Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F13 I1 R1
|
58 |
75.1 |
3211970 |
98.6% |
3167002 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,698,913 |
C→T |
Q221* (CAG→TAG) |
cheBC → |
chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,698,913 | 0 | C | T | 80.7%
| 114.5
/ 22.9
| 57 | Q221* (CAG→TAG) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/9); new base T (22/24); total (24/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.66e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 |
AGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATG > NC_002947_CJ‑RC/1698767‑1699057
|
aGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAg < 7:239572/149‑1 (MQ=255)
ggCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTgg < 8:23595/149‑1 (MQ=255)
tCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTacc > 8:32336/1‑148 (MQ=255)
tCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTacc < 7:351492/148‑1 (MQ=255)
cggcggCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTaccaac > 2:348190/1‑149 (MQ=255)
ggcCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccacc < 8:67157/149‑1 (MQ=255)
tCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACAtt > 5:395239/1‑149 (MQ=255)
cTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGcc < 5:284569/148‑1 (MQ=255)
cTGGTCCA‑CATGCTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCt > 6:120194/1‑149 (MQ=255)
gTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGc < 3:310417/148‑1 (MQ=255)
tCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa < 3:1863/149‑1 (MQ=255)
cAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa > 2:158207/1‑147 (MQ=255)
aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccac > 8:207183/1‑131 (MQ=255)
aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccac < 7:207183/131‑1 (MQ=255)
aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa > 3:79808/1‑146 (MQ=255)
aGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa > 4:142206/1‑146 (MQ=255)
cATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGaa < 2:172425/149‑1 (MQ=255)
ggACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGc > 1:135150/1‑148 (MQ=255)
gACCAGGTGTTTGCCGCAGGCTTGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGcc < 6:332637/148‑1 (MQ=255)
gtgtTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGc > 5:321648/1‑149 (MQ=255)
gtgtTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGc > 5:289267/1‑149 (MQ=255)
gtgtTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGc > 3:260942/1‑149 (MQ=255)
gtgtTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGc > 3:255754/1‑149 (MQ=255)
gtgtTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGc < 1:348190/149‑1 (MQ=255)
tttGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCt < 1:131631/148‑1 (MQ=255)
tttGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTa < 3:124018/149‑1 (MQ=255)
gCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTaca < 5:119439/148‑1 (MQ=255)
gCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTaca < 6:395239/148‑1 (MQ=255)
cGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTg > 1:109987/1‑149 (MQ=255)
ggCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGTCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGa < 1:130510/149‑1 (MQ=255)
aTGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAAcc > 3:171527/1‑149 (MQ=255)
tGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCt < 4:79808/149‑1 (MQ=255)
gCCGATTGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCtgt < 4:153422/149‑1 (MQ=255)
gCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCtgt < 1:79527/149‑1 (MQ=255)
ccGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCtgt > 5:110043/1‑148 (MQ=255)
ccGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCtgtg < 4:258277/149‑1 (MQ=255)
gCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGGCGCAGCCAGGGTATGTACTCCTGGACGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGaaa < 4:199960/149‑1 (MQ=255)
agcagGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCt > 3:366064/1‑149 (MQ=255)
ggCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCtcgat < 3:77880/149‑1 (MQ=255)
cTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCtcgatcga > 1:134856/1‑149 (MQ=255)
tGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTcgatcgat > 2:102355/1‑149 (MQ=255)
ccGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTcgatcgat < 2:687/147‑1 (MQ=255)
gcCTGTCCCGTGTAGGCGAACCGACGCAGCCAGGGCATGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGttcttc < 7:335492/149‑1 (MQ=255)
gCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGagag > 6:92212/1‑149 (MQ=255)
ccGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTGCTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCg < 7:8638/149‑1 (MQ=255)
gTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTg < 3:253972/149‑1 (MQ=255)
tGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTgg < 4:255754/149‑1 (MQ=255)
tGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTgg > 6:297297/1‑149 (MQ=255)
tGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTgg > 4:32508/1‑149 (MQ=255)
tGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTgg < 4:260942/149‑1 (MQ=255)
gAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTa < 7:32336/149‑1 (MQ=255)
ccgcAGCGAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTTCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGTACCTGTTAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTTCTGGaa < 1:269552/149‑1 (MQ=255)
ccgcAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGaa > 1:76568/1‑149 (MQ=255)
cgcAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAAt < 2:109987/149‑1 (MQ=255)
aGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGt < 2:135150/149‑1 (MQ=255)
cAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGAt < 4:171527/149‑1 (MQ=255)
gggTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATg > 5:133387/1‑148 (MQ=255)
|
AGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATG‑TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATG > NC_002947_CJ‑RC/1698767‑1699057
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATGCAGTG > NC_002947_CJ‑RC/1698763‑1699062
|
CTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCCAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11309:4220:3086/1‑151 (MQ=60)
CAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11605:12023:17058/150‑1 (MQ=60)
AAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21406:8538:14834/151‑1 (MQ=60)
TTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21602:4980:5467/150‑1 (MQ=60)
ATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21611:11563:14549/1‑151 (MQ=60)
GCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21504:23609:6567/150‑1 (MQ=60)
GGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21210:4319:8565/150‑1 (MQ=60)
GTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11101:20799:7428/151‑1 (MQ=60)
CAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11203:7196:7541/1‑148 (MQ=60)
CAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11612:12709:20092/133‑1 (MQ=60)
TGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11211:14819:11237/1‑150 (MQ=60)
GGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21505:22453:4164/1‑151 (MQ=60)
GGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21110:1306:12536/1‑151 (MQ=60)
GGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21510:13886:18603/1‑151 (MQ=60)
GGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21111:26729:12536/1‑151 (MQ=60)
GGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21302:20378:2523/151‑1 (MQ=60)
GTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11211:4781:2716/151‑1 (MQ=60)
GTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11210:20866:18766/150‑1 (MQ=60)
TGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11510:12901:10946/150‑1 (MQ=60)
CCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11207:7387:4954/1‑151 (MQ=60)
AGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGTCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11210:14729:15083/151‑1 (MQ=60)
CATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11307:7736:5043/1‑151 (MQ=60)
GGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11202:3875:2099/151‑1 (MQ=60)
GCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11508:13744:18127/1‑150 (MQ=60)
CAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21308:5224:18877/1‑151 (MQ=60)
AGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11202:15098:20091/151‑1 (MQ=60)
CCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11211:24420:10296/1‑151 (MQ=60)
CGCCTGTCCCGTGTAGGCGAACCGACGCAGCCAGGGCATGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21511:6054:8502/151‑1 (MQ=60)
CCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTGCTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11402:26173:11161/151‑1 (MQ=60)
CGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21110:13857:6175/151‑1 (MQ=60)
CGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTAC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11406:11961:12418/151‑1 (MQ=60)
GCCGCAGCGAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTTCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGTACCTGTTAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTTCTGGAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21111:21633:14005/151‑1 (MQ=60)
GCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11201:23443:11869/1‑151 (MQ=60)
AGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11512:3462:17928/1‑150 (MQ=60)
GTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATGCAGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11303:15656:12393/151‑1 (MQ=60)
|
CTCAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATGCAGTG > NC_002947_CJ‑RC/1698763‑1699062
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
