Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F14 I0 R1
|
248 |
61.6 |
2601574 |
98.7% |
2567753 |
146.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
699,722 |
A→G |
50.5% |
intergenic (+115/‑129) |
PP_t06 → / → PP_23SD |
tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 699,722 | 0 | A | G | 50.5%
| ‑3.1
/ 139.8
| 99 | intergenic (+115/‑129) | PP_t06/PP_23SD | tRNA‑Ala/23S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (30/19); new base G (20/30); total (50/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 |
GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947_CJ‑RC/699574‑699804
|
gaggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGa < 2:96533/149‑1 (MQ=37)
ggTCAGCGGTTCGATCGCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTTGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTTTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTTATAGATATAGACt < 2:287434/149‑1 (MQ=255)
ggTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCt < 6:58062/149‑1 (MQ=37)
aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGaa < 5:211358/148‑1 (MQ=37)
aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGaa > 5:324956/1‑148 (MQ=37)
aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa > 3:205839/1‑148 (MQ=37)
aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGaa < 5:77428/148‑1 (MQ=37)
aGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAac < 4:278312/149‑1 (MQ=37)
gCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAaca > 6:187655/1‑149 (MQ=37)
gCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAaca > 5:315005/1‑149 (MQ=37)
ggTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACAcc < 1:237139/149‑1 (MQ=37)
ggTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac > 6:15498/1‑148 (MQ=37)
gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCa < 3:128441/149‑1 (MQ=37)
gTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAacac > 1:273432/1‑147 (MQ=37)
cGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGt < 1:318021/148‑1 (MQ=37)
cGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGt < 4:284193/148‑1 (MQ=37)
cGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGtt > 4:50234/1‑149 (MQ=37)
cGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGt < 2:143660/148‑1 (MQ=37)
aTCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGttt > 6:202946/1‑148 (MQ=37)
tCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa < 2:82974/149‑1 (MQ=37)
tCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa < 6:180862/149‑1 (MQ=37)
tCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCa < 8:244267/149‑1 (MQ=37)
cccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCAc > 3:116598/1‑149 (MQ=37)
ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCAct > 8:95561/1‑149 (MQ=37)
ccGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCAc < 6:324956/148‑1 (MQ=37)
cGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActg > 7:200741/1‑149 (MQ=37)
gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCActgc > 5:137427/1‑149 (MQ=37)
gCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgc > 5:12641/1‑149 (MQ=37)
ttGGCTCCTCCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGATCTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTATTAATTCGGTTTTGTGATAGATATAGGCTGAACACCTGTTTCActgctg < 1:80126/149‑1 (MQ=11)
ggCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtggt > 2:79400/1‑149 (MQ=37)
ggCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgctg < 7:316173/147‑1 (MQ=37)
ggCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCActgctg < 4:205839/147‑1 (MQ=37)
ggCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt > 5:86426/1‑149 (MQ=37)
ggCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtgg < 5:216785/148‑1 (MQ=37)
gCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 6:294046/148‑1 (MQ=37)
gCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggtg < 3:26227/149‑1 (MQ=37)
gCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCtggt < 1:106276/148‑1 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 4:170685/1‑149 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 5:22301/1‑149 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 2:157056/1‑149 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 6:94544/1‑149 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGa > 8:260165/1‑149 (MQ=37)
tCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTAAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTAACTGCTGGTGGa > 6:321999/1‑149 (MQ=255)
caccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATc < 7:95561/149‑1 (MQ=37)
accacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGAt > 5:24769/1‑147 (MQ=37)
ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAg < 1:33691/149‑1 (MQ=37)
ccacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAg > 8:116324/1‑149 (MQ=37)
cacTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAgg < 1:70450/149‑1 (MQ=37)
tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt > 3:210030/1‑148 (MQ=37)
tttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt > 5:304316/1‑148 (MQ=37)
ttCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCt > 6:65927/1‑147 (MQ=37)
tCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa < 5:202946/148‑1 (MQ=37)
tCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTaa < 2:277991/148‑1 (MQ=37)
cGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAg < 6:315005/148‑1 (MQ=37)
ccGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGt > 4:145101/1‑148 (MQ=37)
cGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTa > 1:110241/1‑148 (MQ=37)
tACGCACTTAATTGACAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGACAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTaaaa > 6:120716/1‑149 (MQ=255)
aCGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAAt > 8:316839/1‑149 (MQ=37)
gCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAAttt < 8:268257/149‑1 (MQ=37)
gCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAAttt > 2:262609/1‑149 (MQ=37)
cAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtg < 4:304014/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:75378/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 2:25398/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 4:25066/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 6:274266/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 5:264867/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 6:86426/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 1:186589/149‑1 (MQ=37)
aGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTtgt < 6:196004/149‑1 (MQ=37)
ttACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGa < 6:109216/149‑1 (MQ=25)
aCTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGt > 8:120665/1‑149 (MQ=21)
aCTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGt > 2:89812/1‑149 (MQ=21)
cTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGtt < 1:151251/149‑1 (MQ=21)
cTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGtt < 1:247794/149‑1 (MQ=34)
ttGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTc > 5:179625/1‑149 (MQ=34)
ttGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTc > 5:236678/1‑149 (MQ=34)
ttGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTc > 6:267189/1‑149 (MQ=34)
tCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGc < 3:222604/149‑1 (MQ=21)
tCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGc < 1:303661/149‑1 (MQ=21)
tCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGc > 2:233006/1‑149 (MQ=34)
aGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCt < 7:181010/148‑1 (MQ=21)
aGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTc < 4:147146/149‑1 (MQ=34)
cTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTTGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGaaa < 2:80330/149‑1 (MQ=21)
cTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGa > 8:12793/1‑147 (MQ=34)
ttAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGa > 4:239522/1‑146 (MQ=21)
ttAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGa > 1:323947/1‑146 (MQ=21)
ttAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGa > 3:188646/1‑146 (MQ=34)
aaaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAAAAACAGTTTCACTGCTGGTGGATAAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAATAGc > 7:33397/1‑148 (MQ=11)
aaTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCaa > 7:94424/1‑149 (MQ=34)
aTGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAAc < 3:247146/149‑1 (MQ=34)
gAACATTCAGGTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACAACTGttt < 1:211664/91‑1 (MQ=11)
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aaCATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGGCTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTa > 6:237135/1‑149 (MQ=21)
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gCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAAtttt > 1:99645/1‑149 (MQ=31)
cTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTc < 8:234714/149‑1 (MQ=11)
|
GAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTTGGCTCCACCACTTTCGCCGTACGCAGTTACTTGTCAGAACTTAGAAATGAACATTCAGCTCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAATTTGTGAGTTCTGCTCGAAAGAGCAACGTACGAATTTTC > NC_002947_CJ‑RC/699574‑699804
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
