Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F13 I1 R1
|
59 |
77.6 |
3303596 |
98.5% |
3254042 |
146.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
6,016,700 |
T→C |
intergenic (+90/+20) |
xpt → / ← PP_5266 |
xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 6,016,700 | 0 | T | C | 100.0%
| 73.3
/ NA
| 22 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (17/5); total (17/5) |
CGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCC > NC_002947_CJ‑RC/6016558‑6016832
|
cgcgGGCCCGGGTTAAGTCGCTGTACGGTGGTGTGGTCAGCTTAATCTAATAACCGCCACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCGCGAACGCTGTGCCTTACGTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAAt < 2:6469/149‑1 (MQ=25)
gCACGCCCGCTACCACACGTGCCGCACACGTCTGGAACGCTGTGCCGTACCTGTGTGAGCGGGCGTGCCCGGGAATTGCCGCCACCCTTTTATATTGTTGGCGCCGGGCCCCGCAACAACAACCGCTGGTAAACTTCTTCATTAAGccc > 4:28397/1‑149 (MQ=255)
aCGCCCGCTCCCACCGGTCCTCCACTGGTCCCTACCGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCt < 8:90586/149‑1 (MQ=255)
cccGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCg > 2:69463/1‑149 (MQ=255)
tCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc > 3:360754/1‑149 (MQ=21)
cacaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGccc > 5:47294/1‑148 (MQ=255)
acaGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGcccc > 5:384884/1‑148 (MQ=255)
gcagcaCAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa > 1:373337/1‑149 (MQ=255)
gTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGccc > 8:43288/1‑147 (MQ=255)
tcGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGcc < 3:82039/143‑1 (MQ=255)
tcGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGcc > 4:82039/1‑143 (MQ=255)
tgtgCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa > 5:401500/1‑149 (MQ=255)
tgtgCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAACCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa > 5:178478/1‑149 (MQ=255)
ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc > 3:314410/1‑149 (MQ=255)
ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc > 5:411873/1‑149 (MQ=255)
ccGTACCTGTGCGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGAAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCAAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTAAAGCCACTGCGGCTGCCACAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcc > 5:259422/1‑149 (MQ=255)
gTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAccc > 1:145403/1‑148 (MQ=255)
tACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCt > 7:10836/1‑149 (MQ=255)
gtgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGc > 2:290380/1‑149 (MQ=255)
tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt > 4:225858/1‑42 (MQ=255)
tgGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCt < 3:225858/42‑1 (MQ=255)
gggggggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGcc < 7:227461/142‑1 (MQ=255)
|
CGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCC > NC_002947_CJ‑RC/6016558‑6016832
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCT > NC_002947_CJ‑RC/6016622‑6016849
|
tggggcgggtccccccctacccgccggggcccgcccagttttttatgtctgggcgttacgtgtgggtggGGGCGTGCCCGAGAATGGCCGCAACACTTTTATCTGGTTGCCGCCTGCCGCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11608:13618:1736/81‑1 (MQ=60)
ctcccacaggtacggcacagcgttcgagacctgtgctgcACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21306:17027:5570/40‑151 (MQ=60)
CCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11409:23735:8530/1‑150 (MQ=60)
CACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCA > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21607:3529:18154/1‑150 (MQ=60)
CACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAA > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21106:15316:5000/1‑62 (MQ=60)
TGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21306:23780:6392/1‑151 (MQ=60)
cggcgcccccgggggccgctcccggggggctggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCA < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11404:25756:5058/114‑1 (MQ=60)
CTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11203:20124:9087/145‑1 (MQ=60)
CTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21610:2934:17665/1‑151 (MQ=60)
CTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAAACCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCAT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11607:25156:12789/1‑151 (MQ=60)
GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21209:1610:13582/1‑151 (MQ=60)
GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21612:7512:17851/1‑151 (MQ=60)
GCCGTACCTGTGCGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGAAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCAAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTAAAGCCACTGCGGCTGCCACAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21410:9592:2446/1‑151 (MQ=60)
CGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11301:17161:7428/1‑150 (MQ=60)
GTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11402:14833:16221/1‑151 (MQ=60)
ggggggggggggGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21403:11734:3977/139‑1 (MQ=60)
GTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21103:25778:20183/44‑1 (MQ=60)
GGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAATCGCTGGTAAAGATCTTCTTTAAGACCCTGCGGCTGCCCCAACTGAATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGagagg > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11312:13177:15168/1‑146 (MQ=60)
CCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGC < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21507:19668:19789/151‑1 (MQ=60)
CCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACC < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11108:7678:4903/126‑1 (MQ=60)
CCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:21501:24535:18696/1‑151 (MQ=60)
|
GCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATCCAACGCT > NC_002947_CJ‑RC/6016622‑6016849
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
