Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F13 I0 R1
|
140 |
52.5 |
2164708 |
98.8% |
2138731 |
146.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
2,863,829 |
T→G |
40.0% |
S297A (TCG→GCG) |
gllR → |
HTH‑type transcriptional regulator GalR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 2,863,829 | 0 | T | G | 40.0%
| 22.0
/ 14.9
| 47 | S297A (TCG→GCG) | gllR | HTH‑type transcriptional regulator GalR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/18); new base G (10/9); total (20/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAG > NC_002947_CJ‑RC/2863684‑2863972
|
tCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTc > 7:77667/1‑147 (MQ=255)
aCTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCGCGCCgg > 3:117346/1‑147 (MQ=255)
gCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCgg > 6:159918/1‑146 (MQ=255)
cAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCa < 3:231071/147‑1 (MQ=255)
cAGCGACCTGGAGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGATATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACGTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTct < 1:125065/147‑2 (MQ=255)
gCGACCGGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAACTGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTACACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAgc < 6:219350/147‑1 (MQ=255)
gcccTGGTGGGCGTGCCGCTAATCAACCCGCATTTGGGGGTGCTGGCCGGGCGGGGGCACCGGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGGGTTCACCAGGCGCGGTGGGTGTTCCCGCGGGCGGGCGCGCCGGCCCGTCAgctg < 8:118648/145‑1 (MQ=255)
tcaACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCGCGCCGGCCCGGCAGCTGCTCGGCAACTGCTTcgccgccg > 6:97757/1‑147 (MQ=255)
aaCGAGGAATTGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGGTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGGGGGGGGTGGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCcgcg < 7:210446/147‑1 (MQ=255)
aggAGTAAATGGTGGGGCTGGCCCGTCGGGGGCACCGGCTGTTGCACACTCACCTGCCGCTCACGGGCGTGCACCAGGCGGGGTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCGGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCcgcg < 8:236370/144‑1 (MQ=255)
gAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCCGCTGCTCGACAACAGCTAAGACGCCGCCGGCCTg > 4:124541/1‑147 (MQ=255)
tggtggTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGGCAGCAGCTCGACAACAGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAg > 6:112796/1‑147 (MQ=255)
gtggtgCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGGGCGCCGGCCCCGCCGCAGCTCGACAACAGCTTCGCCGCCCCCGGCCGGCCAgcc > 1:58676/1‑146 (MQ=255)
tgCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGACAGCTGCAAGAAAACAGCTTCCCCCCCGCCGGCCTTACAGCGCCGt > 8:17199/1‑147 (MQ=255)
ggtGGCCGGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGGTCATGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGGGGCGGGGGGGGTCGGCGGCCGGTCAGCTGGTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTg < 2:250404/145‑1 (MQ=255)
gCTGGCCCGGCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCCCCTGCCGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTg < 7:209496/147‑1 (MQ=255)
ggCCCGTCGGGGGCACCCGCGGGTGCACCCTCACCTGACGCTCACGGGCGTGCACCAGGCGCGCGGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGcc < 3:86300/147‑1 (MQ=255)
cccGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCGGGTCGACAACAGCTAGGCCGCCGCCGGCCAGACAGCGCCGTGGACgg > 7:150843/1‑147 (MQ=255)
cgggggggggCCCCCGTTGTTCCACCCTCCCCTCCCGCTCCCGGGCGTCCCCCTGGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGGCGGGCGCGCGGGCCCGTCGGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCggt < 4:186705/142‑1 (MQ=255)
ccGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGACTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGGGGCCggt > 5:162479/1‑147 (MQ=255)
cggcGGGGGCACCCGCTGTTCCACACTCACCTGCCGCTCACGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCggtg < 3:98387/144‑1 (MQ=255)
cGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGGGCGGCGGCCCCGCAGGTGCTCGGCAACAGCGTAGCCGCCCCGGGCCTGACACCGCCGGGGGCggtg > 2:51813/1‑147 (MQ=255)
ggcGGGGGCACCCGCTGTGCCACACTCACCTGCCGCTCACGGGCGTGCACCTGGCGCGCGGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCggtgg < 7:9384/145‑1 (MQ=255)
cACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCACGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGGGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAgc < 6:167770/147‑1 (MQ=255)
cGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGGCCCCGGCTCGACAAAAGCATAGCCCCCCCCGGCCAGACAGCGCCGGGGCCGGGGGGGGGAAgc > 6:40518/1‑143 (MQ=255)
gtGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGAt < 3:254485/146‑1 (MQ=255)
cacaCTCACCTGACGCCCACGGGCGTGCACCCGGCGCGCGGGGGGTGGCCGCGGGCGGGCTCGCGGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGc < 5:40518/146‑1 (MQ=255)
cacaCTCACCTCACGCTCATGGGCGTGCACCTGGGGCGGTGGGTGTTGCCGGGGGCGGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGc < 3:66750/146‑1 (MQ=255)
cTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCGGCTCGCCCGCCCGGCCGCGGCGCGACAACAGCGTAGCCGCCCCCGGCCAGCCAGCGCCGGGGCCGGGGGTGGGAAGCGCGGATGTGGCgggt > 4:84683/1‑144 (MQ=255)
cTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGGCAGCGGCTCGACAACAGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACCGCGCCGGGGCCGGGGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGGTa > 2:172498/1‑147 (MQ=255)
cACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGGCCGCGGCGAGGCCACAGCATCGCCCCCCCGGGCCTGACAGCGCCGGGGCCGGGGGGGGTAAGCGCGGAGGGGGCGGTTAta > 6:581/1‑146 (MQ=255)
cTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGGCAGCTGCGCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGGGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTTTGCGt > 8:159823/1‑147 (MQ=255)
cTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCGGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGt < 7:267619/147‑1 (MQ=255)
tGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGGCCGGGCGCCGGCCCGGCACCAGCTCGACAAATGCATACCCGCCCCCGGCCCGACACCGCCCAGGCCGGGGGGGGGAAGCGCAGGTCGGGGGGttttaagtg > 6:219846/1‑140 (MQ=255)
cgcaataGGGCGTGCACCCGGGGCGCGGGGTGTGGCCGCGGGCCGGCGGGCGGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTgg < 5:158682/139‑1 (MQ=255)
aGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTg < 2:67355/146‑1 (MQ=255)
aCCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCgg < 5:112796/147‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGGGTGGGTGTTGCCGGGGGCGGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGa < 4:18649/147‑1 (MQ=255)
ccAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCCGCAGCAGCGCGACAAAAGCATCGCCGCCCCCCGCCGGCCACCGCCCGGGCCGGGGGGGGGAAGCGCTGCTAGGGCGGGTTTCCCTGGCCTAAAGGTGGGTGCgg > 4:68722/1‑146 (MQ=255)
cggcgggcgGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACa < 3:173877/146‑1 (MQ=255)
cgcTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTg < 6:69837/147‑1 (MQ=255)
tggCCGCGGGCGGGCGCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGgtg < 3:257660/145‑1 (MQ=255)
cgcgGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCt < 5:181599/146‑1 (MQ=255)
cgcgGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTg > 5:180863/1‑147 (MQ=255)
gcgGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGGTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTgc > 6:155380/1‑147 (MQ=255)
cgGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTgcg < 5:97757/147‑1 (MQ=255)
ggCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAg < 8:35612/147‑1 (MQ=255)
|
TCACGACTATGCCAGCGACCTGGTGGGCGAGCCGCTCATCAACGAGGAAATGGTGGTGCTGGCCCGTCGGGGGCACCCGCTGTTGCACACTCACCTGACGCTCAAGGGCGTGCACCAGGCGCGCTGGGTGTTGCCGCGGGCCGGCTCGCCGGCCCGTCAGCTGCTCGACAACTGCTTCGCCGCCGCGGGCCTGACAGCGCCGTGGCCGGTGGTGGAAAGCGCTGATCTGGCGGTTATCCGTGGCCTACTGGTGCGTTCGGACATGCTGGCGGCGGTGTCTGCGCACCAG > NC_002947_CJ‑RC/2863684‑2863972
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
