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGG > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11207:4830:5522/1‑151 (MQ=60)
GGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11604:7734:10343/151‑1 (MQ=60)
ATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21105:16977:9210/1‑151 (MQ=60)
CGTGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11410:12327:12058/1‑151 (MQ=60)
GCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11508:2750:5243/151‑1 (MQ=60)
CAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11103:9115:10648/1‑151 (MQ=60)
CGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21605:2382:6477/150‑1 (MQ=60)
CCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11602:12610:11193/1‑151 (MQ=60)
CATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATG > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11505:11909:6391/1‑151 (MQ=60)
GTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21107:1191:13894/1‑151 (MQ=60)
GTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21108:26775:13894/1‑151 (MQ=60)
TTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11602:3871:7505/1‑151 (MQ=60)
CCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21512:9693:6914/1‑151 (MQ=60)
AGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21509:23104:8222/151‑1 (MQ=60)
CGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21401:17288:15662/151‑1 (MQ=60)
CCCACATCGCAGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:18379:1795/1‑151 (MQ=60)
GCCGAGGAGTGGGGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11201:2176:6336/1‑151 (MQ=60)
GGCATGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGTTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21408:7497:10051/151‑1 (MQ=60)
|
GCCGGATTTCATCGATTCGCGGCCAGTGAGTCGATACCAGTACATCGTGATCGCCCTGTGTGGGGTGGTCATGTTCATCGACGGCTTCGACACCCAGAGCATCAGCTACATGGCGCCCCACATCGCCGAGGAGTGGGGCCTGTCGAAACAGGTGCTCGGGCCCATCTTCTCCGCCGCTCTCGCCGGTCTCATGGTCGGCTATCTGGCGCTCTCGCCGCTGTCCGAGCGGTTCGGCCACCGCCGGATGATCCTCACGAGCACGGTCATCTTCGCGCTCGGCACGTTGG > NC_002947_CJ‑RC/4768104‑4768390
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
