Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F18 I0 R1
|
274 |
115.5 |
2655328 |
86.7% |
2302169 |
226.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,699 |
T→G |
18.6% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 18.6%
| 242.2
/ 5.8
| 112 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/61); new base G (23/3); total (48/64) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.42e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCA > NC_000913/4295477‑4295934
|
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGCAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGGATCCTCGCCATGGCCCGGACTGTGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGGGGGG‑GGGGG‑GG‑TTGCCAAGggggga > 1:1201021/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CCGGG‑GA‑TTGCCCAGggggg > 2:86933/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTgggg > 2:453865/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGGAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GA‑GTGCCCAGggggg > 2:1232552/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTGATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGGACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATACCGTGGGGGGG‑CGTGG‑GA‑TTTGCAAGTgggga > 2:733083/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGACAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGACTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGG‑GC‑TTGCCCAGGGGGaa > 2:101786/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCCGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGGGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTCGT‑GA‑TTGCCAAGCgggga > 1:708556/1‑237 (MQ=255)
aCCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGCGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGCCTGCGGTTTATTTCTGTGGTTGACCGTTCTCTCGAAATGACGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAAAGCGCTGGCGGTG‑GTGGG‑GA‑TGTCCAAGgggggcaaa > 1:659100/1‑234 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTTCCCAGTGGGAACACaaaat > 2:1116352/1‑237 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGCGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGGAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTTACCGTATCCTCGACATGGCGAGCACTGCGCTGACCTGGGTGGGAAATGCGCTGGCGGTG‑TTGGG‑GAGTTGCAAAG‑GGGAACAGaaaat > 1:1067498/1‑237 (MQ=255)
cTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACCCAAATTTGA‑cc > 2:576068/1‑239 (MQ=255)
cTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTGCCCAGTGGGAACACAAATTTGA‑cc > 2:1006103/1‑239 (MQ=255)
aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTTGTTTGTGGTGTTGCTGGTAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGGAAg > 2:469036/1‑239 (MQ=255)
ttgaTTTTGGTGTTGACGCTTGTGGTGCCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgc < 1:1254159/236‑1 (MQ=255)
tcttttgggTGCTGAAGCTGATGGGGACCTCGAAAGGGATTGCCGGCGTGCCTTGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTTGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcg < 2:615679/232‑1 (MQ=255)
ctgtCTGGTGCTGGCGTTGAGGGTGCCGTGGAAAGGGTGTGCGGGGGGGCCTGGCGGTTGGTTTGTGGTGGTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 1:899347/236‑1 (MQ=255)
cATTCTGGTGCTGGCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:732043/239‑1 (MQ=255)
cATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:874153/239‑1 (MQ=255)
cATTCTGGTGCTGAAGCTGATGGTGACCTGGAAAGGGATTGCGGGGCGGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgcgc < 2:366224/239‑1 (MQ=255)
gTGCTGACGCTGATGGGGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 2:616195/239‑1 (MQ=255)
tggggagggtggtggggggtgggAAAGGGATTGCGGGGGTGCCGGGCGTGTCGTTTGTGGGGGTGGGGGCAACGCGGGGTAGCGTATGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTATCCTCGGCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:336736/216‑1 (MQ=255)
ggctgcgggttagggTGGCCTCGAAAGGGGTTGCTGGCGGGGCGGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:302680/225‑1 (MQ=255)
tGACGGTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:244403/238‑1 (MQ=255)
aCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGGATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGGGACTGG‑‑GA‑TTGGCCAGGGGGGACCCAAAATTAG‑CCGTAAGAAAACGCGGGCTTTTggggg > 1:1209945/1‑235 (MQ=255)
aCGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGAATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGGATCCTCGACAGGGGGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGGAATGCGCTGGGGTTG‑TGGGG‑GA‑TTGCCAAGGGGGGGCTCAAATTTGT‑CGGGAAGaaaaggggggggcttggggg > 1:614235/1‑222 (MQ=255)
ggtggtGGTGTCTTCGGAAGGGGTTTCGGGGGTGCCGGGGGTGTTGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCGCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:1063141/234‑1 (MQ=255)
gCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:478450/239‑1 (MQ=255)
gCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:1162072/239‑1 (MQ=255)
caggtgtgtataagggccgggggTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGGTGGTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:68513/220‑1 (MQ=255)
gggtgccgtagAAAGGGTTTGGGGGCGTGGCGGGGGTGGTGTTTGGGGTTGTGGTGGCAACGGTGGGTAGCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGGTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTg < 1:101786/229‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCCAATGGGAACACAAATTTTG‑ACGTAAGAAAGCGCTGGCTTTTGGGCGTGAAGGGCTggg > 2:1211621/1‑239 (MQ=255)
ccgcGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTggg < 2:914110/235‑1 (MQ=255)
ccTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGAGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGTTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTGGACCGTATCCTCGACATGCCGCGTACTGGTCTGGAGGCGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑GCGGTGGG‑TGGCCAAG‑GGGGACAACAATTTGACCCGAAAAAAAGC‑CCGGCTTAAAAGAGTGAAgatcatggc > 1:960852/1‑231 (MQ=255)
cGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTGGGGACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAACGCTGGTGTATGAGCGCGAGTTGGTGGGCaaa > 2:845445/1‑239 (MQ=255)
cGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGG‑CTGGT‑GA‑TTGGCCAGGGGGGACACAAATTTGA‑CCGTTAGAAAGCGCTGGCGTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCaaa > 2:94888/1‑239 (MQ=255)
aaaGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGCGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GT‑GTTGCAAGTGGGAGAACAAAATTGC‑CGGTCAGGAAGAGGTGGCTTTTGACCGGGAAGAGCggggggaaat > 1:565668/1‑233 (MQ=255)
gCTTGCGTGCCGGGGGTGTCGTGTGGGGTGTTGCTGGGAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGATGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAAc < 2:842539/239‑1 (MQ=255)
aggTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGc < 2:429399/236‑1 (MQ=255)
gTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCgg < 2:1238792/238‑1 (MQ=255)
gTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAAGGGGGACACAAATTTTA‑CCGGAAGAAAGGGCTGGCTTTTGAGCGTGGAGGGCTggg > 2:68513/1‑218 (MQ=255)
gTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TGTCCAAGTGGGAAAACAAAATTGA‑ACGTAAGAAAACCATTGGTTAAGGGCGGGAAGTGCTGGGCAAAATTGATAAAAcctcgg > 2:816071/1‑233 (MQ=255)
tctggatgttCGGTTGGGGGGTTGGTGGCTACGCTGGGTAGGGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑Tc < 2:235987/229‑1 (MQ=255)
cTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCTTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAGCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCaa < 2:960852/239‑1 (MQ=255)
gCGTGTCTTTTGGGGTTTTGCGGGCAACCGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCaataa < 2:354933/239‑1 (MQ=255)
gtCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCCCTGGCGGTG‑TTGGT‑GA‑TTGCCACGTGGGCACCCCAATTTGA‑CGCTAAGAAAGCGCGGGCTTATAAGCGTGCAGGGCGCGGCGAATTTGTTaaaaatacgtggtaaaaaact > 1:429399/1‑221 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GG‑TTGCCAAGTGGGAACCCAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATTAGCGTGGAGGGCTGGGCAAATTTGATAAAACTTGGGA‑TCAATAAtttg > 2:488950/1‑235 (MQ=255)
gTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGGGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAAAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑TAAGa > 2:923316/1‑239 (MQ=255)
ttggtgTTGCTGGCACCGGTGGGTTGGGGAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTTGCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGc < 1:1116352/238‑1 (MQ=255)
gtggtgTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGGGGGTGAAGCGCTGGGCAAATTTTATAAAAACGCGGA‑TCAAAAATT‑GGAGATTGc > 2:1202936/1‑239 (MQ=255)
tGGTAACGGTGGGTAGGGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGatat < 2:783869/238‑1 (MQ=255)
gtgtaggttgggtgtgggtggTATCCCGTTGGGAGGTCTGGGTTTTATTGGGGGTGTTGACCGTATCCTCGACATTGGGCGTACTGCGCTGAACGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATcc < 1:420286/220‑1 (MQ=255)
ggCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTGGGGACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATTAGCGTGAAGGGCTTGGCAAATTTGTTTAAAATGCGGG‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATc > 2:420286/1‑238 (MQ=255)
aCGTTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCAcc < 2:149881/238‑1 (MQ=255)
cGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAgc < 2:504917/157‑1 (MQ=255)
gtggggTTGCGTTGGTTGTCCGCTGGAAGGTTTGGTGTTTATTGGGGGTGTTGCCCGGTTCCGCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCgg < 1:104302/236‑1 (MQ=255)
ggtgtgtggctttggttgtCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGGATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGACCGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCgg < 1:469036/221‑1 (MQ=255)
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tGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGGACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGGGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGGTAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAAATTGCC‑GGGGATATACACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGaacctttacg > 2:213151/1‑230 (MQ=255)
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aTTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTA‑CTGGT‑GA‑CTGGCACGTGGGAACCAAAAATTTA‑CCGTAAGGAAAGGCCGGGTTAGTAGCGTGAAGGGATAGGCAAAATTGATAAAAATGCGGA‑GCAATAATTAGAAG‑TTACC‑TGGGATATGCACCCCGCAAAGTGGTGATAGCGGAAGCGACGCTGGCCGCGGCTTAt > 1:1123642/1‑239 (MQ=255)
cTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTTCCAAGTGGGGACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCAACCGGCAATGTGTGAATGCCTTATTCGGCGCTTGCcccggcctactag > 2:701579/1‑229 (MQ=255)
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aCATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGatat > 2:925690/1‑166 (MQ=255)
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cgcgTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGG‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATACACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATTCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCCACGCC‑AGACAGCGCACTAGCCTGa > 2:1093112/1‑239 (MQ=255)
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tGCGTTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTGGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCg < 2:1271752/239‑1 (MQ=255)
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gtcgtcttgggttGGCGTTG‑ATGGT‑GT‑TTTGCAAGTGTGAACAAAATTTTTA‑CCGTAAGAAATCGCTGGTTTTTGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTGGATAAATCTGCGGA‑TTAATAATT‑TAAGATTGCC‑GGGGATATCCACACGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGAATTTGTAGGt < 1:616684/226‑1 (MQ=25)
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aTGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACCCAAATTGTA‑CCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATaa < 2:1166896/239‑1 (MQ=255)
aTGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATaa < 2:614235/239‑1 (MQ=255)
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ggT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCa < 2:1209945/238‑1 (MQ=255)
|
TTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTG‑CTGGT‑GA‑TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGA‑CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGA‑TCAATAATT‑GAAGATTGCC‑GGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCC‑AGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCA > NC_000913/4295477‑4295934
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
