Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F84 I10 R1
|
267 |
426.1 |
13521957 |
97.0% |
13116298 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,380,469 |
C→T |
E17K (GAA→AAA) |
frdB ← |
fumarate reductase (anaerobic), Fe‑S subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,380,469 | 0 | C | T | 96.0%
| 1318.4
/ 29.0
| 401 | E17K (GAA→AAA) | frdB | fumarate reductase (anaerobic), Fe‑S subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/6); new base T (166/217); total (178/223) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
CGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGT > NC_000913/4380319‑4380616
|
cAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCg < 7:603501/151‑1 (MQ=255)
cAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCg > 4:853029/1‑151 (MQ=255)
aGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCgg > 5:759146/1‑151 (MQ=255)
aGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCgg < 7:1241541/151‑1 (MQ=255)
aaCCAGAAATCGCCATACGGGAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGtt < 2:1479516/151‑1 (MQ=255)
acaAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAg < 7:26132/151‑1 (MQ=255)
acaAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAg < 1:23998/151‑1 (MQ=255)
aaaTCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAgcg < 3:1414359/151‑1 (MQ=255)
aaTCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAgcgc > 1:514248/1‑151 (MQ=255)
cGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGcac < 5:1417345/150‑1 (MQ=255)
aTACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCt > 2:907202/1‑151 (MQ=255)
tACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTc > 3:175824/1‑151 (MQ=255)
aCGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTc < 1:1261224/150‑1 (MQ=255)
aCGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCa < 1:1002970/151‑1 (MQ=255)
ggCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAAt > 6:856058/1‑151 (MQ=255)
cAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAAttt < 4:604249/151‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGTAGCGCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAg < 6:488558/151‑1 (MQ=255)
ccAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAgg > 1:349651/1‑151 (MQ=255)
cAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGt > 3:1515525/1‑151 (MQ=255)
cAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGt < 7:1645761/151‑1 (MQ=255)
aGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTGGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGtt < 5:193000/151‑1 (MQ=255)
ggTAGCTCTGGTGCTGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCTCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAATGCACTTCATAGAATGCTCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCTGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGttttt < 8:1186563/151‑1 (MQ=255)
ggTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGttttt > 3:287766/1‑151 (MQ=255)
gTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGTCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTc < 3:1312990/151‑1 (MQ=255)
aGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCAt < 6:738509/151‑1 (MQ=255)
tCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGGACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCAtctc > 6:1656401/1‑151 (MQ=255)
cAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGCCTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCAtctc > 1:442791/1‑150 (MQ=255)
cAGGGCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCAtctc < 2:1550296/150‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTc < 8:1467198/151‑1 (MQ=255)
gTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCg < 5:570809/151‑1 (MQ=255)
gCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGcc < 6:991337/151‑1 (MQ=255)
ccAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGcct < 3:995231/151‑1 (MQ=255)
cAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATGTCAGCCATTCGcctt > 1:1533536/1‑151 (MQ=255)
cAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGcctt < 5:500427/151‑1 (MQ=255)
ggTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttct < 2:136650/151‑1 (MQ=255)
ggTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttct < 5:937169/151‑1 (MQ=255)
ggTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttct > 6:147149/1‑151 (MQ=255)
gTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttctc > 8:1095356/1‑151 (MQ=255)
gTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGCGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttctc > 6:1516423/1‑151 (MQ=255)
cTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttctccttct > 1:1631316/1‑151 (MQ=255)
cTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttctccttct > 8:267062/1‑151 (MQ=255)
ttGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGccttctccttct < 4:486683/149‑1 (MQ=255)
ttGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCcttctt < 6:649590/150‑1 (MQ=255)
tGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTa < 2:497169/150‑1 (MQ=255)
gATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTAtt > 4:1322584/1‑151 (MQ=255)
gATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTAtt < 6:359691/151‑1 (MQ=255)
aTGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTg < 7:1139517/151‑1 (MQ=255)
gTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTgg < 4:1678036/150‑1 (MQ=255)
gTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTgg < 5:1012878/150‑1 (MQ=255)
aGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGgctg < 8:1343947/151‑1 (MQ=255)
aGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGgct < 6:264125/150‑1 (MQ=255)
aGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGgct < 7:96820/150‑1 (MQ=255)
aGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCAGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGgctg < 1:670715/151‑1 (MQ=255)
cAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTc > 8:1536070/1‑151 (MQ=255)
aGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTcc > 2:111178/1‑151 (MQ=255)
gagcATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCg < 5:1074746/149‑1 (MQ=255)
cgcATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGc > 5:304876/1‑151 (MQ=255)
cgcATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGc < 5:1361510/151‑1 (MQ=255)
cgcATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGc > 1:638505/1‑151 (MQ=255)
ccAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTa < 8:1661082/150‑1 (MQ=255)
ccAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTa < 3:1021902/150‑1 (MQ=255)
cAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATc < 5:850271/151‑1 (MQ=255)
aGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCg < 5:369574/151‑1 (MQ=255)
gtggTAGGTGCGTAATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGCTCTTAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTAATGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGc < 2:768585/148‑1 (MQ=255)
gAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGc < 5:1569780/150‑1 (MQ=255)
aGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCAt > 2:274694/1‑151 (MQ=255)
gTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATcc < 5:624664/151‑1 (MQ=255)
gTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATcc < 6:1237808/151‑1 (MQ=255)
aGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGc > 4:701277/1‑151 (MQ=255)
gTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCt < 8:666579/151‑1 (MQ=255)
gCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTc < 1:1418579/150‑1 (MQ=255)
aTAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCACACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCAcc > 3:806261/1‑151 (MQ=255)
aaGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCg < 2:371543/150‑1 (MQ=255)
aaGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGt < 1:874639/151‑1 (MQ=255)
cACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAAc < 3:463231/151‑1 (MQ=255)
cACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAAc > 2:814898/1‑151 (MQ=255)
aCTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAAcg > 8:558007/1‑151 (MQ=255)
tCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGt > 6:1441152/1‑151 (MQ=255)
cATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGt < 5:453358/150‑1 (MQ=255)
cATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGt < 2:1650397/150‑1 (MQ=255)
aTAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGttt < 3:957437/151‑1 (MQ=255)
tAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTAACGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGttt > 4:141972/1‑150 (MQ=255)
aGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAg < 7:494869/151‑1 (MQ=255)
gAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGc < 3:647262/151‑1 (MQ=255)
aaTGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCt < 7:1439725/151‑1 (MQ=255)
aTGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTg < 4:318249/151‑1 (MQ=255)
cgcTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGGCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcg < 6:229309/151‑1 (MQ=255)
cgcTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcg > 4:1216943/1‑151 (MQ=255)
cgcTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcg > 4:1550470/1‑151 (MQ=255)
tATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 2:634148/1‑150 (MQ=255)
tATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 3:1133258/1‑150 (MQ=255)
aTGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 7:670919/1‑149 (MQ=255)
gcggtgcggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCg < 5:12404/151‑1 (MQ=255)
cggtgcggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCgt < 1:1077116/151‑1 (MQ=255)
ggtgcggtAGCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCgta < 1:548729/151‑1 (MQ=255)
cggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCGCCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTaa < 6:1166788/151‑1 (MQ=255)
ggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAAt > 2:1237607/1‑151 (MQ=255)
ggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTCGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTCGCGGCAGCGTAGTAAt > 6:1058726/1‑151 (MQ=255)
tATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGc < 7:369474/131‑1 (MQ=255)
aTCGACTTTCTGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCt < 7:136562/150‑1 (MQ=255)
|
CGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGT > NC_000913/4380319‑4380616
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
