Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F42 I4 R1
|
76 |
794.2 |
35354760 |
99.3% |
35107276 |
136.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AE015451_phaM1 |
1,419,549 |
+C |
intergenic (‑38/+98) |
PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function) ← / ← PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AE015451_phaM1 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.6%
| 1720.2
/ 27.5
| 452 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/11); new base C (103/336); total (103/349) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.64e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 470 total aligned reads displayed.
GCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATG > AE015451_phaM1/1419413‑1419679
|
gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 2:12322042/1‑137 (MQ=255)
gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 2:14010413/1‑137 (MQ=255)
gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c > 1:12228240/1‑137 (MQ=255)
ccGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cc > 2:13634025/1‑136 (MQ=255)
gggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctc < 2:77157/137‑4 (MQ=255)
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 1:8892552/1‑133 (MQ=255)
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 2:15936282/1‑133 (MQ=255)
cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTcgc < 1:14419660/137‑1 (MQ=255)
gATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTcgcg > 2:17305885/1‑137 (MQ=255)
ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCAc < 1:5137374/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGc < 1:17066105/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGc < 1:1816229/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGc < 1:4203351/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGNTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:16264385/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTTTGGGTTGCCTTTGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:3440863/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:4633447/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:7375757/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 2:8026963/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 2:11665561/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGccc < 1:4145774/137‑1 (MQ=255)
tcGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAACAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGTGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 2:3761777/136‑1 (MQ=255)
gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTc < 2:1965996/137‑1 (MQ=255)
gggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTc < 1:15363341/137‑1 (MQ=255)
ggcgAGTGTTGTTTTCGCCTCGGTGGAAGCAGGTCTTGCCGATTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTTGATGCGGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGACCGCTcc < 2:6794044/134‑1 (MQ=255)
ggTGGGTTTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGTTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:17536144/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGTTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:15949486/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:13468455/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:5424963/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:7211563/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:12721379/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:2629097/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:2152061/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:17195316/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:16035022/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCGG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:14010739/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGATAGAAGCAGGTCTTGCCGGCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGTTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:14481666/137‑1 (MQ=255)
gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:9248034/1‑137 (MQ=255)
gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCACTccc > 1:1675548/1‑137 (MQ=255)
gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGAATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGTGCACCCACTccc > 1:6093504/1‑137 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGTTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:11567442/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 1:2631851/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:16876216/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 1:2902012/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:10349251/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 1:11682095/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 1:12350734/137‑1 (MQ=255)
gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:8694962/137‑1 (MQ=255)
gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:11222618/137‑1 (MQ=255)
ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa > 2:395786/1‑137 (MQ=255)
gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:6463172/137‑1 (MQ=255)
gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 2:10775880/137‑1 (MQ=255)
gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:14810630/137‑1 (MQ=255)
ttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 1:15172876/137‑1 (MQ=255)
tCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGc > 2:16667928/1‑137 (MQ=255)
ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGc < 1:7857471/111‑1 (MQ=255)
tGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 2:7216621/137‑1 (MQ=255)
tGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 1:7148212/137‑1 (MQ=255)
gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTg < 1:9272919/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:7408775/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:6159082/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCACTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 1:10186114/137‑1 (MQ=255)
aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc < 1:5541659/137‑1 (MQ=255)
aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc < 1:725787/137‑1 (MQ=255)
cAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg < 1:8472770/137‑1 (MQ=255)
agttCTTTCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGCGTTGTCGGTGGGCAGTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGTTTGCTTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCTCGCTCCCACAGGTACTGTGCGGTGCGTGACGGCtgt < 2:10690218/134‑1 (MQ=37)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:5765382/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:11029871/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 2:12596360/137‑1 (MQ=255)
ggTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAAAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg > 2:8965025/1‑137 (MQ=255)
gTCTTGCCGGCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:12826845/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 1:3192754/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:502413/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 1:483286/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 1:701204/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGGTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGTTgtgg < 2:7846528/137‑1 (MQ=255)
cTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg < 1:10774004/137‑1 (MQ=255)
cTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggtg < 2:5113920/137‑1 (MQ=255)
ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCCGTGCGTGAAGGCTGTGGTGa > 2:2801566/1‑137 (MQ=255)
ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTATTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACACCCGCCCCCCAAAGGGCCGTGCAGTGGGTGACGGATGTGGTGa > 1:9922648/1‑137 (MQ=255)
cTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 1:6738102/137‑1 (MQ=255)
tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCTCGGGCACACCCACCCCCCCAAGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAACCCGTGGGAGCGGGCGTGc > 1:9794178/1‑137 (MQ=255)
tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAATGTGCAGTGCGTGAAGGATGTGGTGACCATGTGGGGGCGAGCGTgg > 2:32912/1‑136 (MQ=37)
tgtgttgtTGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAAAGGTACTGTGTAATGCGTGGAGTATGTGGTGACACTGTAGGAGCGGGCGTGCCcg > 1:13556086/1‑137 (MQ=37)
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TCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑CT‑CTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTG > AE015451_phaM1/1419399‑1419697
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
