Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F24 I1 R1
|
60 |
68.7 |
2919236 |
98.6% |
2878366 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
1,698,913 |
C→T |
Q221* (CAG→TAG) |
cheBC → |
chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 1,698,913 | 0 | C | T | 100.0%
| 183.5
/ NA
| 54 | Q221* (CAG→TAG) | cheBC | chemotaxis response regulator protein‑glutamate methylesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (22/32); total (22/32) |
GGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATG > NC_002947_CJ‑RC/1698768‑1699057
|
gggTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAgg > 7:5693/1‑149 (MQ=255)
gggTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAgg > 3:347902/1‑149 (MQ=255)
gggTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAgg < 1:27680/149‑1 (MQ=255)
cGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTg < 1:102808/149‑1 (MQ=255)
cGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTg < 2:351819/149‑1 (MQ=255)
gCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGc > 4:340274/1‑149 (MQ=255)
cAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGcc > 8:47959/1‑149 (MQ=255)
cAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGcc < 1:163847/149‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTa < 4:150187/149‑1 (MQ=255)
ggcggcCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTaccaacc < 3:207747/149‑1 (MQ=255)
ggcCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAaccac > 6:263055/1‑148 (MQ=255)
ccATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACcaccac < 6:283481/149‑1 (MQ=255)
cATCGTGCTGGTCCAGAATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGTCTCAGCAGCCCAGCAGGCCTGCCGGTGCTCCTGGCCCGTGAAGGAGAACCGCCGCAGACAGTTTAGGTACTACTGGCCGGTACCAACCACcaca > 8:237698/1‑149 (MQ=255)
gTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTc < 2:114138/148‑1 (MQ=255)
gTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCg > 6:270245/1‑149 (MQ=255)
gTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGc < 2:20739/148‑1 (MQ=255)
gTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGc < 7:47955/148‑1 (MQ=255)
ccAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa > 1:304568/1‑148 (MQ=255)
cAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTa > 6:182242/1‑147 (MQ=255)
tgtgGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATg < 4:225552/149‑1 (MQ=255)
cAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACt < 4:241457/149‑1 (MQ=255)
ccGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACt > 6:75847/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCCCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTg > 8:297070/1‑149 (MQ=255)
gCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGc > 8:159620/1‑149 (MQ=255)
cAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGcc < 5:11575/149‑1 (MQ=255)
cATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAAc > 3:29417/1‑149 (MQ=255)
gCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACAAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCtgt < 4:27503/149‑1 (MQ=255)
gAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGtgaa < 1:69134/149‑1 (MQ=255)
aaTGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGtgaat < 7:51251/149‑1 (MQ=255)
tCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATc > 1:270635/1‑149 (MQ=255)
agcagcGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCAGCAACAGAAAGGCCAACTGGCCTACACTGCCGCACCTCAGAATGAAATcaa > 4:279924/1‑147 (MQ=255)
cagcgcagcAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTAcc < 3:340274/149‑1 (MQ=255)
cagcgcagcAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTAcc < 7:47959/149‑1 (MQ=255)
agcgcagcAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCg < 5:182242/149‑1 (MQ=255)
agcgcagcAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCg < 3:225522/149‑1 (MQ=255)
agcagGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCt > 5:94204/1‑149 (MQ=255)
agGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCtcga < 1:106013/149‑1 (MQ=255)
ggCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCtcgat < 5:75847/149‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTcgatcgat > 6:77114/1‑149 (MQ=255)
ccGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTcgatcgat < 3:193455/147‑1 (MQ=255)
ccGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCAGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTcgatcgat < 2:86749/147‑1 (MQ=255)
cGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGAtgtg < 2:304568/149‑1 (MQ=255)
gTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACGTTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGtt < 8:5693/149‑1 (MQ=255)
cGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGt < 7:297070/149‑1 (MQ=255)
ggCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACg > 6:31077/1‑149 (MQ=255)
gAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTa > 6:31651/1‑149 (MQ=255)
aCCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACt < 5:308403/149‑1 (MQ=255)
ccgccgCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTg < 4:29417/149‑1 (MQ=255)
cgccgcAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTg > 7:336385/1‑148 (MQ=255)
cgccgcAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTg > 3:113306/1‑148 (MQ=255)
cgcAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAAt < 7:279156/149‑1 (MQ=255)
aGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGt < 5:31077/149‑1 (MQ=255)
ccAGGGTAGGTACTCCTGGCCGTTACCAACCACCACATTCGCCTGATACAGAATGGACAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGTAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTTGCACGTTACTTGAATGGTGa < 7:237698/149‑1 (MQ=255)
aGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATg > 6:138293/1‑149 (MQ=255)
|
GGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGATG > NC_002947_CJ‑RC/1698768‑1699057
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGAT > NC_002947_CJ‑RC/1698765‑1699056
|
CAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11412:21918:12225/1‑149 (MQ=60)
CAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21309:15646:12279/1‑149 (MQ=60)
AGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11105:14490:20260/151‑1 (MQ=60)
AGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11402:19171:2460/1‑151 (MQ=60)
AGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21311:20116:19008/1‑151 (MQ=60)
CCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11208:23483:1474/151‑1 (MQ=60)
GCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11308:18456:3923/151‑1 (MQ=60)
CGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21105:12184:14737/151‑1 (MQ=60)
GGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11409:19890:18165/150‑1 (MQ=60)
TCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21211:2061:19429/1‑150 (MQ=60)
GCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11403:19337:7263/151‑1 (MQ=60)
GCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11106:3314:18054/1‑151 (MQ=60)
CGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11201:24533:13197/151‑1 (MQ=60)
GAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11410:16419:10249/151‑1 (MQ=60)
CTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21205:23731:5276/1‑151 (MQ=60)
GCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21310:4879:10490/151‑1 (MQ=60)
GCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11409:16449:18188/151‑1 (MQ=60)
CAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21109:12191:7602/151‑1 (MQ=60)
CAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11611:5662:18201/151‑1 (MQ=60)
CAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11507:19622:13979/1‑151 (MQ=60)
CAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11208:1904:13062/151‑1 (MQ=60)
AGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATC < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11504:4100:5406/151‑1 (MQ=60)
GCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21102:24228:13471/149‑1 (MQ=60)
CCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21509:5989:10871/151‑1 (MQ=60)
AACCGCCGCAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21601:1172:17234/151‑1 (MQ=60)
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CAGCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11407:24927:7111/151‑1 (MQ=60)
GCCAGGGTAGGTACTCCTGGCCGTTACCAACCACCACATTCGCCTGATACAGAATGGACAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGTAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTTGCACGTTACTTGAATGGTGAT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21410:12351:5511/151‑1 (MQ=60)
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CAAGGGTTTGCCGGCAGCGTTTCCGGCGGCCATCGTGCTGGTCCAGCATGTGGACCAGGTGTTTGCCGCAGGCATGGCCGAATGGCTCAGCAGCGCAGCAGGCCTGCCGGTGCGCCTGGCCCGTGAAGGCGAACCGCCGCAGCCAGGGCAGGTACTCCTGGCCGGTACCAACCACCACATTCGCCTGCTACAGAATGGCCAACTGGCCTACACTGCCGAACCTGTGAATGAAATCTACCGGCCCTCGATCGATGTGTTCTTCGAGAGCGTGGCACGTTACTGGAATGGTGAT > NC_002947_CJ‑RC/1698765‑1699056
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
