Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F13 I0 R1
|
203 |
85.6 |
3649704 |
98.8% |
3605907 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
5,161,454 |
T→C |
20.8% |
intergenic (+14/+92) |
PP_4542 → / ← PP_4543 |
ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 5,161,454 | 0 | T | C | 20.8%
| 43.1
/ 7.3
| 24 | intergenic (+14/+92) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/17); new base C (3/2); total (5/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > NC_002947_CJ‑RC/5161312‑5161515
|
gACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCCTTTcg‑c > 4:398413/1‑149 (MQ=255)
gACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCCTTTcg‑c > 2:445443/1‑149 (MQ=255)
tggtgCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAAccc < 3:42263/149‑1 (MQ=255)
cTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTc < 2:46604/148‑1 (MQ=255)
cTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCCTTTAGCCGGGTTAAAcccccc > 8:11831/1‑146 (MQ=255)
gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTa < 2:29523/148‑1 (MQ=255)
gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTa > 4:278110/1‑148 (MQ=255)
gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGt < 8:251333/149‑1 (MQ=255)
gCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTc < 7:422954/149‑1 (MQ=255)
gAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGAGCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGc < 2:77151/149‑1 (MQ=255)
gagaGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt < 3:278110/148‑1 (MQ=255)
gagaGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt < 3:29056/148‑1 (MQ=255)
agagTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGt < 6:20392/149‑1 (MQ=255)
gTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAgg < 8:140609/149‑1 (MQ=255)
tGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGa < 2:301001/149‑1 (MQ=255)
aGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCgg < 2:83325/149‑1 (MQ=255)
ccACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGt < 7:26508/149‑1 (MQ=255)
aGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGGCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:201785/149‑1 (MQ=255)
tGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCCTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 3:398413/149‑1 (MQ=255)
tGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCCTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:445443/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 3:422777/149‑1 (MQ=255)
aGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 3:429531/149‑1 (MQ=255)
accaccAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGt > 3:391163/1‑92 (MQ=255)
accaccAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGt < 4:391163/92‑1 (MQ=255)
|
GACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCG‑CGGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > NC_002947_CJ‑RC/5161312‑5161515
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
