Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F9 I0 R1
|
113 |
83.2 |
1840812 |
91.6% |
1686183 |
224.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,699 |
T→G |
20.1% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 20.1%
| 223.5
/ 5.6
| 105 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/58); new base G (23/3); total (44/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.60e-08 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295474‑4295935
|
gCATTGACCTGTCCAGCCGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTgg < 1:765024/239‑1 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACGGTATCCTCGACATGCGGGCG‑ACTCCGCCGACCGTGGGGGGTAATGCGCCGGCGGGTCCTGCGCTTG‑GCAAGTggggg > 2:66996/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTT‑CCAAGTGGGa > 1:679049/1‑238 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATTGCCCAAGGGGGa > 1:6683/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGAGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGTGATTG‑CCCAGTgggga > 1:236269/1‑237 (MQ=255)
gcccTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCGGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAaca < 1:272224/237‑1 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCCTTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTGTTCCGCTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTCACGCGCTGAACGTGGTGGTGAATGCCCTGGCGGGGGTGGTGGTAG‑CCCAGGGGGGactacaatt > 2:580311/1‑232 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGAATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTT‑CCAAGTGGGAACCCAAAtt > 1:367804/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGCCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCGGAAGGGGGTGGGTAAGGGGGTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCCAAAGGGAACACaaaat > 2:806822/1‑237 (MQ=255)
tGGCAGGAAATCATTTTGGTGCTGCCGGTGATGGTGACATCGAATGGGATTGCTGGCGTGCTTGG‑CGTGTCTGTTGTGGGGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCg < 1:742958/239‑1 (MQ=255)
ggCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCGGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGTTTT‑CCAATGGGGAACCCAAATTTTACCgg > 1:518433/1‑238 (MQ=255)
gaaaagagacagggggcggACTCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGTTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGa < 1:603141/221‑1 (MQ=255)
aaTCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGCGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCCGAACGTGGGGGGTAATGCCCTGGCGGTGCTGGGGGTTT‑CACAGGGGGGACACAAAATTGACCG‑TAAGaaaa > 2:848106/1‑238 (MQ=255)
tctttttGGTGCTGACGCGGATGGTGACCTCGAAAGGGATGGCTGGCGTGCCTGG‑TGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAgcg < 2:552715/233‑1 (MQ=255)
ccttCTGGTGCTGACGCTGATGGTGCCCTTGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAgcgc < 1:15703/237‑1 (MQ=255)
cATTCGGGTGCTGACGGTGATGGGGACCTGGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAgcgc < 1:309078/239‑1 (MQ=255)
ggTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGGACACAAAATTGACCG‑GAAGAAAggggggggtt > 1:871120/1‑230 (MQ=255)
gTGCTTACGCTGATGGTGGCCTCGAAAGGGATTGCGGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGGTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTa < 1:883198/239‑1 (MQ=255)
gTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGGACACAAATTTGACCG‑GTAGAAAGCGCTGGCTTa > 1:638375/1‑239 (MQ=255)
gtggtggggtaTGGTGACCCCGGAAGGGATGGTTGGCGGGCCTGGTGGTGT‑GTTTGGGGTGTTGCTGGCAACTCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATg < 2:730077/229‑1 (MQ=255)
gtgggggtgttggggtccTCGGAAGGGGTTGCGGGGGTGCCGGG‑CGTGGCGTTTGGGGTGATGCGGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTGTCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:206119/223‑1 (MQ=255)
cTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGTTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGCTCTGGGGGTTG‑CCAAGTGGGAACCAAAATTTTACCG‑Tagacaaacctgggctctgta > 1:379025/1‑220 (MQ=255)
tggcGCTGATGGTAACCCCGAAAGGGCTTGCGGGGGTGGCTGG‑GGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 1:741756/235‑1 (MQ=255)
aCGCTGATGGTGACCTCGGAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCACCGCTGGGTAGCGTAGGAATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTCTTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGCACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGTGGGGGGGTG‑CCCACGGGGGACCCAAAATTTACCG‑AAAAAAAACGCTGGGTTTTGGGCg > 2:840806/1‑239 (MQ=255)
gCTGATGGTGACCTTGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 1:180181/239‑1 (MQ=255)
ctttatgggtaCCTTGTAAGGGTTTGCTGGCTTGCCTGT‑CGTGTCGTTTTTGGTTTTGCGTGCAACGCTTGGTAGCGTAGGTCTTCCGTTTGAAGGTCTGGCGTTTATTGCGGGTGTTGACCGTTTCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGCTTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTTACCC‑TACGAGACGGTCGGCTTATGAGCGTg < 2:184812/229‑1 (MQ=255)
gATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGGGGGAACACAAAATTGACCG‑CAAGAAAGGCCTGGCTTTTGAGCGGGAAg > 1:690965/1‑239 (MQ=255)
aTGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCAAGGGGGGACACGAATTTGACCG‑GAGAAAAGGGGTGGGTTGTGAggggggggg > 2:517780/1‑231 (MQ=255)
gcccggtgaggggTTTGCTGGCGTGCGGGG‑GGTGTCGTTTGGGGGGTTGCTGGGAACGCTGGGTAGCGTAGGTAGTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑Tg < 2:737136/228‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAAAAAGCGCTGGCTTATGAGGGTGAAGGGC‑ggg > 1:300234/1‑238 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGGACACAAATTTTACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTTTTAGCGGGCAGTGC‑Cggg > 1:800622/1‑239 (MQ=255)
cGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GGGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTTGCGGGGCTGGTGGGTG‑CCAAATGGGGACACAAATTTTGCCGTTAGGAAAGCGCGGGtttggagggggagaggctggggaaa > 2:694913/1‑217 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGTGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGGGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGGTaa > 1:511020/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGGTTG‑CCCAGTGGGGACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGC‑TGGG‑C‑AAATTTTATaa > 1:357519/1‑239 (MQ=255)
aTTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGGGGGAAACAAATTTGACCG‑GAAGAAAGCGCCGGCTTTGTGGCGGGAAGGGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATaa > 1:531637/1‑239 (MQ=255)
