Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A8 F17 I0 R1
|
115 |
121.7 |
2441348 |
96.4% |
2353459 |
231.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,731,719 |
C→A |
20.9% |
A197E (GCA→GAA) |
xylF → |
D‑xylose transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,731,719 | 0 | C | A | 20.9%
| 232.2
/ 12.2
| 105 | A197E (GCA→GAA) | xylF | D‑xylose transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/25); new base A (2/21); total (56/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-07 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 |
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
GATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGATGCGGATCTCGCAGGTATTAAACGTATTGCTGCCGGTACGCAAACTATGACGGTGTATAAACCTATTACGTTGTTGGCAAATACTGCCGC > NC_000913/3731481‑3731953
|
gATGCGGATATCGATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGc > 1:581559/1‑239 (MQ=255)
gATTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTAt < 1:1214840/239‑1 (MQ=255)
aTTTTTATATTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGCAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAACTAAAGACGATGGAGA‑CCAATGG‑G‑CTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATg > 2:1217511/1‑239 (MQ=255)
tataTTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCGCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATGACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGaaaa < 1:639649/239‑1 (MQ=255)
tataTTTCTTTCGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGaaaa < 1:1141394/239‑1 (MQ=255)
tctttcGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGTAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCt > 1:522940/1‑239 (MQ=255)
tctttcGATAACGAAAAAGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GAAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCt > 2:9505/1‑239 (MQ=255)
cGAAAACGTCGGTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATCACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAACGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCCTTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCaata > 1:790502/1‑239 (MQ=255)
gTGAACTGCAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAAtt > 1:144065/1‑239 (MQ=255)
cAGGCAAAAGCCCTGGTCGATATTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGACAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGTAAAACGCGCTAACCGCAAATAATAACAAAATTGATGCTGt > 2:271125/1‑239 (MQ=255)
gaatatTGTCACGAAAGGTAATGACTCCCTGAGGGGAGACTGCCCGTTAAAAAACAACCCAAAGCTGTCCCGCGCCGAACAAGGAAAAGTGTAAAAACTTT‑ACGTTGTTTCCGAAAAAATAAAAGTCGTTGGTGA‑CAAAGGG‑T‑TTGATGGCGGTTTCCC‑GAAAACCGCATTAAAAATTATGGAAACCGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGAt < 2:760840/236‑1 (MQ=255)
attatgttcccacAAGGTATTTATTTCCGGAGGGGCGCGTCTCCGTGAGAAAACACCTCCAACCTGTCCCGCGCCGGAAAAAGAAAAGTGTGAAAACCTT‑ACGTTGATTCAAAAAAAAAAAAAGTTGGTGGGGA‑CAAAGGG‑G‑TTGATGGGTGTTTACA‑AAAAAACGGGTTAAAAATTATGGAAAACGTGCAACCCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGc < 2:1045580/227‑1 (MQ=255)
tatTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGcc > 1:1027531/1‑238 (MQ=255)
tatTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGcc > 2:825870/1‑238 (MQ=255)
tatTGTTCCGCAAGGAAATTACTTCCTGCTGTGCGGCCCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGATGTTCCGCGCCGGGCAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGCAAAGTTAGAGTCGATGGTGA‑CAAATGA‑G‑CTTATGGCGGGTTACC‑GGAAAACGCCTTGAATATGATGGAAATCGCGCTAACCGCCAAGAATAACAAAATGGTATCTGTCGTAGCCTCAGACGGTGcc > 2:176997/1‑238 (MQ=255)
attgtcccgaatgtaaaTTACTTCCGGATGTGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACCCCAAGTTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTTTTAAACCCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTGGGTGA‑CCAATGT‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAACCGCATTAAAAATTATGGAAAACGCGCTACCCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCAc < 1:857728/224‑1 (MQ=255)
atTGTTCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGCTGCCa > 2:670433/1‑238 (MQ=255)
ttCCGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGCTTCCGGCAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGACGCCACCGCa > 1:293259/1‑239 (MQ=255)
ccGCAAGGAAATTACTCCCGGGAGGGCGGAATGCAGGAAGAAAACACCGACAAGCTGTTCCGCGCAGGAAAAATAAAGGTGTTAAAACTTT‑ATGTTGGTTCCGAAAAAATAAAAGTCGTGGGT‑A‑CCAAAGG‑GTTTAATGGCGGGTTCCC‑GAAAAACGAATTAAAAATTATGGAAACCGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAgg < 2:603880/239‑1 (MQ=255)
cGCAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACACAATTGAAGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCAACCGCAGGt > 1:375688/1‑239 (MQ=255)
cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAACTGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACAGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 2:1133752/1‑239 (MQ=255)
cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGCAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 2:439562/1‑239 (MQ=255)
cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 1:82339/1‑239 (MQ=255)
cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 1:637771/1‑239 (MQ=255)
cAAGGTAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTAGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTCTGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgg > 2:798607/1‑239 (MQ=255)
aGGTATTTCCTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGAAAACAACCCCAAGCTGTTCCGGGCGGAACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCGGGAAAAATTAAGGTCGTTGGTGC‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGTTTACC‑GAAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACCCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgggg < 1:1019641/239‑1 (MQ=255)
