Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F84 I10 R1
|
267 |
426.1 |
13521957 |
97.0% |
13116298 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,111,259 |
Δ1 bp |
coding (718/900 nt) |
rfbD ← |
dTDP‑L‑rhamnose synthase, NAD(P)‑dependent dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,111,256 | 0 | G | . | 96.5%
| 1917.7
/ 70.8
| 436 | coding (721/900 nt) | rfbD | dTDP‑L‑rhamnose synthase, NAD(P)‑dependent dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base . (197/220); total (204/232) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 |
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
GAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCC > NC_000913/2111107‑2111401
|
gAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAg < 5:50244/150‑1 (MQ=255)
gCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAggga < 2:1124580/151‑2 (MQ=255)
aTTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGCCGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAgggaat > 7:1407166/1‑148 (MQ=255)
aTTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAgggaat > 7:1144760/1‑148 (MQ=255)
cGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGcc > 3:676608/1‑151 (MQ=255)
gTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCTCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCt < 5:1196555/151‑1 (MQ=255)
gTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCt > 4:978108/1‑151 (MQ=255)
ttCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTg < 2:1262080/150‑1 (MQ=255)
tCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGc < 7:911763/150‑1 (MQ=255)
cGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTg > 2:901264/1‑151 (MQ=255)
ccAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcg < 7:441707/151‑1 (MQ=255)
ccAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTATTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGAACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcg > 2:193459/1‑151 (MQ=255)
cAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcgc > 2:1007088/1‑151 (MQ=255)
aCCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcgcgc < 5:1685743/151‑1 (MQ=255)
ccTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGcc > 7:744572/1‑151 (MQ=255)
tGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCctc > 4:120149/1‑151 (MQ=255)
gCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCctct < 4:331109/151‑1 (MQ=255)
ccAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGCGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCtt < 6:1640490/151‑1 (MQ=255)
cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCtt < 7:154244/151‑1 (MQ=255)
cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTc > 1:1646594/1‑151 (MQ=255)
cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTc > 1:1250339/1‑151 (MQ=255)
gTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaa < 2:1201071/151‑1 (MQ=255)
gTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaa < 3:318736/151‑1 (MQ=255)
cAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaaa < 1:652861/150‑1 (MQ=255)
gCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTTGGATATGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTAGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAAcc > 6:860864/1‑151 (MQ=255)
aaGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAAcc > 6:493334/1‑149 (MQ=255)
aGACAAGATCATAGTTCTTGTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACTAGGTGCTGTTGTAGGATAGGCTTTTGTTGTTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCTA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGGCTGTTCAAATACCAgc < 4:1674307/151‑1 (MQ=255)
cAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAgcgc > 1:947714/1‑150 (MQ=255)
cAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCgca < 1:1009906/151‑1 (MQ=255)
gcAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCAt > 3:98942/1‑150 (MQ=255)
cAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATa > 4:1300134/1‑150 (MQ=255)
aGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCg < 6:31406/151‑1 (MQ=255)
gTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGt < 4:877011/151‑1 (MQ=255)
ttCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGt > 1:69739/1‑150 (MQ=255)
tCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTa > 6:1674007/1‑150 (MQ=255)
ctgctgAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTAcc > 7:252710/1‑151 (MQ=255)
tgAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGt > 3:167165/1‑151 (MQ=255)
aaaTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTtg < 1:1083439/151‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTAGCAGGTtgt > 6:1086999/1‑151 (MQ=255)
aTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTtgtg < 3:1509253/151‑1 (MQ=255)
tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTa < 5:1124937/150‑1 (MQ=255)
tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAcc > 2:1590240/1‑151 (MQ=255)
tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAcc > 6:701485/1‑151 (MQ=255)
tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAcc > 4:695284/1‑151 (MQ=255)
tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAc < 5:1588627/150‑1 (MQ=255)
tGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCAc > 8:1035049/1‑151 (MQ=255)
aTTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTgg < 3:1091663/151‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTgc > 1:1335224/1‑150 (MQ=255)
aTTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTg < 3:191700/150‑1 (MQ=255)
tAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAACACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt > 1:1479261/1‑151 (MQ=255)
tAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt > 8:1380822/1‑151 (MQ=255)
tAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt > 7:1210014/1‑151 (MQ=255)
aaGTCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt < 2:375906/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt > 2:688808/1‑150 (MQ=255)
aGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTAc < 5:1464470/151‑1 (MQ=255)
cGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCa > 4:1477575/1‑150 (MQ=255)
gagaGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCaa > 3:1377958/1‑150 (MQ=255)
gagaGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCaa > 2:976121/1‑150 (MQ=255)
agagTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAAt > 7:172322/1‑151 (MQ=255)
gagTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATg < 2:283319/151‑1 (MQ=255)
tATGTGGACGACGAGCTTGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTa < 3:945797/150‑1 (MQ=255)
tgGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACCGGCTACCAAATGGTACAAGc > 6:780718/1‑151 (MQ=255)
ggACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGcc < 6:155933/151‑1 (MQ=255)
ccgacgaGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTg < 8:1304775/150‑1 (MQ=255)
cgacgaGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGc > 6:1341180/1‑151 (MQ=255)
gaGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGAc > 2:1412646/1‑150 (MQ=255)
gaGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGAc > 7:775394/1‑150 (MQ=255)
gaGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACa < 6:150463/151‑1 (MQ=255)
gCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGATTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGAGACTCTTCAAAAACCAGAGAAGCATAATCGTACCAGTTTGTTGTAACACTCGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATc > 1:482773/1‑151 (MQ=255)
cTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATcc > 8:1671575/1‑151 (MQ=255)
ggTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATcc < 3:581795/149‑1 (MQ=255)
gtgtAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGt < 1:40112/151‑1 (MQ=255)
tgtAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGtt > 3:815737/1‑151 (MQ=255)
tAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGttt > 7:1059108/1‑150 (MQ=255)
aGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTAt > 5:1548717/1‑151 (MQ=255)
ggATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTAtt < 8:70134/151‑1 (MQ=255)
gATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTc > 6:61697/1‑151 (MQ=255)
ggCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAAACAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTTGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTg < 5:834490/151‑1 (MQ=255)
gCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGc < 6:1406236/151‑1 (MQ=255)
cTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCg > 1:338759/1‑151 (MQ=255)
gttgttGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGac < 5:416889/151‑1 (MQ=255)
gttgGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACg < 8:357390/151‑1 (MQ=255)
gttgGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACg < 7:827103/151‑1 (MQ=255)
ggTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTATTCAAAATCCAGCGCAGCATAATATTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGTTTTATTCAGTGCGACACGAAt < 4:1413802/151‑1 (MQ=255)
gTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATg < 4:75188/151‑1 (MQ=255)
tACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATgg > 5:70174/1‑151 (MQ=255)
tACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATgg > 3:418417/1‑151 (MQ=255)
aCTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATgg < 6:1175134/150‑1 (MQ=255)
aCTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATgg < 3:1311479/150‑1 (MQ=255)
aCTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGc > 8:546039/1‑151 (MQ=255)
gCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCAt < 8:1106201/150‑1 (MQ=255)
ttGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGc > 8:149492/1‑151 (MQ=255)
tgttgAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACa > 5:1229371/1‑150 (MQ=255)
gttgAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACaa < 6:898383/150‑1 (MQ=255)
gttgAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAAt < 3:1050124/151‑1 (MQ=255)
gAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATca < 8:1241426/150‑1 (MQ=255)
gAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATc > 2:428496/1‑149 (MQ=255)
aGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCTCCTCTTCAAAAACCAGCGCATCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATcagc < 4:435207/151‑1 (MQ=255)
aGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATcagc > 5:1382798/1‑151 (MQ=255)
tGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATcagcc > 5:94864/1‑150 (MQ=255)
|
GAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCC > NC_000913/2111107‑2111401
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
