Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
42 |
117.4 |
2145065 |
96.9% |
2078567 |
261.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,292,123 |
A→G |
10.0% |
I205V (ATC→GTC) |
nrfE → |
heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,292,123 | 0 | A | G | 10.0%
| 373.3
/ 3.1
| 153 | I205V (ATC→GTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (54/74); new base G (11/6); total (70/83) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CATGCTCGCCGCACTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGTCGCTGTTGCTGGCGATAGTTACTCTGATGCTGTCGCTGCTGGGCACCTTAATTGTCCGTTCTGGCATTCTGGTTTCGGTTCATGCGTTCGCGCTGGATAACGTCCGCGCCG > NC_000913/4291852‑4292393
|
cTCGCCGCACTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCACTTCGTGCGGATATTTCAACCAGCAATCGAAGGACGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTAATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGGGGCGAGCGTGGCGCTGGGGAGTCTACTGAGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCGGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGGGCATTAAGGGCGGGGATCATCCt > 1:625650/1‑275 (MQ=255)
actgccgtAGTGCTACTCTTGTGGGTGCTGGTGGCCTATCGCTGCGTGCGGATTTGTCCACCAGGAATCGAAGTCCGCGATCTCAACCGTATGCTGCAACATCCCGGTCGTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTGGAGGGTAGCGGCGATCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGGGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTGCCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCt < 2:218653/272‑1 (MQ=255)
cggcACTCCTACTGTGTGGGTGGCAGTGGTCCGATCACTGCGTCCGGATAATTCCACCAGCAATCGAGGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTTCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGCGCGTGGCGCTGGCGAGTCTTCTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCGGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGt < 2:293375/273‑1 (MQ=255)
tgtcatggtcccgcttgagtgtccgtgGGCCGTCCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCTGCAACCTAAGTCCCCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCTTTCACCGCTGCTGTACCTTGTCTATGGCGGTTTGAGGGTAGCGGCGAGCGTTGCGCTTGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGtt < 2:837359/251‑1 (MQ=255)
aCTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGTTGGAGTGCATTAACGGCGGGGGTCATCCTCGGTTCCt > 1:36305/1‑275 (MQ=255)
tGTTTGTGTTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTGATCTTTCATCCCCCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGcc < 1:658947/275‑1 (MQ=255)
tGTTTGTGGGTCTGTTGTTCGGGCCCTTCGTGCGAGTATTTCCACCAGCACTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGAGGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTTATGGGAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGGGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGcc < 1:1033455/275‑1 (MQ=255)
tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGCTGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGCGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTCGTGGCGCTGGGCCTTCCCGTGTCGGTGTGCCTTAACGCCGGGGACTCCCCTCGGTTCCTGTCGGGccccct > 2:553701/1‑271 (MQ=255)
tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGCGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTACCGGCGGGGAGCATTCGCGGTTCCGGGTGGGCCTACt > 1:458901/1‑275 (MQ=255)
tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTTACGGCGGGGCGCACGCTCGGTTCCTGGGGGGCCTTCt > 2:518489/1‑275 (MQ=255)
tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTTCTGGGGGGCCTACt > 1:822639/1‑275 (MQ=255)
tgtgGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCCCTGGCGAGTCTACTGCCCGGAGAGTTTGATGGTGCCGGCGCCCGAATTTGCTGGCGCCGGGCGTTCCCTGGCTGGCGTGCCTTCACGGCGGGGACCCCCCACCGTCCCGGGTGGGCCCAcc > 2:23641/1‑274 (MQ=255)
ggtgCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGACCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGGGTGATTTACCGGCGGGGGACATCCTTGGTTACTTGTTGGccgtgtcc > 1:837360/1‑268 (MQ=255)
tgtgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTTCTGGTGGGCCTACTGCGA‑Accc > 1:950983/1‑273 (MQ=255)
tgtgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGATGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCTTACCTGGTACCGGGTCGGCCTACttggaattc > 1:779672/1‑267 (MQ=255)
tgtgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCAGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACTGCGGGGCGCCACCGCGGTTCCTGGGGGGCCTACTGCGA‑Accc > 2:863094/1‑273 (MQ=255)
tgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTCCCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGACCATCTCCGGGTCCCGGTGGGCCTaacggccactcgg > 2:783643/1‑263 (MQ=255)
tgGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTGCTGCGA‑ACTCgg > 1:376334/1‑275 (MQ=255)
gggTCCGATCCCTTCGGGCGGAGATTTCCACCAGGAATGGAAGGCCTCGACCTCAATCCGATGCTGCAGCATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTGGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCgg < 1:492193/274‑1 (MQ=255)
gTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCCACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGGGTCTGCTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGGGCCCGCATTTTCTGGCCCTGGGCGTTCCCTGGCTGGACTGCATTAACGGCGGGGGTCATCTCCCGTTCCCCGTGGGCCCATTCCGA‑ACCGGGCt > 2:639483/1‑275 (MQ=255)
gTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTCTGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCTGCGATGTTGATGGTGACTGCGCCCCAATTTGCGGCCCCTGGGCGTTACCGTGCTGGTGTGCCTTAGCGGCGGGCAATCTCCCCTGTTCCCGGTGGTGCTACAGCGA‑CCCCGGcg > 2:855870/1‑274 (MQ=255)
ttCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATACCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTTCATTAACGGCTGGGCTCATCCTTGGGTCCTGGTTGGCCCAGCGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCt > 1:493665/1‑274 (MQ=255)
tctggCGGTTATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGTGGCGGGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCt‑gg < 1:1027441/271‑1 (MQ=255)
tCGTGCGGCTATTTCCACCAGCAATCAAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCCTCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCt‑gg < 1:843865/275‑1 (MQ=255)
gCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAGTTTGCTGGCGCTGGCGGTTACCTGGCTGGAGTGCATTACCGGCGGGGGACAATCTCGGTGCCTGGGGGGCCGACTGCCACACT‑GGCTGGGGGGGCc‑ggtggg > 2:685348/1‑274 (MQ=255)
tCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGGTCCTGGGGGGCCTCCTGCGA‑ACTGGGCGGGGGGGGCG‑GGTGGGTCTggggt > 2:317911/1‑272 (MQ=255)
accaccgGCAATCGAAGGCCGCGATCCTGATCCGATGGTGCAATATGCCGGTGTTAGCTTGCATCCACCGGTGCTTGAGCTTGGCGATGGCGGTTTGGTGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGGGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCGCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATc < 2:610841/274‑1 (MQ=255)
aaTCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGCATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGCTCATACTCGGTTTCTGGTGGGCCTACTGCGC‑AATCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGGTCCGGTGGaaa > 1:506815/1‑275 (MQ=255)
cgcGAATGCCGCGATCTGCATCCGATGCTACCAGAGCCCGGGCTTATCTGTCGTCGCCCGCTGGTTTACGTTGGCTATGGCTGTTGGATGGTAGCGGGGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTGCTGGGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTGGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGaaaa < 2:817631/273‑1 (MQ=255)
gaggcccgctgtctcAGTGCGGTGCTGCAACAGCCCGGTCTTATCTTGCCTCCGCCGCTGCTTTACCTTGTCTGGGTCGGTTGGATGGTGGCGGCGGGCGTGGCGCTGGGGGGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGTTGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCGGGCGCTTGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCAGCCTCTGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc < 2:16868/264‑1 (MQ=255)
gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc < 1:992419/275‑1 (MQ=255)
gAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCGATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGc < 1:783643/275‑1 (MQ=255)
aGGCCGCGTTTGCAATCCCATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGGTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGGTGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCct < 2:376334/275‑1 (MQ=255)
ccGCGGTCTCGATCCGATGCT‑‑AAGATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACTTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGTGCGTGGCGCTGGCGGGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGGATTTGCGGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTtta < 1:451512/275‑1 (MQ=255)
ccGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCCTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTTGGCCTACTGCGA‑AATCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCtt > 1:384751/1‑275 (MQ=255)
cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCCCCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTAccc < 1:23641/274‑1 (MQ=255)
cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑CCTCGGGCGGGGCGGCTGGGTGGTT‑TGTGGTCCGGTGGCAAACGCGCCTTTATTAc > 1:688461/1‑272 (MQ=255)
cAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCt < 1:1063810/275‑1 (MQ=255)
cggtgctgcACCATCCCGGTCTTATCCTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGGTGGATGGTGGCGGCGGGGTTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCtt < 2:250791/272‑1 (MQ=255)
aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGGGGGCCTACTGCGA‑ACCCGGCTGGGGCTGCT‑GGTGGTTCTGGGGTCCGGGGGGCAACGCCCCCTTTTTACCCttgacttt > 2:967818/1‑268 (MQ=255)
aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCACCCCCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGAGGCC‑GGTGGTTCTGGGATCCGGGGGCAAACGCCTCTTTCTTACCCTGGCttt > 1:493983/1‑274 (MQ=255)
aTGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCAACCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTTCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGGGGGTCTGGGATCCGGGGGAAAACGCCTCTTTATTTACCTgggctt > 1:404653/1‑270 (MQ=255)
tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGGTCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGGTCTGGGATCCGGTGGAAAAAGCCCGCTTATTTACCTGGCttttt > 1:390726/1‑273 (MQ=255)
tgcAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGcc < 2:494644/197‑1 (MQ=255)
tgcAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGAACATCCTCGGTTCCTGGTTGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCGGGGATCCGGTTGAAAACGCCCCCTTATTACCCTGGGTTTCTga > 1:539530/1‑273 (MQ=255)
tgcAACAGCCCGGTTTTATCTTTCATCCTCCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGc < 1:175051/274‑1 (MQ=255)
cAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCCCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGC‑ACTCCGCTGGGGCGGCC‑GGTGGGTGCGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTTCCa > 2:1059722/1‑274 (MQ=255)
aCATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGGTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTg < 2:1011700/275‑1 (MQ=255)
cccGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCTGGGGTCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACCGCGA‑ACTCCGCCGGGGCCGGT‑GGTGGTTTCTGGATCCGGGTGGAAACGCCGCCTTCTTTCCCCTGCTTTcgtgccccgccgc > 2:194494/1‑263 (MQ=255)
cGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATTCTCGGTTCCTAGGGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCG‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGATAACGTCTCTTTATTTCCCTGGCCTTATgtcccctgcctg > 1:920497/1‑263 (MQ=255)
cGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCgctg > 1:716536/1‑274 (MQ=255)
aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGCGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTCATGCGG‑ACTCGGCGGGGGGCGCG‑GGGGGTTCGGGGATCCGGTCGGAAACGGCCCTTTATTACCCTGGCTTTCttgctccgcccgtctgccca > 2:523233/1‑255 (MQ=255)
aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGCTCGGCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACCGCGA‑CCTCGGCGGGGGCGGCG‑GGTGGTTCTGGGGTCCGGGGGAAACCGCATCTTTTTTACCCCGGATTTCTGCCCCGGCGCTGCGGcaca > 2:517416/1‑274 (MQ=255)
tCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGt < 1:1059723/275‑1 (MQ=255)
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tctTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCct < 1:1010497/217‑1 (MQ=255)
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cGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGGT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCCCTTTATTACCCTGGCTTTTTGCCACTGCGCTGTCGCACAGTTTGTCCCTGCCCCGCCCGCGGGGGATTTTTTGCCCCTGGTCGCTGTTCTTGGCg > 1:483721/1‑274 (MQ=255)
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tCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGGGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTTCCACTGCGCTGCTGCACCGTTTGTCCCTTACAAGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCAATGGTCGCTGTTGGTGGCGGTTGTTACTCTGAtt > 1:161937/1‑273 (MQ=255)
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|
CATGCTCGCCGCACTGCTACTGTTTGTGGTGCTGTGGTCCGATCCCTTCGTGCGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAGTCTACTGCGCGGCGAGTTTGATGGTGCCTGCGCCCGAATTTGCTGGCGCTGGGCGTTACCTGGCTGGAGTGCATTAACGGCGGGGATCATCCTCGGTTCCTGGTGGGCCTACTGCGA‑ACTCGGCTGGGGCGGCT‑GGTGGTTCTGGGATCCGGTGGAAAACGCCTCTTTATTACCCTGGCTTTCTGCCACTGCGCTGCTGCACAGTTTGTCCCTGACACGCCAGCGGGGGATTTTTTGCCACTGGTCGCTGTTGCTGGCGATAGTTACTCTGATGCTGTCGCTGCTGGGCACCTTAATTGTCCGTTCTGGCATTCTGGTTTCGGTTCATGCGTTCGCGCTGGATAACGTCCGCGCCG > NC_000913/4291852‑4292393
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