ataatgtctccctggggggCGACGCGCCGGTAAAAAAAAACGCCAAGCTGTCCCGAGCGGGAAAAATGAAAGTGTAAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATAAAAGTCGTTGGTGA‑CCAAGGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACA‑GAAAAACGAATTGAAAATTATGAAAACCGCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGc < 2:1100721/222‑1 (MQ=255)
tAATTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCaa > 1:389146/1‑239 (MQ=255)
aTTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCAGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑T‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAAtt < 1:1080015/239‑1 (MQ=255)
aTTACTTCCTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGAAAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGCAAAAAGGAAAGTGTTAAAACTTT‑ACGTTGATTCCGAAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CAAGTGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGAATTGAAAATTATGGAAAACGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAAtt < 1:66370/239‑1 (MQ=255)
ccTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGCTTCCGGCAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGGAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAAAAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGCTGCCACCGCAGGTGGGTCAATTCCGGcct > 2:230157/1‑237 (MQ=255)
ccTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCAt > 1:564565/1‑239 (MQ=255)
cTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGCAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTAAC‑GGAAAACGAATTTAAAATTATGGAAAACGCGCTAACAGCACATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTAGCCTCAAACGCTGCCACCGCAGGAGGGGAAATTCAggaagg > 2:1050581/1‑235 (MQ=255)
cTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTgggg > 1:916190/1‑226 (MQ=255)
cTGATGGGCGGCTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCAtt > 1:922123/1‑239 (MQ=255)
aggggCGGAACGCCGGTAAAAAAACACGCCAAGGTTTTCCGAACCGAAAAAATGAAGGTGTTAAAACTTT‑AGGTTGATTCGGAAAAAAAAAAAGTGGTGGGGAA‑ACAAGGG‑T‑TTGAGGGCTGGTTACA‑GAAAAAAGAATTAAAAATTATGGAAACCGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTaa < 2:581559/236‑1 (MQ=255)
ataaaagaaaggTAAAAAACAACGCCAAGCGTTCCCGCGCAGGAAAAATGAATGTGTAAAACCTTT‑ACTTTGATTCGGAAAAAATAAAAGT‑GTTTGAGAGCCAAGGG‑G‑TGGAGGGCT‑GTTACCAGAAAAACACATTAAAAATTATGGAAACCCCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAgcgcg < 2:613393/229‑1 (MQ=255)
cggcTCGCAGGTAAATAACACCTCAAGGCTTTCCCGCGCCGAAAAAATGAAAGTGTTAAACCCTG‑ACGTAGATTCCGAAAAAATTAAAGTGGTTGGTGA‑CAAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTAACG‑GAAAAACCCATTAAAAATTATGAAAACCGCGCAAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAgcgcg < 1:271125/238‑1 (MQ=255)
cggcGCGCCGTTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCCCCTAACAAATGAAGGTGTTAAACCCTT‑ACGTGTATCCCGGAAAAATAAAAGTCGTGGGTGA‑CCAAGGG‑G‑TGGATGGCTGGTTACA‑GAAAAACGCATTGAAAATTATGAAAACCGCGATAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAgcgcg < 2:802916/238‑1 (MQ=255)
cTCGCCGGTAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAg > 1:500252/1‑239 (MQ=255)
ggaaGATAGCAACGACAAGCTGTGCGGCGAGGGACAAGTGAAAGTGTAAAAACCTT‑ACGTTTATTCTGAAAAAATTAAGTAGGTTGGAGA‑CAAAAGG‑G‑TTGATGGCTGTTTACG‑AGAAAAGGTATGGAAAATTATGGAAAGGAGGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGt < 1:1050581/232‑1 (MQ=255)
tAGATAACAACGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTAA‑CCAGTGG‑G‑TTGATGTCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGAAAACCGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATc < 1:400872/238‑1 (MQ=255)
caacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAg > 1:1147052/1‑239 (MQ=255)
caacGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGGCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAg > 1:699996/1‑239 (MQ=255)
cGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTAt > 1:613393/1‑227 (MQ=255)
cGCCAAGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTa > 1:440766/1‑238 (MQ=255)
aGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCaa > 1:848899/1‑237 (MQ=255)
aGCTGTTCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCaa > 1:1056304/1‑237 (MQ=255)
agtcccGCGCAGAAAAAATAAAAGTTTAAAAACGTT‑AGGGTGATTCAGGAAAAATTAAAGTCTTTGGTAA‑ACAAGGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑AAAAAACGAATTGAAAATTATGAAAACCGCGAAACCCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAAtctc < 2:1056304/234‑1 (MQ=255)
ttCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCg > 1:43380/1‑238 (MQ=255)
ttCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCg > 1:914299/1‑238 (MQ=255)
ttCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATCGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCg > 2:202593/1‑238 (MQ=255)
tCCGCGCCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGCAAGTAGCAATCTCCgg > 1:143995/1‑238 (MQ=255)
gccgcaaagaaaaaaTGATAGT‑TTAAAACCTTGGTGATGTTTCCGGAAAAATAAAAGTCGTTGGT‑A‑ACAATGGTG‑TTGATGTCGGGTTAAA‑AAAAAACAAAGTGAAAATTGGAGAAAACGCACTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGc < 2:594212/227‑1 (MQ=255)
ccGCGCCGGACAAATGAAATTGTTAAACCCTT‑ACGTGGATTCCGGAAAAATTAAAGTCTTTGGTGA‑CCAAGGG‑G‑TTAATGGCTGGTTACG‑GAAAAACGAATTGAAAATTATGAAAAACGCGTTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGcc < 1:775002/239‑1 (MQ=255)
cgcCGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAgg > 2:150033/1‑239 (MQ=255)
ccGGACAAATGAAAGTGTTAAAACCTT‑ACGTTGATTCCGGAAAAATTAAAGTCGTTGGTGA‑CCAATGG‑G‑TTGATGGCTGGTTACC‑GGAAAACGCATTGAAAATTATGGAAAACGCGCTAACCGCCAATAATAACAAAATTGATGCTGTAGTTGCCTCAAACGATGCCACCGCAGGTGGGGCAATTCAGGCATTAAGCGCGCAAGGTTTATCAGGGAAAGTAGCAATCTCCGGCCAGGAt > 1:560277/1‑239 (MQ=255)
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|
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
