Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F84 I10 R1
|
267 |
426.1 |
13521957 |
97.0% |
13116298 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,185,777 |
C→T |
S143F (TCC→TTC) |
rpoC → |
RNA polymerase, beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,185,777 | 0 | C | T | 96.0%
| 1408.0
/ 29.3
| 426 | S143F (TCC→TTC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/6); new base T (205/204); total (216/210) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
CAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGCAT > NC_000913/4185629‑4185924
|
cAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCt < 7:1088853/151‑1 (MQ=255)
aGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGGCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTa < 8:613173/151‑1 (MQ=255)
gACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAt < 6:1008867/151‑1 (MQ=255)
gACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAt > 8:1069864/1‑151 (MQ=255)
tAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAtgtg > 6:1439338/1‑151 (MQ=255)
aaaGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAtgtg < 2:966944/150‑1 (MQ=255)
aaaGTAAGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCCAAAGCGTACTGTACTTTGAATTCTATCTgg > 2:570359/1‑151 (MQ=255)
aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt < 7:269172/151‑1 (MQ=255)
aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt < 7:1150555/151‑1 (MQ=255)
aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt > 4:391690/1‑151 (MQ=255)
gTACGCCGTGTGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGGTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTa < 5:385959/151‑1 (MQ=255)
gTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCGCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGGCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTa < 1:1453160/151‑1 (MQ=255)
aCGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTAt < 4:468199/150‑1 (MQ=255)
gCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCg > 7:1403265/1‑150 (MQ=255)
gCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGa < 3:895365/151‑1 (MQ=255)
cGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGa > 6:446328/1‑149 (MQ=255)
cGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAg < 5:688558/151‑1 (MQ=255)
gTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCTGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAgg < 1:445237/151‑1 (MQ=255)
gAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGc < 1:1591881/150‑1 (MQ=255)
aGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCgg < 4:1230688/151‑1 (MQ=255)
aGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCgg > 6:1231175/1‑151 (MQ=255)
gTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTAt > 5:634225/1‑151 (MQ=255)
tATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATg > 5:1615996/1‑151 (MQ=255)
aTGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATg < 1:48767/150‑1 (MQ=255)
tGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGAc > 1:1175775/1‑151 (MQ=255)
gggCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGAc < 8:311598/150‑1 (MQ=255)
gCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCaa < 7:395992/151‑1 (MQ=255)
cacaTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAAcc < 8:482451/151‑1 (MQ=255)
acaTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCt < 1:1663452/151‑1 (MQ=255)
caTCGAACTGGCTTCCCCTACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCtt < 4:1318706/151‑2 (MQ=255)
aTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTgg > 2:255193/1‑151 (MQ=255)
cGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGaa < 2:1605459/151‑1 (MQ=255)
gAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAAc < 7:714741/151‑1 (MQ=255)
gAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAAc < 7:1575059/151‑1 (MQ=255)
tGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTCTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTc > 3:412900/1‑150 (MQ=255)
ggCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcag < 5:1011748/151‑1 (MQ=255)
ggCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTc > 7:1053191/1‑149 (MQ=255)
ttCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcagc > 8:810955/1‑149 (MQ=255)
gtCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcagcag < 7:892293/150‑1 (MQ=255)
aCTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctga < 4:1418004/151‑1 (MQ=255)
tGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctgact > 5:291136/1‑151 (MQ=255)
cacaTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctgactga > 1:304713/1‑149 (MQ=255)
acaTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAaga < 7:489953/151‑1 (MQ=255)
caTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAagag < 6:895226/151‑1 (MQ=255)
caTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAagag < 4:1076874/151‑1 (MQ=255)
caTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAag > 4:1535891/1‑149 (MQ=255)
aTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGc > 6:666321/1‑151 (MQ=255)
tGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGt > 7:1330877/1‑151 (MQ=255)
ggTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGt > 1:703476/1‑150 (MQ=255)
ggTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTa < 4:878004/151‑1 (MQ=255)
ttCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTAt > 3:1211540/1‑150 (MQ=255)
tCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCt > 3:1476494/1‑151 (MQ=255)
ccTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTg < 3:638213/151‑1 (MQ=255)
tCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACgcgc > 8:1549686/1‑151 (MQ=255)
ggCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGa < 1:576099/150‑1 (MQ=255)
ggCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGa < 3:80413/150‑1 (MQ=255)
gCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTgg < 3:1609745/149‑1 (MQ=255)
ccGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGa > 8:175152/1‑149 (MQ=255)
ccGTATCGGTCTGATGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACTAGTACTGTAATTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGAGGTATGACAAACCAGGAACTTCAGCAGAACCTGAGTGAAGAGAAGTATCTTGAAGCGCTGGAagagat > 1:1381953/1‑148 (MQ=255)
tATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGt > 3:302305/1‑151 (MQ=255)
cGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTgcg > 5:786547/1‑149 (MQ=255)
ggTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACg < 2:1225921/151‑1 (MQ=255)
ggTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACg < 2:1098807/151‑1 (MQ=255)
ggTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACg > 8:1192447/1‑151 (MQ=255)
gTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACg > 3:366542/1‑150 (MQ=255)
tgctgcTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAAtt > 2:809268/1‑151 (MQ=255)
tgctCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCgc > 3:677778/1‑150 (MQ=255)
tgctCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTCAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATCACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGAGTGAAGAGAAGTATCAGGAAGCGATGGAAGAGTTCGGTCACGAAttagc > 8:1334798/1‑148 (MQ=255)
gctCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGAc < 2:367977/151‑1 (MQ=255)
gctCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGAc < 8:1264287/151‑1 (MQ=255)
tCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGAcgc > 2:61158/1‑151 (MQ=255)
tCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGAcgc > 4:117074/1‑151 (MQ=255)
gATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGAcgcg > 5:1118565/1‑150 (MQ=255)
atatGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGaa < 6:1587961/151‑1 (MQ=255)
atatGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGaa < 3:1066486/151‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGAt < 5:533413/150‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATg > 6:299492/1‑151 (MQ=255)
gCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATg < 2:896423/151‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCGCGATATCGAACACGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATg > 8:684067/1‑151 (MQ=255)
ccGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgg > 1:1084839/1‑151 (MQ=255)
gCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgggg < 1:845696/151‑1 (MQ=255)
gCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgggg < 8:266077/151‑1 (MQ=255)
gtgcgATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGTGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATggggg < 2:1553747/147‑1 (MQ=255)
gcgcGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATggggg < 4:716060/149‑1 (MQ=255)
gATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGa > 2:179242/1‑149 (MQ=255)
atatCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGc > 5:1375770/1‑151 (MQ=255)
gAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 6:1325963/1‑151 (MQ=255)
gAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 3:1261911/1‑151 (MQ=255)
aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 7:1202988/1‑150 (MQ=255)
aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCa < 7:780310/151‑1 (MQ=255)
aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCGGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCa < 1:961895/151‑1 (MQ=255)
aCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 7:583845/1‑149 (MQ=255)
aCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAg < 6:978505/151‑1 (MQ=255)
cgTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGct > 2:1430664/1‑151 (MQ=255)
actgtactTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTctg > 1:1247944/1‑151 (MQ=255)
actgtactTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTctg > 4:192674/1‑151 (MQ=255)
actgtactTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTctg > 7:187130/1‑151 (MQ=255)
actTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGaa < 4:271240/151‑1 (MQ=255)
tGAATTCTATGTGGTTATGGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGAAGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAagag < 7:37374/150‑1 (MQ=255)
tGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGc > 2:767594/1‑151 (MQ=255)
|
CAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGCAT > NC_000913/4185629‑4185924
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
