Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F22 I1 R1
|
55 |
83.2 |
3548070 |
98.1% |
3480656 |
146.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_002947_CJ‑RC |
5,396,064 |
A→G |
V231A (GTA→GCA) |
tphBII ← |
4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_002947_CJ‑RC | 5,396,064 | 0 | A | G | 100.0%
| 276.5
/ NA
| 77 | V231A (GTA→GCA) | tphBII | 4‑hydroxythreonine‑4‑phosphate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (35/42); total (35/42) |
CCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATG > NC_002947_CJ‑RC/5395918‑5396205
|
ccaccCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTctactgct < 1:7295/149‑1 (MQ=255)
ctcccTGCCAGCGATAGATAGTGCGCTGGCTGCGTTTTGTGCCAGCAGCTTGATGTGGTTATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTctactgcta < 3:238094/147‑1 (MQ=255)
ccTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGc > 1:166217/1‑149 (MQ=255)
ccACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCcgcg < 8:62703/149‑1 (MQ=255)
cGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTg > 3:187457/1‑149 (MQ=255)
tagatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTgcg > 1:339247/1‑148 (MQ=255)
gatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCa < 1:277302/148‑1 (MQ=255)
gatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCa < 2:391507/148‑1 (MQ=255)
gatagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAg > 4:207815/1‑149 (MQ=255)
atagTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAgt < 5:331059/149‑1 (MQ=255)
tGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATAGTGCAGCAAGGCAACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCATGCGCAGTGtct > 4:299211/1‑149 (MQ=255)
cgcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGtctc < 3:423941/148‑1 (MQ=255)
gcTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTCTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACAGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTAGa > 5:380560/1‑149 (MQ=255)
cTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCg > 4:104536/1‑149 (MQ=255)
cTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCg < 2:166217/149‑1 (MQ=255)
tcagTTAGGTACCAGCAGGTAGATCGGGATATGGCACTGCTCGTGCAGCATGGCTACATACAAGTCGTGCTTGAGCTGTGCCAGACACAAGAAAGATCGCATGGGGCCGTCTAATGCGAGGCCGAGCTTGCGCAGGGTCTAGACACCgg > 6:378742/4‑149 (MQ=255)
ttAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAAc < 5:131707/149‑1 (MQ=255)
ccggcgCCAGCCGCTTGACGGGCATCCCGCCCTGACCGCGCAGCATGGCCACATACAGGTCGCGCTCGCGCTGCGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGCCAGCGGGAACg < 2:339247/144‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACgg < 3:350190/148‑1 (MQ=255)
ccAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATc > 2:215733/1‑149 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCt > 4:315942/1‑149 (MQ=255)
cagcagCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCt > 8:450918/1‑149 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 1:66530/149‑1 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg > 5:124887/1‑149 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 5:366465/149‑1 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 8:38127/149‑1 (MQ=255)
gcagcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 1:74776/149‑1 (MQ=255)
gcagaTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTgg < 6:213583/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 1:280810/149‑1 (MQ=255)
agcTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGa < 8:451453/149‑1 (MQ=255)
gATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATAGAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACGATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcc < 5:204239/148‑1 (MQ=255)
gATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcct > 5:149350/1‑149 (MQ=255)
aTGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGtcctc < 8:326742/149‑1 (MQ=255)
gggATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAg > 2:274948/1‑149 (MQ=255)
gATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGc < 7:340386/149‑1 (MQ=255)
ggCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaa > 7:42420/1‑148 (MQ=255)
ccTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCCTGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaacaac < 4:118704/149‑1 (MQ=255)
ccTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGaacaac < 7:7167/149‑1 (MQ=255)
aTCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTc < 1:215733/149‑1 (MQ=255)
tCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGAAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTcc > 1:405110/1‑149 (MQ=255)
gcagcaTGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCtt > 2:1256/1‑147 (MQ=255)
gcaTGGCTACATACAGGTCGTGCTTCCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGAt < 2:270772/149‑1 (MQ=255)
acatacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAgg > 6:117259/1‑149 (MQ=255)
catacaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAgg < 8:98761/148‑1 (MQ=255)
acaGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTg > 4:343947/1‑149 (MQ=255)
aGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGAt > 2:192491/1‑149 (MQ=255)
gTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCg < 4:339553/148‑1 (MQ=255)
tGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGa > 1:378836/1‑148 (MQ=255)
ttGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATa > 5:141921/1‑148 (MQ=255)
cgcTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGc < 4:354462/149‑1 (MQ=255)
tgtgCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGAc > 1:246320/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt > 3:207535/1‑149 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt < 6:149350/149‑1 (MQ=255)
ccAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACtttt < 3:315942/149‑1 (MQ=255)
cAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACATCTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg < 3:299211/149‑1 (MQ=255)
cAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg > 2:250579/1‑149 (MQ=255)
cAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg > 6:213708/1‑149 (MQ=255)
cAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTg < 7:416050/149‑1 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATGTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAAGTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTgg < 6:380560/149‑1 (MQ=255)
aGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTgg < 8:42420/149‑1 (MQ=255)
gAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt > 2:85515/1‑149 (MQ=255)
gAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt < 5:213708/149‑1 (MQ=255)
gAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGt < 3:207815/149‑1 (MQ=255)
aaCCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGtt > 6:309551/1‑149 (MQ=255)
cATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAg > 2:139035/1‑149 (MQ=255)
cATGTCAGCTCCCATGGGGCAGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAAATGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCACGAATACAGCGACTTTTGGTTTAg > 2:283798/1‑149 (MQ=255)
aTGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAgg < 1:250579/149‑1 (MQ=255)
tCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCAc > 4:79117/1‑149 (MQ=255)
aGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGAGTTTTGGTTTAGGCACTc > 2:166326/1‑149 (MQ=255)
ccATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGc < 1:97143/140‑1 (MQ=255)
ccATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGc > 2:97143/1‑140 (MQ=255)
tGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGt > 2:212421/1‑146 (MQ=255)
tGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTaa < 1:212421/148‑1 (MQ=255)
ggCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTg < 4:187457/149‑1 (MQ=255)
ggCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTg < 2:246320/149‑1 (MQ=255)
cGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCAt < 1:274948/149‑1 (MQ=255)
gTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATg < 1:139035/149‑1 (MQ=255)
tCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGt < 8:169112/138‑1 (MQ=255)
tCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGt > 7:169112/1‑138 (MQ=255)
|
CCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATG > NC_002947_CJ‑RC/5395918‑5396205
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTGCAC > NC_002947_CJ‑RC/5395916‑5396212
|
CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21111:4538:12728/1‑151 (MQ=60)
ACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTA < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11102:11914:3514/151‑1 (MQ=60)
ACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11503:12691:15573/1‑150 (MQ=60)
CCTCCCTGCCAGCGATAGATAGTGCGCTGGCTGCGTTTTGTGCCAGCAGCTTGATGTGGTTATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:2:21103:12367:6297/151‑1 (MQ=60)
CCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11302:5086:17692/1‑151 (MQ=60)
CCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:2:11307:18404:5710/1‑151 (MQ=60)
ATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGC > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21206:24078:19628/1‑150 (MQ=60)
AGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21108:9900:18149/150‑1 (MQ=60)
GATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTG < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21506:1325:6896/151‑1 (MQ=60)
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CGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTCTGCCAGAACCATGACAGCTCCCATGGGGCCGTCTACAGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTAGAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:21602:6978:5940/1‑151 (MQ=60)
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CAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAG < NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21109:17193:9615/151‑1 (MQ=60)
TGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATAGAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACGATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCT < NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11609:9938:4688/150‑1 (MQ=60)
TGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTC > NB501016:282:H2V7GAFX2:3:11512:21363:15336/1‑151 (MQ=60)
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TGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAAC > NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11407:10799:10326/1‑150 (MQ=60)
CCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACT < NB501016:282:H2V7GAFX2:4:11402:13879:2935/151‑1 (MQ=60)
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ATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGAAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21306:2730:13230/1‑151 (MQ=60)
ATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCCGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCATGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCCAACAACTGTCCTTAAGATGCATGAGGGTTG > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21308:25409:12761/1‑151 (MQ=60)
GTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAA > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:21301:16698:8573/1‑150 (MQ=60)
TGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTGCTTGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGTCAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGATCATCTGTGCTTCAGATGCATGATGGTTGATCCCGAATT > NB501016:282:H2V7GAFX2:1:11204:26502:1432/1‑151 (MQ=60)
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CACCACCCTGCCACCGATAGATAGTGCGCTGGCTCCGTTAGGTGCCAGCAGCTTGATGGGGATATGGCCCTGATCGTGCAGCATGGCTACATACAGGTCGTGCTTGCGCTGTGCCAGAACCATGTCAGCTCCCATGGGGCCGTCTACTACTAGGCCGCGCTTGCGCAGTGTCTCGACAGCGGGAACGGTGATCTGGGAGTCCTCCAGGCCGAACAACTGTCCTTCAGATGCATGAGGGTTGATCCCGAATACAGCGACTTTTGGTTTAGGCACTCCGAGTAAGGTGCATGTCTGCAC > NC_002947_CJ‑RC/5395916‑5396212
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
