Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F27 I0 R1
|
322 |
127.1 |
2757226 |
91.8% |
2531133 |
223.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,295,699 |
T→G |
25.1% |
V407G (GTG→GGG) |
gltP → |
glutamate/aspartate:proton symporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,295,699 | 0 | T | G | 25.1%
| 274.3
/ 14.1
| 133 | V407G (GTG→GGG) | gltP | glutamate/aspartate:proton symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/66); new base G (38/2); total (65/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-13 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTT‑GCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCC > NC_000913/4295472‑4295937
|
tGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGGTT‑GCCaaag > 2:73851/1‑237 (MQ=255)
tGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCCGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGGGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATT‑GCCaaag > 1:915878/1‑237 (MQ=255)
cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑gg < 1:1020797/238‑1 (MQ=255)
cATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGATGGGGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGCA‑CGTGGGGGGTAAGCACCTGGGGGTGGTGGGGGTT‑GCCAAGg‑ggg > 2:1139601/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGCAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGAATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGGGGGGGGGAATGCGTTGGGGGTGTCGGGGATT‑GCCCAGG‑GGGaa > 2:745122/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGCACTCGAAGGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGAGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGCGGGCATTCAGTTGGACGGTCTGGCGTTTATTGCAGGGTTTGCGCGGGTCCCCGATATTGCGCGGACGGAGCCGAA‑CGCGGCGGGGAATTCGCTGCGGGTGCTGGGGATT‑Tcccgctagaga > 2:251089/1‑230 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTTTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTTGCCTGAA‑CGTGGGGGGTATGGCGCTGGCGGTGCCGGGGTTT‑CCCCAGT‑GGGaa > 1:517227/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTggcctttttttaaca > 1:1199762/1‑224 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTTCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCCCTGGCGGGGTTTGGGGTT‑GCCAAAT‑gggga > 2:1229185/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCGGGTGATT‑GCCCAGg‑gggga > 1:529985/1‑237 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTCCTGGTTGTGACCGTATCCTCGACATGGCTCGTACTGAGCTGAA‑CGGGGGGGGGAATGCGCTGGCGGGTGTGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGaa > 2:223799/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGGATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGCCATGGCGCGTACTGCGCTTAA‑CGGGGGGGGGAATGGCCTGGCGGTGCGGGGGGTT‑GGCAAAG‑GGGaa > 2:1020797/1‑239 (MQ=255)
ttGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGCATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGTTGGCGGTGCTGGGGATT‑GCCCAAG‑GGGaa > 1:356104/1‑239 (MQ=255)
aCCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGGGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGTTGGGGGTT‑GCCAAGG‑GGGAacac > 1:365997/1‑239 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATT‑GCCAAGG‑GGGAACACaaaat > 1:1093810/1‑237 (MQ=255)
tCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATT‑GCCAAGG‑GGGAAACCAAAtt > 1:985125/1‑239 (MQ=255)
cctttGGGAGGAAATTTTTTTGGGGCTGGGGGTGGTGGGGGCCTCGAAAGGGATTGGTGGCGTGCCGGGGGTGTCGTTTGTGGGGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAAttt < 2:732684/234‑1 (MQ=255)
cATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAAttt < 1:1229185/238‑1 (MQ=255)
aTCTGGGAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:581125/239‑1 (MQ=255)
aTCTGGCGGGAAATCATTCTGGGGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:1013986/239‑1 (MQ=255)
aTCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGa < 1:1254546/239‑1 (MQ=255)
tGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGGTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCg < 1:15722/239‑1 (MQ=255)
ggCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGGGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGGTT‑GGCAAATGGGGAACA‑AAATTTTACCGt > 1:1263528/1‑239 (MQ=255)
aGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGGATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGGGGGTAATTCGCTGGGGGGGTTGGGGTTT‑TCCAAGG‑GGGGAAAAAAAATTTACCggaga > 2:812502/1‑235 (MQ=255)
attatgcTGGTGCTGACGCTGATTGGGTCCTCGGAAGGGATTGCTGGTGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTAGCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:858840/233‑1 (MQ=255)
aTCTTTGTGGTGCGGGCGTTGAGGGGTGCCCCGGAAGGGATTGCTGGGGTGGCTGGCGTGTCTGTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGGAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 2:1093810/239‑1 (MQ=255)
aTCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:973895/239‑1 (MQ=255)
aTCATTCGGGGGCTGACGGTGATGGGGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc < 1:73851/239‑1 (MQ=255)
tgttttgggTGCTGGCGGGGGTGGTGGCCTGGAAGGGGGTTGCGGGCGTGCCGGGCGTTGCGTTTGGGGTGTTGGTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcg < 2:703501/232‑1 (MQ=255)
tcttttGGTGCTGGCGTTGGTGGGGACCTCGAAAGGGTTTGCTGGGGTGCCTGGCGTGTCGTTTGGGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑TGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 2:524139/234‑1 (MQ=255)
cATTCTGGTGCTGACGCTGAGGGTGACCGCGAAAGGGATTGCCGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgcgc < 1:997932/239‑1 (MQ=255)
gggctgtgtgtgTGCCCTCGAAAGGGATTGCGGGGGGTCCTGGCGTGTCGTGTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTGGCGTAGGGTTTGCGCTGGAAGGTCTGGAGTTTAGTGCGGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGa < 2:1378429/227‑1 (MQ=255)
ttttgtGGTGCCCTTGAAGGGGTTTGGTGGCTTGCCTGGTGTGGCGTTTGTGGTTTTGTTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:571559/234‑1 (MQ=255)