tgggggggttcctggtggttggTTTGGGGGGTTGCTGGCATCGCTGGGTGGTGTTGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGGTTATTGCGGGGGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGGTATGCGCTGAACGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTTGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATaaaa < 2:503695/218‑1 (MQ=255)
tGGCGGGCCTGG‑GGTGTGGTTTGTGGTGTTGCTGGCAAGGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGTCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 2:690965/239‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CTTGTCGTTTTGGGTGTTGCTGGCGACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:326545/238‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:840806/238‑1 (MQ=255)
ggCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTg < 1:644886/238‑1 (MQ=255)
cGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGTATT‑CCAAGGGGGGAACCAAATTTTACCG‑TACAAAAACCCCGGGTTATGGGGGGGAAGGGCGGGGG‑A‑AAATTTGAAAAAACtcgg > 2:497141/1‑236 (MQ=255)
tgtggtgggcgtttgttttGTGGGTGTGCTGGCAACGTTGGTTTGGGTTGGTATTCCCTGGGAAGTTCTGGTGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTGTCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCgg < 2:219076/223‑1 (MQ=255)
gcctgggtgggcGTTTGTGGGTTTGGTGGCAACGGTGGGTAGCGGAGGTATTCCGCTGGAAGGTTGGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTATCCGCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGagc < 2:311879/228‑3 (MQ=255)
ttgtCGTTTGTGGTTGTGCTGGCAACGGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCaataat < 1:510689/237‑1 (MQ=255)
cGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGCTTG‑CCAAGTGGGGACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGGTTATGAGCGTGAAGGTG‑TGGG‑C‑AAATTTGTTAAAACTGCGGATCAAAAATTGAAg > 1:909768/1‑239 (MQ=255)
gttttgggtgTTTCTGGCCATCGTGGGTTGCGTAGGTTTTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTAGTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGa < 2:800622/233‑1 (MQ=255)
gggtttGCTGGGAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGTGCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACAGG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCg < 1:764697/235‑1 (MQ=255)
cttgCATCGCTGGGTAGTGTTAGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCGGGTGTTGAACGTATCCTCGACATG‑GCGGGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGatat < 2:236269/236‑1 (MQ=255)
tgtataagagaccGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAc < 1:827406/226‑1 (MQ=255)
aaaggtGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAc < 1:415780/233‑1 (MQ=255)
aaCGTTGGGTTGCGTAGGTTTTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAcc < 2:871120/239‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGAGTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGGGAAGAGC‑TGGG‑C‑AAATTTGGTTAAAATGCGGGTCAATAATTGAAGATTGCCGGGGAGATCCAc > 1:478016/1‑238 (MQ=255)
gTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑GGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTTCGGGTCAAAAATTTAGGATTGCCGGGGGTATCCCCCCGGGAAtt > 1:530060/1‑238 (MQ=255)
caggCGGAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTATCCTCGAAATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGTGATATCCTCCCGGCAAt < 1:543234/235‑1 (MQ=255)
aGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAACCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCAcc < 1:12367/224‑1 (MQ=255)
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ccGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACGGAATCCTCGCCATG‑GCGCGCACTGCGCTGAACGTGGTGGGGAATGCGCTGGCTGTACTGGGGAGTG‑CCACGGAGGAACACCAACTTGACCG‑GAAGAAAGCGGTGGCTTTTGAAGTGGAAGAGG‑CGGA‑C‑AAATTTTGTAAAACTTCGGGTCAAAAATTGAAAAAGGCCGGGGAAATCCCTCCCGCAATATGAGaaagaccggt > 2:543234/1‑231 (MQ=255)
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aaGGTCTGGCGTTTATTGGTGGTGTTGGCCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACg < 1:537326/238‑1 (MQ=255)
cTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGc < 1:544527/238‑1 (MQ=255)
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tATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGGTATCCACCCGGCCATGTTGGAATGCCTGATGGGACCCTTGCCGCGGCttt > 1:92479/1‑238 (MQ=255)
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ttGGCCGTTTCCGCGACATG‑GGGGGTTATGGGTTGAACGTGGGGGGGAAGGCGCTGGGGGTGGTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACg < 2:834092/239‑1 (MQ=255)
ttGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAAATGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGGGTGAATGCCTGATGCGCACCTTGCCCCCGCTTTTCAGGccata > 1:668413/1‑235 (MQ=255)
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cggagccTCGACGTG‑GGGGGTACTGCGTTGAACGTGGTGGGTAATGGGTTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGa < 1:848106/234‑1 (MQ=255)
tATCCTCGACATG‑GCGCGTACGGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACa < 1:465875/239‑1 (MQ=255)
cTCGACATG‑GCGCGTGCTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGGGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAgcgc < 1:814471/239‑1 (MQ=255)
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tgggcTGATCGTGGTGGGTAAGGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAATAAAGCGCTGGTTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTTCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACATCGCAATAGCCTGATTTAGCg < 1:681547/236‑1 (MQ=255)
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ctGCGCGGGTGGTGTTGGTGTTTG‑CCAAGTGGGAACAAAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGATCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGAGCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATaa < 2:741603/238‑1 (MQ=255)
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|
GCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGG‑CGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATG‑GCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTG‑CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCG‑TAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGC‑TGGG‑C‑AAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGT‑GATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCAT > NC_000913/4295474‑4295935
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
