Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,239,840 |
A→G |
12.0% |
E321G (GAG→GGG) |
dadX → |
alanine racemase, catabolic, PLP‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,239,840 | 0 | A | G | 12.0%
| 236.3
/ 2.6
| 100 | E321G (GAG→GGG) | dadX | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/54); new base G (12/2); total (44/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATG > NC_000913/1239604‑1240075
|
ccAGGCGCTAAAAGCGGGCGGGCGTGGGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAg < 1:702036/238‑1 (MQ=255)
cAGACGCTGAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTGCCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCt < 1:249060/239‑1 (MQ=255)
aCGCGAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGGGCGCCATGAGCAGCGAATCTGCCTTGTCGCCGGCGGGGACGCCGCCGGGTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGCGGGCGGCGGGCGCTCCCCGCCGGAGGGGGCCGCCCCGCTTGATATGCTCGCGGGCGCTTTCCCGCCTGGCCCGCAGGCGGGGGTGGGGAGGCCGTGTGTGCtgtg > 2:508314/1‑239 (MQ=255)
aaaaGCGGGCGGGCGTGTGGGCTGCGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAAACGGCATTGTCGCCGCATGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGc < 2:1049563/238‑1 (MQ=255)
aaGCGGGCGGGCGTGTGGGCTACGGCGGGCGGTATACTGCGCGCGTTTAACAGCGAATCGGCATTGGCGCCGCAGGGTACGACGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGGCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAg < 2:1130136/239‑1 (MQ=255)
gCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGAt < 1:58503/238‑1 (MQ=255)
cGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCCCCGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTTCCGGTACCCCTGTTTTAGTGGGCGGCGTGCGCCCCATGCCGGGGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGGCGGTTTAACGCCTTGCCCGCCGGCGGGGATTTTTACGCCGGGGGTGCTGTGGGGGCAGgaggcgc > 2:1159734/1‑235 (MQ=255)
taCTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCg < 1:991382/239‑1 (MQ=255)
gcgcgcGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGGACGCCGGTTGAGCTGTGGGGGAAGGGGGTCAAAATT‑GGTGATGTCGGCGCCGCCGCCGGAAc > 1:400665/1‑239 (MQ=255)
gcgcgcGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTGTAGGTGTGGGGGAAGGGGATCAAAAAT‑GTTGATGTTGGCGCCGCTGCCGGGAc > 1:1130074/1‑239 (MQ=255)
cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAgg < 2:477816/201‑1 (MQ=255)
cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAgg > 1:477816/1‑201 (MQ=255)
cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGGCGGGTTGGCTTTGGGGGAAGGAGATCCAACTTGGAGGTTGTC‑CCGCCGCTGCCggggcg > 2:171560/1‑235 (MQ=255)
cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTTGGGCTGGGGGGGCAGGGGATCAAAAAT‑TATGATGTCGCCCCCGCTGCCGGGACg > 1:180447/1‑239 (MQ=255)
gcgctATGATCAGCGAATCGTCATTGTCGCCGCGAGGTACGCCGACGGTTGTCCGCGCCACGCGCGTACCGGTTCCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACg < 2:739677/238‑1 (MQ=255)
gcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTGTTGGTAAGCCGGTTGTGCTGTGGGGCAAGGGGAGCAAAATT‑GTTGTAGTCGCCCCCGCTGCCGGGACgg > 1:1056061/1‑239 (MQ=255)
cgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGGGGGGCAAGGAGATTAAAATT‑GATGATGTCCCCGCCGACGCCGGAGCGGt > 1:125964/1‑239 (MQ=255)
gcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTg < 1:225560/239‑1 (MQ=255)
gcgATGAACAGCGAACCGGCATTGTCGGCGCGGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGGTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGt < 2:526546/238‑1 (MQ=255)
gcgATGAAAAACGAACCGGCATTGTCGCCGAAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCAAGCGCCTACCGGTCCCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGt < 1:293982/238‑1 (MQ=255)
gATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCCTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTGTTTGTACCGCGGTTGGGCTGTGGGGCGACGGGGCACAAATT‑GATTATGGTGCCGCCGCAGCCGGTACgggagg > 2:1153008/1‑235 (MQ=255)
tGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCt < 1:414320/239‑1 (MQ=255)
gAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTTTGGCTGTGGGGCAAGGGGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGGGGGGTATGAGTTg > 1:296397/1‑239 (MQ=255)
ggCATTGTGGCAGACGGGTACGCCGAGGGTTATTCGTGCCGCGGGCCTACCGGTACCACTGTTTTAGTGGGAGGATGGGGCTTCATGACGGTGGGGCCCGTCTCGATGGATACGCTAGCGGTCGATTTATCGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAACTT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGAtgtg < 2:552156/239‑1 (MQ=255)
gCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGAtgtg < 1:842062/238‑1 (MQ=255)
ttGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTgcgcg < 1:132886/239‑1 (MQ=255)
gTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTAcg < 1:171560/237‑1 (MQ=255)
aCGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTc < 1:836738/239‑1 (MQ=255)
cGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGTACCGTCTCGATGGATATGCTAGCTGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTACGGCCGTGTTGCCGTGGGGCAAGGGGGTCAGAATT‑GAGGTTGTCGCCGCCGCTTCCGCAACGGGGGGCCTTGAGGTCGTGGGAGGGCTGGCGCCACTCGGTCCGCTtg > 2:508312/1‑239 (MQ=255)
tacccGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCGGTGTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGa < 2:152703/235‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCCCCGCGCCTACCGGTGCCCCTGTTTGAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:221470/238‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCCAGGCGCCTCCCGGTACCCCTGTTTTAGGGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1196266/238‑1 (MQ=255)
tATCCGCGCCACGCGCCGACCGGTACCCCTGTTGTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:523174/238‑1 (MQ=255)
cgccgcccctggcttgccGGTCACCCTGGTTTGGGGGAGGGCGTGGGCACCAGGACGGTGGGGCCCGGCTCGATGGATATGCTGGCGGTGGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGgt < 2:861639/223‑1 (MQ=255)
cTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑a < 1:525579/239‑1 (MQ=255)
aCCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGGGGTTTGGGGCAGAGGGGTCACAATT‑GATGGTGTCCCCGCCCCTGCCGGAAGGGTGGGGGATGAGATTTCGGGCGCGGTGGCGGCACGGGGGCCGGGTGGGGAGGGGTAACTttttgttatcgggg > 2:647041/1‑230 (MQ=255)
ccccTGTTGTAGTGGAGGGGGTGCGGGCCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCGGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATc < 2:1213002/239‑1 (MQ=255)
cTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGTTGTGGGGGCAGGGGATCAAAATT‑GATGGTGTCGCCGCCGCTTCCGGGACGGTGGGGTATGGGTTTATTTGCGCGCCGGCGCTCCGCGTCCCCGTTGGGACGGGGTGACTTGTTTT‑AAGCCGGGGCGGa > 2:307715/1‑239 (MQ=255)
gTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGGTGGGCTGTGGGGCGAGGGGATCAAAATT‑GGTGATGTCGCCGCCGCGGGCGGGACGGGGGGCCATGAGTTGATGTGGGCGCTGGGGCCACGCGTCCCCGGTGTGACGGGGGGACTTGTTGG‑AAGCCggggaggagg > 2:56037/1‑231 (MQ=255)
tttAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGc < 1:844008/238‑1 (MQ=255)
gtAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCaa < 1:540886/238‑1 (MQ=255)
gACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTTGAGCTGGTGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCCGCCGGGACGGTGGGCTATGAGTTGGTGTGGGCGCTGGCGCTACGCGGCCCGGTTGTGGCGGGGGTACTTTTTGG‑AAACCGGAATGGGGGGAACgacct > 2:732233/1‑235 (MQ=255)
cGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGGCAGGAGAGCAAAATT‑GGTGATTTCGCCGCCGCTGCCGGGACGGTGGGCGATGGGTTGATGTGCGCGGTGGCGCCACGCGTCCCGGGTGGGGCGGGGTAACTTGTTGT‑AAGGCGGGTCGGAGGCAACGgc‑t > 2:479876/1‑236 (MQ=255)
cGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGGTGAGCTGTGGGGGCAGGGGACCAAAATT‑GATGATTTCGCCGCCGGTGCCGGGACGGGGGGGTGTGGGTTTATGTGCGCGCTGGGGCCACGCGCCCCGGTTGGGGCGGGGGACCTTTTTGT‑AAGGCgggacggggggcacgggt > 2:953763/1‑220 (MQ=255)
cGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGTTGGGCTGTGGGGCAAGGGGATCAAAATT‑GGTGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGGTATGGGTTGATTTGCGCGGTGGCGCTACGCGGCCCGGGTGTGACGGGGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATGGGGGGCCACGtc‑t > 2:461672/1‑236 (MQ=255)
cGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACGCCGGGTGAGGTGTGGGGCAAGGGGGTCAAAAAT‑GGTTGTGTCGCCGCCGCTGCCGGGACGGGGGGGTATGGGGTGTGGTGGGGGCTGGGGCCACGCGTCCCGGGTGGGGGGGTGTCAATTTTTGG‑AAGCCggggtggggggtccgcctttt > 2:491553/1‑220 (MQ=255)
cGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGGTGAGCTGTGGGGCAAGGGGATCAAAATT‑GATGATGGCGCCGCCGCTGCCGGGAAGGGGGGGTGTGAGGTGATTTGGGCGCGGGGGCTACGCGGCCCGGTTGGGAGGGGGGTAATTGGTGG‑AAGCCGGGTCTGGGGGCACGGC‑TTCTggg > 2:1075457/1‑239 (MQ=255)
gcACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCaa < 1:1153008/239‑1 (MQ=255)
cATGAGGGTGGGGACCGGCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGAGTTAGCGCCTTGCCAGCAGGCGGGTATGGGTACGCCGGTTGGGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCaaaaaa < 2:516400/239‑1 (MQ=255)
aTGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGGACCGCGGTTGGGCTGGGGGGCAAGGGGATCAAAATT‑GATGATGTTGCCGCCGGTGCCGGGAGGGGGGGCTATGAGGTGATGTGCGGGGTGGCGCTCCGCGGCCCGGGTGTGGCGGGGGAACTTGGTGT‑AAGGCGGGCCTGAGGCAACCGC‑CTCTGGGGGGcaaaaaa > 2:1094058/1‑239 (MQ=255)
gACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGGACGCCGGGTGGGGTGGGGGGGAAGGGGGTCAAAATT‑GGTGATGTCGCCGCCGCGGCCGGGACGGGGGGGGATGGGATGGTGTGGGGGCTGGGGCTCGCCGTGCCGGGTGGGACGGGGGAACTTGTTGT‑GAGCCGGGGCGGAGGCGACCGC‑CTCTGGGGGCGCAAAAatc > 2:595118/1‑239 (MQ=255)
gggACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGAGCTTTGGGGCAAGGGGGTCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCCGGACGGGGGGCTATGAGGTGATTTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGGTGTGGCGGGGGCACTTGTTGT‑AAGCCGGGGCGGGGGGCACGGT‑TTCTGGGGGCAAAACAATctttcat > 2:263821/1‑238 (MQ=255)
ccGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGAGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGAGCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGc < 1:384695/239‑1 (MQ=255)
gTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTg < 1:196985/239‑1 (MQ=255)
tctcGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGGTTTGTACGCCGGGTGAGGTTTGGGGCCAGGGGATCAAAATT‑GATGGTGTCCCCGCCGCGTCCGGGACGGGGGGGCATGGGTTGTGTTGCGGGCCGGCCCTAAGCGGCCCGGTGTGGGTGGGGGGACTTGTTGTCAAGCCGG‑TCGGGGGCAACGTG‑TTCTTGGGGGCAAAACATCaaccctcccggcag > 2:1168616/1‑233 (MQ=255)
tctcGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTTGTGCAGCGGTTTAGTTTAGGGGCCAGGGGATCAAAAAT‑GCTGATGTCGCCCGCGCTGCCGGGACGGGGGGCTATGAGTTTATGTGCGCGCCGGCGCTACGCGTCCCGGGTTTGGCGGGGGGAACTGTTTT‑AAACCGGCGTGGGGGGGACCTCTTTGTGGGGGC‑AAAAAATCATTCATCCgcacgg > 2:167996/1‑234 (MQ=255)
tggATGGATAGGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCGGGCGGGTATTGGTACGCGGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTc < 2:1073477/237‑1 (MQ=255)
aTGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGAATGGTACGCCGGGTGGGCTGTGGGGCCAGGAGGTCACAATT‑GATGAGGTCGCCGCCGCCGCCGGGACGGTGGGCGATGCGTTGATGTGCGCGGTTGCGCTACGCGCGCCGGTTGTGCGCGTGGAACTTTTTGT‑GAGCCGGGTTGGTGGTGACGTCTTTGTGGGGGCaaaaaatactacaactcgcccgtgcg > 2:77044/1‑218 (MQ=255)
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|
CCAGACGCTAAAAGCGGGCGAGCGTGTGGGCTACGGCGGTCGCTATACTGCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCGCCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCAAAATT‑GATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGT‑AAGCCGGATCGGAGGCAACGTC‑TTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCAACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATG > NC_000913/1239604‑1240075
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