ggtgtgggtggctgcGAAAGGGTTTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTTGTGCGGGCAACGATGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGATGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTg < 2:679016/225‑1 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCCAGG‑GGGGAAACAAATATGGCCGTAAGAAAGCGGCGGCtttttgggggggaggtggggg > 2:926007/1‑220 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAac > 1:190398/1‑190 (MQ=255)
aCCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAac < 2:190398/190‑1 (MQ=255)
ccTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGCGCTGGCGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAAATTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGGGTGACGGGCTGGGc > 1:937520/1‑239 (MQ=255)
cggaaGGGATGGGTGGCGGGCTTGGCGTGTCGTTTGGGGGTTTGCTGGCAACGGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTTTCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCaaa < 1:616360/236‑1 (MQ=255)
cGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGGTT‑GCCAAGG‑GGGAAACCAAATTTGACCGTAAGAAAGGGCGGGCTTTTAGGCGGGAAGGGCTGGGCaaa > 1:766724/1‑239 (MQ=255)
ttgttggggtggggggcgtggcgtTTGTGGTGTTTGGGGAAACGGTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGTGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATaa < 2:1142726/224‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAAG‑GGGGACACAAATTTTACCGGAAAAAAAGGCCGGCTTATGAGGGTGAAGAGGTGGGGAAATTTGTTaaa > 1:1230383/1‑237 (MQ=255)
gCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGGGATT‑GCCAAGG‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAAAAAAGGCGGGCTTATGGGCGTGAAAGGCTGGGCAAAttttgaaaaa > 1:490723/1‑231 (MQ=255)
ggCGTGCCTGGGGTGGCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTg < 1:1091858/238‑1 (MQ=255)
ttcgtgggtttttttttTGGTTTTGTTGTGATCGCTGTGTTGCGTAGGTCTCCCCCGGGAAGGTCTGTGGTTTATTGCTGGTGTTTACCGTACCCTCGACATGGCGCGTTTTGTGCTGAA‑CGTGGTGTGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGTAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCTGTGGCTTATGATCGTGAAGTGCTGGGTAAATGTTATAAAACTGCGGATc < 2:244177/226‑1 (MQ=255)
gcttgggatggcGTTTGTGGTGTGGCTGGAAACGGTGGGTAGGGTAGGTATGCCGCGGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATc < 1:251089/228‑1 (MQ=255)
tCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGACACCAAAATTGACCGTTAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGACCACTAATTGaa > 1:1304035/1‑239 (MQ=255)
tCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGGGCGGGAAATGCTGGGCAAATTTGTTAAAACTGCGGATCAATAATTTaa > 1:491612/1‑239 (MQ=255)
tgtgGTGTTGGGGGCAACGGTGGGGTGGGTAGGTATTGCGGTGGAAGGTCTGGGGTTTATTGCTGGTGGTGACCGTTTCCTCGACATGGCGGGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTg < 2:414284/239‑1 (MQ=255)
gtggtgTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCGGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGGACCCAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGGGGGAGATGCTGGGCAAATTTGTTAAAAATGGGGATCAATAATTGAAGATTGc > 1:1002319/1‑239 (MQ=255)
ttcTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTTTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGGCCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGat < 1:688017/237‑1 (MQ=255)
gtGGCAACGGTGGGTGGGGTGGGTTTTCCGCTGGAAGGTTTGGGGTTTTTTGCTGGTTTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGatat < 2:538277/238‑1 (MQ=255)
gtccaCGTTGGGTTGCGTTGGTTTTCCGCTGGAAGGTGTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTTGCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATcc < 2:1210279/235‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATT‑GCCAAAT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGGGCTGGGCAAATTTGGTAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCAc > 1:298227/1‑238 (MQ=255)
aaCGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGGGCTGGTGATT‑TCCAAGT‑GGGGACACAAATTTGACCTGAAGAAAAGGCTGGCTTATGAGGGTGCAGGGCGCGGGAAATTTGATAAAAATACGGAATAATAATTGAGAATTGGCgggggaaatcacc > 2:756540/1‑230 (MQ=255)
gCTGGGTTGCGTTGGTTTTCCGGTGGAAGGTTTGGGTTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCgg < 2:491612/239‑1 (MQ=255)
gCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGGTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCgg < 1:463338/239‑1 (MQ=255)
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gTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAgc > 1:974499/1‑142 (MQ=255)
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cgcgTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATTCCTGATGCGACG‑CTT‑GCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCCGACAGCGCAAAAGCCTGa > 1:997775/1‑239 (MQ=255)
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gtggGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGGGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTTACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGGTAATGCCTGATGCGAAG‑CTT‑TCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCCGACAGCGCAATAACCTGATTTTGCGGGATTTTTTAgtt > 2:840545/1‑237 (MQ=255)
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tggGTAATGCGGTGGCGTTGCTTGGTATT‑GCCAAGG‑GGGAACACAACTTGGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTAGGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCTCCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTT‑GCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGt < 1:46618/238‑1 (MQ=37)
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|
TGGCATTGACCTGTCCATCTGGCAGGAAATCATTCTGGTGCTGACGCTGATGGTGACCTCGAAAGGGATTGCTGGCGTGCCTGGCGTGTCGTTTGTGGTGTTGCTGGCAACGCTGGGTAGCGTAGGTATTCCGCTGGAAGGTCTGGCGTTTATTGCTGGTGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAA‑CGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATT‑GCCAAGT‑GGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACG‑CTT‑GCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCC > NC_000913/4295472‑4295937
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
