Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F11 I3 R1
|
74 |
850.3 |
37733610 |
99.3% |
37469474 |
136.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
AE015451_phaM1 |
1,419,549 |
+C |
intergenic (‑38/+98) |
PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function) ← / ← PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | AE015451_phaM1 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.8%
| 1870.8
/ 25.7
| 489 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242 CDS (conserved protein of unknown function)/PP_1244 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/11); new base C (122/356); total (122/367) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 504 total aligned reads displayed.
GCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAA > AE015451_phaM1/1419413‑1419677
|
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGTCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 1:8650408/1‑133 (MQ=255)
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct > 2:9287177/1‑133 (MQ=255)
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct < 2:1238306/137‑5 (MQ=255)
ggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGggctg‑g‑cctct < 1:17815595/137‑5 (MQ=255)
cgctGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgt > 1:5153847/4‑136 (MQ=255)
cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 1:7276831/137‑1 (MQ=255)
cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 1:7469999/137‑1 (MQ=255)
cGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc > 1:3662886/1‑137 (MQ=255)
ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc < 1:1385502/137‑1 (MQ=255)
ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAc < 1:15904187/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:1652552/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:3202638/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:10026535/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:15603165/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 1:18048355/137‑1 (MQ=255)
aaCAGCGGGGGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGc < 2:18438325/137‑1 (MQ=255)
cagtgggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCAGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc > 2:12194970/5‑137 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:16728839/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:2022789/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 1:11607221/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:11742435/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:14652520/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGccc < 2:13460696/137‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTGCGCGGGCACGccc < 2:18707286/137‑1 (MQ=255)
aGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCg > 1:8851764/1‑137 (MQ=255)
gCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGc < 1:17115092/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCTACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:16930157/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGATTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:15083511/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:219409/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:16035872/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:1402036/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:4329974/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:13569259/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:6102554/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 1:6465378/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:550658/137‑1 (MQ=255)
ggTGAGTGTTGTTTTCGCCGTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTcc < 2:4843535/137‑1 (MQ=255)
gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 1:9696359/1‑137 (MQ=255)
gTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCACTccc > 1:14730765/1‑137 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCATGTCTTTCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:10473448/137‑1 (MQ=255)
tGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGTGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCca < 2:590636/137‑1 (MQ=255)
gAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGGACGCCCGCTccccc > 1:16491917/1‑135 (MQ=255)
gtgttgtgttCGCCTGGGTAGAAGTAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:11982561/137‑1 (MQ=39)
gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCATGTCTTGCCTACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGGGTTGTCGGTGGGCATGGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGTTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 2:295161/137‑1 (MQ=38)
gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:11401408/137‑1 (MQ=255)
gtgtTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAg < 1:1186579/137‑1 (MQ=255)
gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:10267800/137‑1 (MQ=255)
gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACt < 1:9909588/137‑1 (MQ=255)
cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTg < 1:13246862/137‑1 (MQ=255)
ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc > 2:2340825/1‑137 (MQ=255)
tGGTAGAAGCAGGTCTTGGCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGCGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCCG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 2:14353287/137‑1 (MQ=38)
tGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCGTTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCg < 2:715124/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTTTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:11404757/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:795002/137‑1 (MQ=255)
tAGAAGAAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGa < 2:14971277/137‑1 (MQ=255)
aGAAGCAGGTCTTGCCTACTTTGGTGGGTTTTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc < 2:11167936/137‑1 (MQ=38)
aGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTCCTGTGAAATGTGTGaa > 2:6207922/1‑136 (MQ=38)
aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 2:345367/137‑1 (MQ=255)
aaGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACgg < 1:10704331/137‑1 (MQ=255)
gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCt < 1:2547479/137‑1 (MQ=255)
cAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtg < 2:14483086/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:12554666/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:17527011/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGG‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:2972173/137‑1 (MQ=255)
aGGTCTTGCCGACTGTGGGGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgt < 1:12199694/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTTGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:4684842/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:10874869/137‑1 (MQ=255)
gTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:17092089/137‑1 (MQ=255)
tCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 2:8947408/137‑1 (MQ=255)
ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGACCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAAGGATGTGGTGa > 1:8212874/1‑137 (MQ=39)
ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACACCCGCTCCCCCCGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGa > 2:6908947/1‑137 (MQ=255)
ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGAACGCCCGACCCCAAAGGTCCCGTGTAGTGTGTGAAGGATGTGGTGa > 1:4106932/1‑137 (MQ=255)
ccGATTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTTTCTGGATTTTGGGTTGCCTGGGTTG‑GCC‑TTTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGTGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:17181549/137‑1 (MQ=37)
ccGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc < 2:13759660/137‑1 (MQ=39)
ccGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:18010619/137‑1 (MQ=255)
ccGACTGTGGTGGGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAccc < 2:1526468/137‑1 (MQ=255)
ggtggGTTCTGT‑‑TGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCCCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAATGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 2:6555780/1‑137 (MQ=255)
gt‑‑tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGGACGACCACTCCCACAAATACTGTGCCATGCCTTGCAACTGTGGTGACCCCATGGGAGCGGGGGTGcc > 1:6292103/1‑137 (MQ=255)
tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGTGTGAAGGCTGTGGTGACCCTGTGGGGGCGGGCGTGcccc > 1:15605350/1‑136 (MQ=37)
tgtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCAACGGTACTGTGCAGTGCGTGAAGGCTGTGGTGCACCCGTGGGAGCAGGCATGCCcg > 1:18272925/1‑137 (MQ=37)
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G‑C‑C‑TCTTCGG‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGTGCAGTGCGTGNCGGCTGTGGTAACCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTG < LH00941:114:22FVMWLT1:2:2217:27894:16228/151‑1 (MQ=60)
tcC‑TCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGGGCAGTGCGTGACGGTTGTGGTGACCTGGTGGGAGCGGGCGTCCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTG < LH00941:114:22FVMWLT1:2:2214:14646:11088/149‑1 (MQ=60)
|
TCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTT‑‑‑‑GGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCT‑G‑G‑C‑TCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGT‑ACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTG > AE015451_phaM1/1419399‑1419697
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
